Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產權的多重PCR捕獲技術,確保目的片段有效富集,經亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復雜度嚴重降低,嚴格控制建庫PCR的循環數,降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統計C和T堿基的讀數(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。機體細胞在經歷脅迫、創傷等環境變化后,會產生特定的應答,并往往會用DNA甲基化記錄在DNA修飾中。浙江CPG島甲基化重測序哪里做
DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學調控機制在許多關鍵的生物學過程如發育及疾病的進展中扮演著重要的作用,相對于基于PCR、芯片等傳統檢測手段,全基因組亞硫酸氫鹽測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉化與高通量測序文庫構建方法相結合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對來自更多樣本基因組中的甲基化位點進行準確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點,還能夠配合靶向技術檢測低頻甲基化信號,已成為目前在業界受到普遍關注的一種主流方法。杭州甲基化重測序目標區域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術。
全基因組重亞硫酸鹽甲基化測序(WGBS)可以在全基因組范圍內精確的檢測所有單個胞嘧啶堿基(C堿基)的甲基化水平,是DNA甲基化研究的金標準。WGBS能為基因組DNA甲基化修飾的研究提供重要技術支持,能廣泛應用在個體發育、衰老和cancer發生等生命過程的機制研究中。其原理是用 Bisulfite 處理DNA序列,首先將基因組中未發生甲基化的 C 堿基轉換成U(T),從而與原本具有甲基化修飾的堿基C區分開來,然后進行PCR擴增,結合高通量測序技術,適用于全基因組范圍內繪制單堿基分辨率的DNA 甲基化圖譜。
DNA甲基化是DNA化學修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現。DNA甲基化是指在甲基轉移酶的催化下,DNA的CG兩個核苷酸中的胞嘧啶被選擇性地添加甲基基團的化學修飾現象,極常見的是在胞嘧啶的5號碳位置,在酶和底物的作用下,引入一個甲基基團,變成了5甲基胞嘧啶(5mC),從而改變了它的活性。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育以及人類tumour發生,起著至關重要的作用。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用PCR擴增目的片段,并結合二代測序平臺(illumina等主流測序平臺)并對PCR產物進行測序,本方案目標區域甲基化測序服務Hi-MethylSeq,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC)是一種常見的DNA修飾類型,能調節基因表達、轉座子及染色體的狀態等。
目標區域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎上,或者依據文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關聯,選擇感興趣的目的區間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術對大規模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。Hi-MethylSeq技術通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。甲基化的金標準是亞硫酸氫鹽測序法.上海多重PCR技術甲基化重測序機構
DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態信息和與基因表達調控的多重關系.浙江CPG島甲基化重測序哪里做
DNA去甲基化分為兩類:主動去甲基化(Active DNA Demethylation)和被動去甲基化(Passive DNA Demethylation)。基因組甲基化模式的形成主要依賴于主動去甲基化,主要涉及一類具有DNA去甲基化功能的蛋白,可能存在的五種機制a. DNA轉葡糖基酶參與的堿基切除修復(base excision repair;BER):5-mC 由DNA 轉葡糖基酶直接去除。此途徑主要存在于植物體內,動物體內也可能存在。b.脫氨酶參與的堿基切除修復:5-mC 脫氨變成胸腺嘧啶T,形成G/T 錯配,進入BER 途徑。這一途徑主要存在于動物體中,植物體中也可能存在。c.核苷酸外切修復機制(nucleotide excision repair;NER):直接移除甲基化的CpG 二核苷酸。d.氧化去甲基化:發生氧化反應打開碳-碳鍵,直接去除甲基基團。e.水解去甲基化:水解胞嘧啶的甲基基團,使其以甲醇的形式被釋放。DNA被動去甲基化是指當DNMTs活性被抑制或濃度過低時,無法維持原有的甲基化狀態,使DNA甲基化程度降低的過程,這類去甲基化通常發生在細胞復制的兩個周期之間,涉及到某些可與DNMTs結合的因子,其結合后形成的復合物可以阻止DNMTs與DNA的結合。浙江CPG島甲基化重測序哪里做
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