TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針，熒光基團連接在探針的5’末端，而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應體系中加入2種不同熒光標記的探針，它們可以分別與2個等位基因完全配對。正常情況下，由于探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團緊鄰在一起，熒光被淬滅。隨著PCR有效的進行，與模板完全配對的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割，致使探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團分離，淬滅效應解除，報告熒光基團被，檢測到熒光信號，相反，如果模板不能完全配對的探針（另一種等位基因）不能被有效切割，因此檢測不到熒光信號，從而實現SNP位點的分型檢測。SNP應該在群體中占一定的比例，比如至少是1%。無錫微衛星標記SNP分型

《CandidateGenePolymorphismsandtheirAssociationwithGlycogenContentinthePacificOysterCrassostreagigas》本文作者在野生群體中進行了候選基因關聯分析，選擇90個候選基因以及295個SNP位點，并且結合目標基因捕獲測序分型732個SNP位點。發現Cg_GD1基因(glycogendebranchingenzyme)中的兩個SNP位點(Cg_SNP_TY202andCg_SNP_3021)inCg_GD1(glycogendebranchingenzyme)和Cg_GP1基因(glycogenphosphorylase)中的一個SNP位點(Cg_SNP_4)與糖原含量相關，基因表達量分析顯示這兩個基因在高糖原與低糖原中的表達量也有比較明顯差異。上海微衛星標記strSNP分型周期對于PCR產物模板可通過多重PCR反應體系來獲得。

隨著二代測序技術的普及，相比Sanger測序，以降低測序讀長的前提，極大增加的測序通量同時大幅降低測序成本。利用二代測序進行SNP分型，不僅測序讀長滿足分型需求，可以同時對數十數百個位點，上千樣本進行分型。該方法相比直接測序法，除了保留測序法的優點外，彌補了其通量不足的限制，二代測序分型法也正在快速在領域內推廣。無錫分公司（無錫翼和應用生物技術有限公司）地址:無錫市濱湖區梅梁西路138號七號樓一樓。微信公眾號：上海翼和生物

二代測序法主要通過PCR的方法，對目標SNP位點進行特異性捕獲。為了提型的通量，目前多采用多重PCR的方法同時對多個位點進行捕獲（可同時對1-100位點進行分型）。由于二代測序通量是足夠滿足數百數千樣本的同時測序，因此需要對不同的樣本添加的樣本標簽（Barcode），從而在后續數據分析過程中，能夠進行樣本拆分。因此在多重PCR完成輪多SNP位點捕獲后，需要進行第二輪PCR，在輪PCR產物的基礎上，添加樣本樣本標簽及測序接頭等序列。通過PCR條件優化，目前亦可實現一次反應，兩輪PCR接力完成的效果。對于候選SNP的遴選，有很多種考慮，總的趨勢和出發點是能夠涵蓋的SNP越多越好。

3.HRM法高分辨率熔解曲線分析（HRM）是近幾年興起的SNP研究工具，它通過實時監測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴增產物的結合情況，來判斷是否存在SNP，而且不同SNP位點、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形，因此HRM分析能夠有效區分不同SNP位點與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點與類型的局限，無需序列特異性探針，在PCR結束后直接運行高分辨率熔解，即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設計探針，操作簡便、快速，成本低，結果準確，并且實現了真正的閉管操作。一次研究的SNP大概有十幾個到幾十個，這是比較早期的做法。南京SSR基因SNP分型外包服務

在經濟作物育種領域，檢測SNP可實現對所需性狀的早期選擇。無錫微衛星標記SNP分型

LDR連接酶檢測法優點是適用于任何多態性位點，基于雜交反應和連接反應，分型結果準確，可進行多重反應，性價比較高，且實驗靈活。但是相比TaqMan和直接測序法的單一位點檢測而言，LDR法可以實現多位點的同時檢測，提高檢測通量，因此前期需要一定時間構建多重分型方案。因此該方法非常適合相同分型方案，連續樣本的分型需求，提高實驗通量的同時降低分型單價。上海翼和應用生物技術有限公司總部在上海，2011年無錫成立分公司無錫翼和應用生物技術有限公司無錫微衛星標記SNP分型

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