DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學標記，在調控基因表達、細胞的分化與發育等過程中發揮著關鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測序的方法進行DNA甲基化評估：首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉化為尿嘧啶（黃色字母），而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶（白色字母）；然后進行兩輪PCR：first輪PCR分別放大每個樣本的每個區域，并添加8個隨機核苷酸（N8）用于重復數據消除和適配體序列；在匯集每個生物樣本的擴增子后，第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫，用于多樣本NGS測序。DNA甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化,使DNA失去核酶限制性內切酶的切割位點,。浙江全基因組甲基化重測序送樣要求

DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式，能在不改變DNA序列的前提下，改變遺傳表現。為外遺傳編碼（epigenetic code）的一部分，是一種外遺傳機制。DNA甲基化過程會使甲基添加到DNA分子上，例如在胞嘧啶環的5'碳上：這種5'方向的DNA甲基化方式可見於所有脊椎動物。在人類細胞內，大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細胞組織中，DNA甲基化一般發生於CpG雙核苷酸（CpG dinucleotide）部位；而非CpG甲基化則於胚胎干細胞中較為常見。植物體內胞嘧啶的甲基化則可分為對稱的CpG（或CpNpG），或是不對稱的CpNpNp形式（C與G是堿基；p是磷酸根；N指的是任意的核苷酸）。特定胞嘧碇受甲基化的情形，可利用亞硫酸鹽定序（bisulfite sequencing）方式測定。DNA甲基化可能使基因沉默化，進而使其失去功能。此外，也有一些生物體內不存在DNA甲基化作用。杭州全基因組甲基化重測序公司Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術，可實現 多區段、多位點的甲基化精確定量分析。

DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鳥嘌呤（7-mG）。結構基因含有很多CPG結構, 2CPG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構。基因組中60%～ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結構基因啟動子的core序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩定的, 可遺傳的。

DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因+表達。在甲基轉移酶的催化下，DNA的CG兩個核苷酸的胞嘧啶被選擇性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，這常見于基因的5'-CG-3'序列。大多數脊椎動物基因組DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5’端的非編碼區，并成簇存在。甲基化位點可隨DNA的復制而遺傳，因為DNA復制后，甲基化酶可將新合成的未甲基化的位點進行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。異常的DNA甲基化可參與調控疾病相關的分子信號通路,從而影響其正常功能。

DNA 甲基化是早發現的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能關閉某些基因的活性，去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化，而真核生物中甲基化發生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化轉移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉變為5'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式并沒有改變基因序列，但是它調控了基因的表達。甲基化的金標準是亞硫酸氫鹽測序法.浙江全基因組甲基化重測序送樣要求

Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化時，每一個read都相當于克隆測序時的一個單克隆。浙江全基因組甲基化重測序送樣要求

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