目標區(qū)域甲基化重測序（Hi-Methylseq）結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù)，可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析，特別適合隊列樣本目標區(qū)域的甲基化分析，測序深度高，結(jié)果更加準確。適用于感興趣目的片段甲基化研究；適用于在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點（DMR）。農(nóng)口上：表觀遺傳學研究、品種鑒定、品種改良；醫(yī)口上：tumour早期診斷、表觀遺傳學生物標志物開發(fā)、tumour復(fù)發(fā)的 預(yù)測因子。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。多重PCR技術(shù)甲基化重測序分析

DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學標記，在調(diào)控基因表達、細胞的分化與發(fā)育等過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測序的方法進行DNA甲基化評估：首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（黃色字母），而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶（白色字母）；然后進行兩輪PCR：first輪PCR分別放大每個樣本的每個區(qū)域，并添加8個隨機核苷酸（N8）用于重復(fù)數(shù)據(jù)消除和適配體序列；在匯集每個生物樣本的擴增子后，第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫，用于多樣本NGS測序。亞硫酸鹽甲基化重測序報告DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基胞嘧啶（5-mC）的過程。

DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase，DMT) 的催化下，以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體，將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過程。DNA甲基化能降低某些基因的表達活性，去甲基化則能引起基因的重新活化和表達。DNA甲基化能引起染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用方式的改變，從而影響基因表達。研究證實，CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導(dǎo)致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發(fā)育和tumour疾病的密切關(guān)系，特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉(zhuǎn)錄失活，使得DNA甲基化成為表觀遺傳學和表觀基因組學的重要研究內(nèi)容。

物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細菌的數(shù)千個基因進化到高等動物的數(shù)萬個基因，基因數(shù)增長的一個數(shù)量級。要管好這么多的基因，在漫長的一生中有規(guī)律地關(guān)閉或打開基因表達，DNA甲基化這個開關(guān)對高等動植物必不可少。轉(zhuǎn)座子是一類在基因組上可以自主復(fù)制（或剪切）和移動的**功能元件。如果它們隨意移動，對基因組的穩(wěn)定性具有破壞作用。DNA甲基化對轉(zhuǎn)座子的移動具有抑制作用。通常，物種的基因組越大，其基因組中轉(zhuǎn)座子的比例越高，那么限制轉(zhuǎn)座子移動的門神——DNA甲基化的比例就越高。WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequence）全基因組甲基化測序.

亞硫酸氫鈉修飾后測序法是一種對DNA進行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應(yīng)擴增與DNA測序相結(jié)合的方法，能夠提供測定區(qū)域的序列信息，準確定位甲基化胞嘧啶位點；重亞硫酸鹽修飾后，甲基化胞嘧啶保持不變，但非甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏ぃ琍CR擴增后為胸腺嘧啶，其將甲基化狀態(tài)的差異轉(zhuǎn)化成堿基的差異，從而對胞嘧啶的甲基化狀態(tài)進行分析；但在亞硫酸鈉處理的酸性環(huán)境下，單鏈特異性PCR模板穩(wěn)定性下降，容易降解；并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復(fù)雜的二級結(jié)構(gòu)，常出現(xiàn)非特異性條帶，結(jié)合“巢式PCR法”能明顯提高擴增的特異度。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶，在超聲波打斷基因組DNA*段的兩端連接接頭序列。廣州甲基化重測序送樣要求

常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶，在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列。多重PCR技術(shù)甲基化重測序分析

上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴增子測序法（Bisulfite Amplicon Sequencing， BSAS），重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標方法，該技術(shù)基于非甲基化胞嘧啶（C）向尿嘧啶（U）的化學轉(zhuǎn)化，即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA，非甲基化胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化胞嘧啶不發(fā)生這種轉(zhuǎn)化，從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化（圖1）。轉(zhuǎn)化后的序列可以進行多種分析，包括重亞硫酸鹽測序、焦磷酸測序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測序。多重PCR技術(shù)甲基化重測序分析

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