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南京目標區間甲基化重測序哪里做

來源: 發布時間:2021-10-24

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序,利用重亞硫酸氫鹽使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉變成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,然后通過PCR將U變為A,*有甲基化的C可以成功保留,***通過測序就可判斷CpG位點是否發生甲基化。特點是精確度高、重復性好,檢測范圍廣,可以覆蓋全基因組范圍內的每一個C堿基的甲基化狀態;但需要的數據量比較大,成本較高。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉移給胞嘧啶。南京目標區間甲基化重測序哪里做

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。Hi-MethylSeq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標準,是一個化學過程,可造成DNA的損傷,很難同時實現100%的轉換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內參序列中的C作為內對照,準確評估樣本的轉化率。上海CPG島甲基化重測序DNA甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化,使DNA失去核酶限制性內切酶的切割位點,。

DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉變為5-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區域,在哺乳動物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發生脫氨基變為尿嘧啶的原理,用兩一特異性引物擴增后測序。測序法克服了只能針對單個位點檢測,并且這些位點必須是限制性內切酶識別位點的缺點,可以對任何基因序列的甲基化狀態進行檢測。

DNA甲基化是表觀遺傳調控的常見機制。啟動子區域的高度甲基化可導致基因表達改變。甲基化多發生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細胞和組織分化、疾病發生以及適應環境等過程中,甲基化狀態可發生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態的分析,將為發育、育種、tumour標志物鑒定或藥物靶標尋找等研究奠定基礎。全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。目標區域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術。

全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。翼和生物目標區域甲基化項目結合亞硫酸鹽轉化和多重PCR擴增建庫測序技術,對目標區域甲基化位點進行分析。北京目標區域甲基化重測序技術服務

全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。南京目標區間甲基化重測序哪里做

DNA甲基化是表觀遺傳學領域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉變為5′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達,從而影響生物學功能。DNA 甲基化參與眾多的細胞生命活動,包括細胞分化、組織特異性基因表達、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會導致發育異常、tumour等疾病的發生。南京目標區間甲基化重測序哪里做

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