目標區域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,特別適合隊列樣本目標區域的甲基化分析,測序深度高,結果更加準確。適用于感興趣目的片段甲基化研究;適用于在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點(DMR)。農口上:表觀遺傳學研究、品種鑒定、品種改良;醫口上:tumour早期診斷、表觀遺傳學生物標志物開發、tumour復發的 預測因子。DNA復制后胞嘧啶的甲基化會改變DNA的構象,使DNA的大溝無法與DNA結合蛋白正常結合。天津目標區段甲基化重測序公司
亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進行化學處理會使甲基化特異性序列變異,從而可以通過NGS進行定位和量化,主要的DNA甲基化數據分析流程:獲得DNA甲基化數據之后,首先,需要對數據進行處理和質量的基本控制,包括原始測序和芯片數據的讀取、轉換到產生準確的DNA甲基化圖譜;其次,需要對DNA甲基化位點的結果進行可視化,并且利用統計學方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點;第三,驗證 DNA 甲基化差異位點,并且對其進行生物學解釋。廣州全基因組甲基化重測序準確度高Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現 多區段、多位點的甲基化精確定量分析。
DNA甲基化是在DNA甲基化轉移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程,剛被發現時被定義為第五種堿基,實際上它是一種重要的表觀遺傳學標記,在調控基因表達、維持染色質結構、基因印記、X染色體失活以及胚胎發育等生物學過程中發揮著重大的作用,獲得全基因組范圍內所有C位點的甲基化水平數據,對表觀遺傳學的時空特異性研究具有重要意義,Bisulfite甲基化測序是以新一代高通量測序平臺為基礎,結合全基因組Bisulfite處理和生物信息數據分析技術,進行低成本、高效率、高準確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。
DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉移酶(DNA methyltransferase,DMT) 的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體,將甲基轉移到特定的堿基上的過程。DNA甲基化能降低某些基因的表達活性,去甲基化則能引起基因的重新活化和表達。DNA甲基化能引起染色質的結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質之間的相互作用方式的改變,從而影響基因表達。研究證實,CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發育和tumour疾病的密切關系,特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉錄失活,使得DNA甲基化成為表觀遺傳學和表觀基因組學的重要研究內容。目標區域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術。
DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)。結構基因含有很多CPG結構, 2CPG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構。基因組中60%~ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結構基因啟動子的core序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩定的, 可遺傳的。DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,是由DNA甲基轉移酶催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine)作為甲基供體.河南甲基化重測序機構
全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。天津目標區段甲基化重測序公司
全基因組重亞硫酸鹽測序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)用于全基因組DNA甲基化檢測:表觀遺傳學研究已經證實了特定基因區域的DNA甲基化修飾對于染色體構象、基因表達調控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究是表觀基因組學關注的重要內容。Bisulfite處理能夠將基因組中未發生甲基化的C堿基轉換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區分開來,再結合高通量測序技術,可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。天津目標區段甲基化重測序公司
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