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翼和為您普及小知識(shí)點(diǎn):作者分別從國(guó)內(nèi)28個(gè)研究機(jī)構(gòu)搜集了278株常見人源**細(xì)胞系,其中國(guó)內(nèi)建立的細(xì)胞系71株,國(guó)外建立的細(xì)胞系207株。經(jīng)STR鑒定后發(fā)現(xiàn),來(lái)自于22個(gè)研究機(jī)構(gòu)的128株細(xì)胞存在交叉污染/錯(cuò)誤鑒定的情況,錯(cuò)誤率高達(dá)46%。其中國(guó)內(nèi)建立的細(xì)胞系占52株,這表明了什么,國(guó)內(nèi)建立的細(xì)胞系交叉污染/錯(cuò)誤鑒定率竟然高達(dá)73.2%,并且67.3%(35/52)國(guó)內(nèi)交叉污染/錯(cuò)誤鑒定的細(xì)胞系結(jié)果被證實(shí)是Hela細(xì)胞或被Hela細(xì)胞部分污染的!本文所使用的Hela細(xì)胞,由上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司鑒定。上海細(xì)胞鑒定位點(diǎn)
在一切由細(xì)胞身份開始說(shuō)起一文中,小E已經(jīng)為大家羅列出目前已經(jīng)確定被Hela細(xì)胞污染的細(xì)胞系名稱。做細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的伙伴們可以翻閱一下,以防自己的細(xì)胞也在其中!還不僅只如此,這些常見的細(xì)胞系除了發(fā)現(xiàn)種屬內(nèi)的交叉污染/錯(cuò)誤鑒定,還有部分細(xì)胞系被發(fā)現(xiàn)連種屬都被錯(cuò)誤鑒定了!被鑒定的278株細(xì)胞系中,有20株(20/278=7.2%)細(xì)胞系PCR擴(kuò)增失敗,證明其并非人源細(xì)胞。作者繼續(xù)追蹤實(shí)驗(yàn),通過(guò)種屬鑒定來(lái)確認(rèn)其真實(shí)來(lái)源,結(jié)果其中2株細(xì)胞系被證實(shí)分別來(lái)源于大鼠。上海STR鑒定送樣要求公司深知Hela細(xì)胞極易污染別的細(xì)胞,這些經(jīng)驗(yàn)被應(yīng)用于身份驗(yàn)證中。
如何根據(jù)STR數(shù)據(jù)判斷細(xì)胞系的身份?收到細(xì)胞系鑒定結(jié)果以及STR信息,可以與參考數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)。如果細(xì)胞樣本的每個(gè)STR位點(diǎn)和參考細(xì)胞STR位點(diǎn)都能重合匹配,即說(shuō)明該細(xì)胞系正確,反之則說(shuō)明你的細(xì)胞系可能被錯(cuò)誤標(biāo)記,交叉污染或發(fā)生遺傳不穩(wěn)定。一般說(shuō)來(lái),匹配度≥80%即可認(rèn)為該細(xì)胞系正確,匹配度<80%則說(shuō)明該細(xì)胞系的來(lái)源需要被懷疑。如果細(xì)胞系被鑒定出發(fā)生交叉污染或錯(cuò)誤標(biāo)記,則需要拿更早代數(shù)的細(xì)胞進(jìn)行鑒定,從而找到問(wèn)題的起源或者直接從可靠的機(jī)構(gòu)購(gòu)買一株新的細(xì)胞系。
細(xì)胞STR鑒定的特點(diǎn)如下:STR 圖譜鑒別通過(guò)標(biāo)準(zhǔn)化的操作,采用自動(dòng)化的DNA分析儀對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行精確的分析,并以簡(jiǎn)單的數(shù)字描述STR序列重復(fù)次數(shù),不僅增加了結(jié)果的客觀性,而且所需細(xì)胞數(shù)量少(只需1×10^3個(gè)細(xì)胞),而細(xì)胞鑒定中常規(guī)采用的同工酶法通常需要5×10^6個(gè)細(xì)胞,結(jié)果還沒那么穩(wěn)定,特異性也不強(qiáng)。總的來(lái)說(shuō),STR法分型快速、經(jīng)濟(jì)、易于自動(dòng)化,可重復(fù)性好,且數(shù)據(jù)格式適合建立一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)參考數(shù)據(jù)庫(kù)的特點(diǎn),所以應(yīng)用價(jià)值極大。細(xì)胞系鑒定目前主要基于國(guó)際身份認(rèn)證委員會(huì)的標(biāo)準(zhǔn)。
短串聯(lián)重復(fù)(Short tandem repeats, STR),又稱微衛(wèi)星DNA(Microsatellite DNA)或簡(jiǎn)單重復(fù)序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR),是普遍存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復(fù)序列。有絲分裂過(guò)程中DNA鏈之間的錯(cuò)配引起的復(fù)制滑動(dòng)被認(rèn)為是導(dǎo)致STR產(chǎn)生的較為常見原因,并且依據(jù)不同復(fù)制單元大小的不同以及不同物種之間,復(fù)制滑動(dòng)發(fā)生的概率也不相同。STR已被廣泛應(yīng)用于親子鑒定、個(gè)體識(shí)別、司法鑒定、交通事故鑒定、(造血干細(xì)胞)移植醫(yī)治后嵌合情況監(jiān)測(cè)等領(lǐng)域。細(xì)胞系交叉污染或錯(cuò)誤鑒定對(duì)研究是否有影響?江蘇STR鑒定
如何根據(jù)細(xì)胞STR鑒定結(jié)果判斷細(xì)胞系是否發(fā)生了交叉污染?上海細(xì)胞鑒定位點(diǎn)
上海翼和公司為客戶提供基于qPCR技術(shù)的種系鑒定方案,選擇人、小鼠、大鼠和倉(cāng)鼠基因組中特異基因片段,設(shè)計(jì)引物和熒光探針,快速鑒定種系來(lái)源。該方案靈敏度和特異性高,可以檢測(cè)樣本中不同種系來(lái)源的細(xì)胞污染,當(dāng)污染細(xì)胞占比> 5% 時(shí),可被穩(wěn)定檢出。在PCR反應(yīng)中,除了正向引物和反向引物外,還引入了第三個(gè)寡核苷酸序列,這是一個(gè)重大的進(jìn)展。這個(gè)額外的序列,就是探針(Probe),它彌補(bǔ)了DNA結(jié)合染料的缺點(diǎn)。探針上有熒光修飾基團(tuán),可產(chǎn)生熒光信號(hào)。上海細(xì)胞鑒定位點(diǎn)
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司專注技術(shù)創(chuàng)新和產(chǎn)品研發(fā),發(fā)展規(guī)模團(tuán)隊(duì)不斷壯大。目前我公司在職員工以90后為主,是一個(gè)有活力有能力有創(chuàng)新精神的團(tuán)隊(duì)。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括:細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù)等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營(yíng)宗旨,深受客戶好評(píng)。公司深耕細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù),正積蓄著更大的能量,向更廣闊的空間、更寬泛的領(lǐng)域拓展。