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廣州目標位點甲基化重測序分析

來源: 發(fā)布時間:2021-11-05

亞硫酸氫鈉修飾后測序法是一種對DNA進行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應擴增與DNA測序相結(jié)合的方法,能夠提供測定區(qū)域的序列信息,準確定位甲基化胞嘧啶位點;重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏ぃ琍CR擴增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態(tài)的差異轉(zhuǎn)化成堿基的差異,從而對胞嘧啶的甲基化狀態(tài)進行分析;但在亞硫酸鈉處理的酸性環(huán)境下,單鏈特異性PCR模板穩(wěn)定性下降,容易降解;并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復雜的二級結(jié)構(gòu),常出現(xiàn)非特異性條帶,結(jié)合“巢式PCR法”能明顯提高擴增的特異度。DNA 甲基化能關閉某些基因的活性,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。廣州目標位點甲基化重測序分析

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區(qū)間內(nèi)的甲基化位點的甲基化狀態(tài),在完成目標區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費用。Hi-MethylSeq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標準,是一個化學過程,可造成DNA的損傷,很難同時實現(xiàn)100%的轉(zhuǎn)換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內(nèi)參序列中的C作為內(nèi)對照,準確評估樣本的轉(zhuǎn)化率。天津亞硫酸鹽甲基化重測序DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶。

真核生物基因表達受多種機制、多層面的綜合調(diào)控。基因的DNA序列不發(fā)生改變的情況下,基因的表達水平與功能發(fā)生改變,并可遺傳現(xiàn)象,稱為表觀遺傳(epigenetic)現(xiàn)象。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),進而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。人體內(nèi),DNA甲基轉(zhuǎn)移酶主要有四種:DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復制完成后,DNMT1是催化甲基轉(zhuǎn)移至新合成的DNA鏈上,這一現(xiàn)象稱為維持甲基化;DNMT3A和DNMT3B負責催化核酸鏈上新的甲基化位點發(fā)生反應,成為形成甲基化;DNMT3L不具有甲級轉(zhuǎn)移酶活性,其主要作用是調(diào)節(jié)其他甲基轉(zhuǎn)移酶的活性。真核細胞內(nèi)甲基化狀態(tài)有3種:持續(xù)的低甲基化狀態(tài)(如持家基因的甲基化)、誘導的去甲基化狀態(tài)(如一些發(fā)育階段特異性基因的修飾)和高度甲基化狀態(tài)(如人類女性細胞內(nèi)縊縮-失活的X染色體的甲基化)。

DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中,5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個非常重要的表觀遺傳學修飾事件,該事件能夠調(diào)控基因活性,并影響著如細胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學過程。重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先,利用重煙硫酸鹽對基因組DNA進行處理,將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基,因而,可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測序樣本進行比較來發(fā)現(xiàn)甲基化的位點。5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC)是一種常見的DNA修飾類型,能調(diào)節(jié)基因表達、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。

DNA甲基化是表觀遺傳學的重要內(nèi)容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學的熱點,相應的技術也是層出不窮,根據(jù)實驗目的的不同,這些技術大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測技術以及特異性位點甲基化檢測技術。翼和特色內(nèi)容目標區(qū)域甲基化測序自主知識產(chǎn)權(quán)超高重PCR為基礎,目標甲基化區(qū)段特異性捕獲,更具針對性,經(jīng)濟型基于二代測序,可以獲得目標區(qū)域內(nèi)所有C的甲基化數(shù)據(jù)~500X的測序深度,精確計算每個位點C的甲基化程度通量高,可同時對成百上千個區(qū)域進行甲基化程度分析適用于大樣本多區(qū)域的DNA甲基化水平檢測Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測序片段測序深度>10X。全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。廣州目標位點甲基化重測序分析

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭。廣州目標位點甲基化重測序分析

DNA甲基化是表觀遺傳學修飾的主要形式,甲基化模式的異常促進細胞惡性轉(zhuǎn)化,參與tumour演進。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型,一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化,基因組不穩(wěn)定性增加;另一方面啟動子區(qū)的高甲基化,引起抑cancer基因及錯配修復基因表達沉默,導致tumour的發(fā)生。研究表明,基因組的低甲基化隨著細胞惡性度的增加而愈加明顯,是病情診斷的重要指標;此外,CpG島局部的高甲基化發(fā)生于細胞惡變之前,能在早期預測tumour的發(fā)生,其也能有效地預測tumour的復發(fā)和轉(zhuǎn)移,在tumour的鑒別診斷中亦發(fā)揮重要作用。因此,檢測tumour發(fā)生中相關基因的甲基化模式具有重要意義,現(xiàn)就近年來中外文獻報道的甲基化檢測方法進行簡要的分析總結(jié)。廣州目標位點甲基化重測序分析

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