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江蘇目標區間甲基化重測序機構

來源: 發布時間:2021-11-04

物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細菌的數千個基因進化到高等動物的數萬個基因,基因數增長的一個數量級。要管好這么多的基因,在漫長的一生中有規律地關閉或打開基因表達,DNA甲基化這個開關對高等動植物必不可少。轉座子是一類在基因組上可以自主復制(或剪切)和移動的**功能元件。如果它們隨意移動,對基因組的穩定性具有破壞作用。DNA甲基化對轉座子的移動具有抑制作用。通常,物種的基因組越大,其基因組中轉座子的比例越高,那么限制轉座子移動的門神——DNA甲基化的比例就越高。DNA復制后胞嘧啶的甲基化會改變DNA的構象,使DNA的大溝無法與DNA結合蛋白正常結合。江蘇目標區間甲基化重測序機構

全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。杭州目標區間甲基化重測序哪里做以MethlyC-seq為例,將DNA段化后收集特定長度的片段并修復DNA末端.

DNA(主要是CpG的)甲基化是其遺傳機制和表型效應**為明確的表觀遺傳性機制。DNA甲基化譜式的變化不僅指導在正常發育過程中細胞譜系特化所依據的基因組轉錄譜式的改變,且在疾病發生和發展的基因表達異化中起著決定性的作用。為了高效準確的分析基因組中所有的甲基化位點,可采用全基因組甲基化(Whole Genome Bisulfite Sequence,WGBS)。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一,包括基于序列、熔化溫度和交互的分析,WGBS是通過重亞硫酸氫鹽使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉變為尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,再經PCR將U轉變為T,結合NGS便可高效準確地分析基因組中所有甲基化位點。

DNA甲基化是表觀遺傳學修飾的主要形式,甲基化模式的異常促進細胞惡性轉化,參與tumour演進。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型,一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化,基因組不穩定性增加;另一方面啟動子區的高甲基化,引起抑cancer基因及錯配修復基因表達沉默,導致tumour的發生。研究表明,基因組的低甲基化隨著細胞惡性度的增加而愈加明顯,是病情診斷的重要指標;此外,CpG島局部的高甲基化發生于細胞惡變之前,能在早期預測tumour的發生,其也能有效地預測tumour的復發和轉移,在tumour的鑒別診斷中亦發揮重要作用。因此,檢測tumour發生中相關基因的甲基化模式具有重要意義,現就近年來中外文獻報道的甲基化檢測方法進行簡要的分析總結。常規全基因組甲基化測序技術通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA*段的兩端連接接頭序列。

DNA甲基化即在DNA上增加甲基基團,是使基因的轉錄抑制或沉默的主要方式。該修飾特異性地發生在CpG位點,胞嘧啶通過磷酸鹽與鳥苷酸連接(圖1)。甲基基團的插入改變了DNA的表觀和結構,可能會直接阻礙DNA的識別及與轉錄因子的結合,或者吸引其他因子優先與DNA結合,干擾轉錄因子的結合。目前已鑒定了三個與甲基化DNA結合的蛋白家族,包括MBD蛋白、Kaiso和Kaiso樣蛋白、以及SRA蛋白。通過招募這些蛋白,DNA甲基化可促進某些組蛋白狀態的維持,如去乙酰作用,從而保持轉錄后的組蛋白修飾。例如,MBD家族的甲基CpG結合蛋白2(MeCP2)與甲基CpG結合,招募HDACs,可促使染色體濃縮和轉錄抑制。DNA甲基化主要發生在CpG位點。在哺乳動物中,70%到80%的CpG位點的胞嘧啶是甲基化的。北京全基因組甲基化重測序

DNA甲基化在DNA復制起始、錯配修復以及轉座子的失活等過程中對維持遺傳信息的穩定性發揮著重要的作用。江蘇目標區間甲基化重測序機構

全基因組重亞硫酸鹽測序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)用于全基因組DNA甲基化檢測:表觀遺傳學研究已經證實了特定基因區域的DNA甲基化修飾對于染色體構象、基因表達調控機制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究是表觀基因組學關注的重要內容。Bisulfite處理能夠將基因組中未發生甲基化的C堿基轉換成U,進行PCR擴增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區分開來,再結合高通量測序技術,可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。江蘇目標區間甲基化重測序機構

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