全基因組甲基化測(cè)序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化（bisulfiteconversion）方法與新一代高通量測(cè)序技術(shù)，可在單堿基分辨率水平上高效地檢測(cè)全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變，PCR擴(kuò)增所需片段，則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序，與參考序列比對(duì)，即可判斷CpG/CHG/CHH位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位，上海市****，至今已有16年的歷史。全基因組甲基化測(cè)序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對(duì)基因組進(jìn)行處理后上機(jī)測(cè)序。南京全基因組甲基化重測(cè)序哪里做

DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鳥(niǎo)嘌呤（7-mG）結(jié)構(gòu)基因含有很多CpG 結(jié)構(gòu), 2CpG 和2GPC 中兩個(gè)胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個(gè)甲基集團(tuán)在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結(jié)構(gòu)。基因組中60%～ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地組成CpG 島,位于結(jié)構(gòu)基因啟動(dòng)子的core序列和轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)。有實(shí)驗(yàn)證明超甲基化阻遏轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行。DNA 甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化, 使DNA 失去核酶?限制性內(nèi)切酶的切割位點(diǎn), 以及DNA 酶的敏感位點(diǎn), 使染色質(zhì)高度螺旋化, 凝縮成團(tuán), 失去轉(zhuǎn)錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導(dǎo)致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯(cuò)配: T2G, 如果在細(xì)胞分裂過(guò)程中不被糾正,就會(huì)誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。天津CPG島甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)上海翼和生物甲基化測(cè)序采用的是重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序法，重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標(biāo)方法。

DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記，在調(diào)控基因表達(dá)、細(xì)胞的分化與發(fā)育等過(guò)程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測(cè)序的方法進(jìn)行DNA甲基化評(píng)估：首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（黃色字母），而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶（白色字母）；然后進(jìn)行兩輪PCR：first輪PCR分別放大每個(gè)樣本的每個(gè)區(qū)域，并添加8個(gè)隨機(jī)核苷酸（N8）用于重復(fù)數(shù)據(jù)消除和適配體序列；在匯集每個(gè)生物樣本的擴(kuò)增子后，第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫(kù)，用于多樣本NGS測(cè)序。

DNA甲基化一直以來(lái)都是表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域研究的重點(diǎn)之一。DNA甲基化（Methylation）是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶（DNA methyltransferase, 縮寫(xiě)DNMT）的作用下，基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶（5′ methylcytosine, 縮寫(xiě)5mC）。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能抑制某些基因的表達(dá)。在哺乳動(dòng)物中，基因組DNA的甲基化可分為兩種類型：維持甲基化（maintenance DNA methylation）和重新甲基化（de novo methylation）。維持甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下，DNA的半保留復(fù)制過(guò)程中，會(huì)在子鏈的相應(yīng)的位置進(jìn)行甲基化修飾的過(guò)程。重新甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下，原來(lái)沒(méi)有甲基化的DNA雙鏈上，進(jìn)行甲基化的過(guò)程，之后由維持甲基化酶來(lái)維持穩(wěn)定的DNA甲基化狀態(tài)。對(duì)于這兩種甲基化機(jī)制來(lái)說(shuō)，有兩種對(duì)應(yīng)類型的甲基化酶：維持甲基轉(zhuǎn)移酶和重新甲基轉(zhuǎn)移酶。甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)是亞硫酸氫鹽測(cè)序法.

DNA甲基化是研究 為普遍的表觀遺傳修飾，它被認(rèn)為在許多生物學(xué)過(guò)程和疾病中有著重要的作用。隨著測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，二代測(cè)序與重亞硫酸鹽處理基因組DNA相結(jié)合產(chǎn)生了可以在全基因組單堿基水平上測(cè)量DNA甲基化水平的全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序（whole-genome bisulfite sequencing，WGBS）技術(shù)。WGBS的流程與全基因組DNA測(cè)序主要區(qū)別于DNA文庫(kù)的構(gòu)建。以MethlyC-seq為例，將DNA 段化后收集特定長(zhǎng)度的片段并修復(fù)DNA末端，再將雙端加上3′-dAMP然后連接上甲基化的接頭，接著用重亞硫酸鹽處理DNA使未甲基化的胞嘧啶（C）轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（U）， 終進(jìn)行低循環(huán)數(shù)的PCR擴(kuò)增后完成建庫(kù)，建庫(kù)完后上機(jī)測(cè)序，得到原始數(shù)據(jù)（fastq文件）后，完成一定的質(zhì)量控制后就可以進(jìn)行mapping分析。上海翼和生物通過(guò)亞硫酸氫鹽處理，用PCR擴(kuò)增目的片段，并結(jié)合二代測(cè)序平臺(tái)并對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序。安徽目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序準(zhǔn)確度高

異常的DNA甲基化可參與調(diào)控疾病相關(guān)的分子信號(hào)通路,從而影響其正常功能。南京全基因組甲基化重測(cè)序哪里做

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)修飾的主要形式，甲基化模式的異常促進(jìn)細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化，參與tumour演進(jìn)。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型，一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化，基因組不穩(wěn)定性增加；另一方面啟動(dòng)子區(qū)的高甲基化，引起抑cancer基因及錯(cuò)配修復(fù)基因表達(dá)沉默，導(dǎo)致tumour的發(fā)生。研究表明，基因組的低甲基化隨著細(xì)胞惡性度的增加而愈加明顯，是病情診斷的重要指標(biāo)；此外，CpG島局部的高甲基化發(fā)生于細(xì)胞惡變之前，能在早期預(yù)測(cè)tumour的發(fā)生，其也能有效地預(yù)測(cè)tumour的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移，在tumour的鑒別診斷中亦發(fā)揮重要作用。因此，檢測(cè)tumour發(fā)生中相關(guān)基因的甲基化模式具有重要意義，現(xiàn)就近年來(lái)中外文獻(xiàn)報(bào)道的甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行簡(jiǎn)要的分析總結(jié)。南京全基因組甲基化重測(cè)序哪里做

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