上海翼和生物甲基化測(cè)序采用的是重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序法（Bisulfite Amplicon Sequencing， BSAS），重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標(biāo)方法，該技術(shù)基于非甲基化胞嘧啶（C）向尿嘧啶（U）的化學(xué)轉(zhuǎn)化，即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA，非甲基化胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化胞嘧啶不發(fā)生這種轉(zhuǎn)化，從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化（圖1）。轉(zhuǎn)化后的序列可以進(jìn)行多種分析，包括重亞硫酸鹽測(cè)序、焦磷酸測(cè)序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測(cè)序。Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化時(shí)，每一個(gè)read都相當(dāng)于克隆測(cè)序時(shí)的一個(gè)單克隆。廣州全基因組甲基化重測(cè)序哪里好

物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細(xì)菌的數(shù)千個(gè)基因進(jìn)化到高等動(dòng)物的數(shù)萬(wàn)個(gè)基因，基因數(shù)增長(zhǎng)的一個(gè)數(shù)量級(jí)。要管好這么多的基因，在漫長(zhǎng)的一生中有規(guī)律地關(guān)閉或打開(kāi)基因表達(dá)，DNA甲基化這個(gè)開(kāi)關(guān)對(duì)高等動(dòng)植物必不可少。轉(zhuǎn)座子是一類在基因組上可以自主復(fù)制（或剪切）和移動(dòng)的**功能元件。如果它們隨意移動(dòng)，對(duì)基因組的穩(wěn)定性具有破壞作用。DNA甲基化對(duì)轉(zhuǎn)座子的移動(dòng)具有抑制作用。通常，物種的基因組越大，其基因組中轉(zhuǎn)座子的比例越高，那么限制轉(zhuǎn)座子移動(dòng)的門神——DNA甲基化的比例就越高。上海亞硫酸鹽甲基化重測(cè)序哪里好NA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)等過(guò)程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。

在生物系統(tǒng)內(nèi)，甲基化是經(jīng)酶催化的，這種甲基化涉及重金屬修飾、基因表達(dá)的調(diào)控、蛋白質(zhì)功能的調(diào)節(jié)以及核糖核酸(RNA)加工。重金屬修飾可以在生物系統(tǒng)外發(fā)生。組織樣本的化學(xué)甲基化也是組織染色的方法之一。表觀遺傳學(xué)的甲基化包括DNA甲基化或蛋白質(zhì)甲基化。1）DNA甲基化。脊椎動(dòng)物的DNA甲基化一般發(fā)生在CpG位點(diǎn)（胞嘧啶-磷酸-鳥嘌呤位點(diǎn)，即DNA序列中胞嘧啶后緊連鳥嘌呤的位點(diǎn)）。經(jīng)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為5-甲基胞嘧啶。人類基因中約80%-90%的CpG位點(diǎn)已被甲基化，但是在某些特定區(qū)域，如富含胞嘧啶和鳥嘌呤的CpG島則未被甲基化。這與包含所有普遍表達(dá)基因在內(nèi)的56%的哺乳動(dòng)物基因中的啟動(dòng)子有關(guān)。1%-2%的人類基因組是CpG群，并且CpG甲基化與轉(zhuǎn)錄活性成反比。

亞硫酸氫鹽測(cè)序法用亞硫酸氫鈉對(duì) DNA 進(jìn)行化學(xué)處理會(huì)使甲基化特異性序列變異，從而可以通過(guò)NGS進(jìn)行定位和量化，主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程：獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后，首先，需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和質(zhì)量的基本控制，包括原始測(cè)序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉(zhuǎn)換到產(chǎn)生準(zhǔn)確的DNA甲基化圖譜；其次，需要對(duì)DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)果進(jìn)行可視化，并且利用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點(diǎn)；第三，驗(yàn)證 DNA 甲基化差異位點(diǎn)，并且對(duì)其進(jìn)行生物學(xué)解釋。DNA甲基化是研究**為普遍的表觀遺傳修飾，它被認(rèn)為在許多生物學(xué)過(guò)程和疾病中有著重要的作用。

DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鳥嘌呤（7-mG）結(jié)構(gòu)基因含有很多CpG 結(jié)構(gòu), 2CpG 和2GPC 中兩個(gè)胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個(gè)甲基集團(tuán)在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結(jié)構(gòu)。基因組中60%～ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地組成CpG 島,位于結(jié)構(gòu)基因啟動(dòng)子的core序列和轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)。有實(shí)驗(yàn)證明超甲基化阻遏轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行。DNA 甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化, 使DNA 失去核酶?限制性內(nèi)切酶的切割位點(diǎn), 以及DNA 酶的敏感位點(diǎn), 使染色質(zhì)高度螺旋化, 凝縮成團(tuán), 失去轉(zhuǎn)錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導(dǎo)致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯(cuò)配: T2G, 如果在細(xì)胞分裂過(guò)程中不被糾正,就會(huì)誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。重亞硫酸鹽測(cè)序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測(cè)序（NGS）的結(jié)合。天津多重PCR技術(shù)甲基化重測(cè)序分析

DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。廣州全基因組甲基化重測(cè)序哪里好

DNA甲基化是指針對(duì)DNA序列上的CpG島，由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中，5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個(gè)非常重要的表觀遺傳學(xué)修飾事件，該事件能夠調(diào)控基因活性，并影響著如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學(xué)過(guò)程。重亞硫酸鹽測(cè)序可以從單個(gè)堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先，利用重?zé)熈蛩猁}對(duì)基因組DNA進(jìn)行處理，將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基，因而，可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測(cè)序樣本進(jìn)行比較來(lái)發(fā)現(xiàn)甲基化的位點(diǎn)。廣州全基因組甲基化重測(cè)序哪里好

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