全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序（whole genome bisulfite sequencing，WGBS）用于全基因組DNA甲基化檢測(cè)：表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實(shí)了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對(duì)于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制有著重要影響，而全基因組DNA甲基化研究是表觀基因組學(xué)關(guān)注的重要內(nèi)容。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U，進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T，與原本具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開來，再結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)，可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。亞硫酸鹽處理這種方法可靠，且精確度高，能明確目的片段中每一個(gè)CpG位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)。安徽目標(biāo)甲基化重測(cè)序分析

目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序（Hi-Methylseq）結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析，特別適合隊(duì)列樣本目標(biāo)區(qū)域的甲基化分析，測(cè)序深度高，結(jié)果更加準(zhǔn)確。適用于感興趣目的片段甲基化研究；適用于在大樣本中進(jìn)一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽性位點(diǎn)（DMR）。農(nóng)口上：表觀遺傳學(xué)研究、品種鑒定、品種改良；醫(yī)口上：tumour早期診斷、表觀遺傳學(xué)生物標(biāo)志物開發(fā)、tumour復(fù)發(fā)的 預(yù)測(cè)因子。目標(biāo)甲基化重測(cè)序準(zhǔn)確度高DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。

DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase，DMT) 的催化下，以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體，將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過程。DNA甲基化能降低某些基因的表達(dá)活性，去甲基化則能引起基因的重新活化和表達(dá)。DNA甲基化能引起染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用方式的改變，從而影響基因表達(dá)。研究證實(shí)，CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導(dǎo)致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發(fā)育和tumour疾病的密切關(guān)系，特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉(zhuǎn)錄失活，使得DNA甲基化成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的重要研究?jī)?nèi)容。

亞硫酸氫鹽測(cè)序法用亞硫酸氫鈉對(duì) DNA 進(jìn)行化學(xué)處理會(huì)使甲基化特異性序列變異，從而可以通過NGS進(jìn)行定位和量化，主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程：獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后，首先，需要對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理和質(zhì)量的基本控制，包括原始測(cè)序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉(zhuǎn)換到產(chǎn)生準(zhǔn)確的DNA甲基化圖譜；其次，需要對(duì)DNA甲基化位點(diǎn)的結(jié)果進(jìn)行可視化，并且利用統(tǒng)計(jì)學(xué)方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點(diǎn)；第三，驗(yàn)證 DNA 甲基化差異位點(diǎn)，并且對(duì)其進(jìn)行生物學(xué)解釋。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。

WGBS能為基因組DNA甲基化時(shí)空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持，能廣泛應(yīng)用在個(gè)體發(fā)育、衰老和疾病等生命過程的機(jī)制研究中，也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過T4-DNA連接酶，在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列，連接產(chǎn)物通過重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏，進(jìn)而通過接頭序列介導(dǎo)的 PCR 技術(shù)將尿嘧啶U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位，上海市****，至今已有十六年的歷史。將序列與未經(jīng)處理的序列進(jìn)行比較，判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。南京目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序分析

常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過T4-DNA連接酶，在超聲波打斷基因組DNA*段的兩端連接接頭序列。安徽目標(biāo)甲基化重測(cè)序分析

DNA甲基化主要發(fā)生在啟動(dòng)子區(qū)CPG島,在調(diào)節(jié)基因表達(dá)和其他功能方面起著關(guān)鍵作用.異常的DNA甲基化可參與調(diào)控疾病相關(guān)的分子信號(hào)通路,從而影響其正常功能。DNA甲基化在生物個(gè)體的生長(zhǎng)發(fā)育與繁殖過程中，維持遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性是至關(guān)重要的。細(xì)胞采用多種機(jī)制來保證DNA復(fù)制的忠實(shí)性，如DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)與半保留復(fù)制模式為遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定提供了物質(zhì)基礎(chǔ)；DNA聚合酶Ⅲ除了具有DNA聚合酶活性外還具有5’到3’的核酸外切酶活性，可及時(shí)去除錯(cuò)配摻人的堿基；DNA復(fù)制后存在多種修復(fù)機(jī)制進(jìn)一步保證了遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性。DNA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)、細(xì)菌中寄主控制的修飾與限制以及轉(zhuǎn)座子的失活等過程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。安徽目標(biāo)甲基化重測(cè)序分析

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