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江蘇目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序分析

來源: 發(fā)布時間:2021-10-21

全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴(kuò)增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發(fā)生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。翼和生物目標(biāo)區(qū)域甲基化項目結(jié)合亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化和多重PCR擴(kuò)增建庫測序技術(shù),對目標(biāo)區(qū)域甲基化位點進(jìn)行分析。江蘇目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序分析

DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)。結(jié)構(gòu)基因含有很多CPG結(jié)構(gòu), 2CPG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團(tuán)在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結(jié)構(gòu)。基因組中60%~ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結(jié)構(gòu)基因啟動子的core序列和轉(zhuǎn)錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行。DNA 甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內(nèi)切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質(zhì)高度螺旋化, 凝縮成團(tuán), 失去轉(zhuǎn)錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導(dǎo)致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯配: T2G, 如果在細(xì)胞分裂過程中不被糾正,就會誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。蘇州目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序報告Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn) 多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。

DNA甲基化(DNA methylation)為DNA化學(xué)修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。所謂DNA甲基化是指在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下,在基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5號碳位共價鍵結(jié)合一個甲基基團(tuán)。大量研究表明,DNA甲基化能引起染結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)相互作用方式的改變,從而控制基因表達(dá)。WGBS是基于重亞硫酸鹽的甲基化分析方法,首先通過Bisulfite對樣本DNA進(jìn)行處理,將未甲基化的C堿基轉(zhuǎn)化為U堿基,而甲基化的C堿基則不會改變,進(jìn)行PCA擴(kuò)增后U堿基會變成T,與原本甲基化的C堿基區(qū)分開,再結(jié)合高通量測序技術(shù),可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。

DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。表觀遺傳屬于一種可以對環(huán)境產(chǎn)生應(yīng)答和改變的遺傳機(jī)制。機(jī)體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會用DNA甲基化、組蛋白修飾等形式將應(yīng)激的模式記錄在DNA修飾中。這種脅迫記憶可以幫助細(xì)胞在面臨下一次應(yīng)激的時候快速適應(yīng)。同時,這種表觀修飾可以通過遺傳的方式傳遞給下一代細(xì)胞。對于高等動植物,通常壽命都比較漫長。在漫長的一生中,一方面機(jī)體會經(jīng)歷大量的環(huán)境應(yīng)答,另一方面細(xì)胞將會分裂多代。那么機(jī)體就更需要將應(yīng)答的信息,存儲在DNA甲基化中傳遞給后代的細(xì)胞,以提高這個物種的環(huán)境適應(yīng)能力。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態(tài)信息和與基因表達(dá)調(diào)控的多重關(guān)系.

在表觀遺傳中,DNA甲基化修飾具有非常重要的地位。其中胞嘧啶雜環(huán)5號位的甲基化修飾,又稱作5-甲基胞嘧啶(5mC),是**常見的甲基化修飾方式,也是迄今為止研究**為普遍的DNA甲基化修飾方式。一般認(rèn)為當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在基因啟動子區(qū),就會抑制基因轉(zhuǎn)錄,從而起到負(fù)調(diào)控的作用。DNA甲基化的形成機(jī)制,包括從頭合成(de novo),甲基化的維持(Maintenance)和去甲基化(Demethylation),這些過程分別由不同的基因和通路調(diào)控。這些基因和通路在動植物中即保守,又有所區(qū)別。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶。蘇州目標(biāo)區(qū)段甲基化重測序哪里好

DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。江蘇目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序分析

DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應(yīng),在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學(xué)性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務(wù)-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑恚脙梢惶禺愋砸飻U(kuò)增后測序。測序法克服了只能針對單個位點檢測,并且這些位點必須是限制性內(nèi)切酶識別位點的缺點,可以對任何基因序列的甲基化狀態(tài)進(jìn)行檢測。江蘇目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序分析

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