上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴增子測序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亞硫酸鹽轉化是研究DNA甲基化的金標方法,該技術基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學轉化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA,非甲基化胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不發生這種轉化,從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化(圖1)。轉化后的序列可以進行多種分析,包括重亞硫酸鹽測序、焦磷酸測序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測序。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態信息和與基因表達調控的多重關系.杭州bisulfite甲基化重測序哪里做
DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。表觀遺傳屬于一種可以對環境產生應答和改變的遺傳機制。機體細胞在經歷脅迫、創傷等環境變化后,會產生特定的應答,并往往會用DNA甲基化、組蛋白修飾等形式將應激的模式記錄在DNA修飾中。這種脅迫記憶可以幫助細胞在面臨下一次應激的時候快速適應。同時,這種表觀修飾可以通過遺傳的方式傳遞給下一代細胞。對于高等動植物,通常壽命都比較漫長。在漫長的一生中,一方面機體會經歷大量的環境應答,另一方面細胞將會分裂多代。那么機體就更需要將應答的信息,存儲在DNA甲基化中傳遞給后代的細胞,以提高這個物種的環境適應能力。bisulfite甲基化重測序哪個公司做亞硫酸鹽處理這種方法可靠,且精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態。
DNA甲基化可以抑制基因表達。其機制是當DNA甲基化出現在啟動子區,其會強化啟動子序列的異染色質化(染色體擰巴在一起),而使轉錄起始復合物無法接近和結合,從而強化基因的轉錄抑制。只有保持開放性常染色質狀態的轉錄起始位點,才能保證轉錄起始蛋白復合物可接近并結合這個區域,從而保證基因的轉錄表達。當DNA甲基化出現在編碼基因不同區域的時候(上游,基因區或下游),其對基因表達的影響也是不同的。同時,DNA甲基化不僅只影響基因轉錄,實際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達等都有非常復雜的相互調控作用。
DNA甲基化是表觀遺傳學領域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉變為5′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達,從而影響生物學功能。DNA 甲基化參與眾多的細胞生命活動,包括細胞分化、組織特異性基因表達、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會導致發育異常、tumour等疾病的發生。Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現 多區段、多位點的甲基化精確定量分析。
DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學調控機制在許多關鍵的生物學過程如發育及疾病的進展中扮演著重要的作用,相對于基于PCR、芯片等傳統檢測手段,全基因組亞硫酸氫鹽測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉化與高通量測序文庫構建方法相結合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對來自更多樣本基因組中的甲基化位點進行準確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點,還能夠配合靶向技術檢測低頻甲基化信號,已成為目前在業界受到普遍關注的一種主流方法。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。南京甲基化重測序哪里做
DNA甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化,使DNA失去核酶限制性內切酶的切割位點,。杭州bisulfite甲基化重測序哪里做
DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現。為外遺傳編碼(epigenetic code)的一部分,是一種外遺傳機制。DNA甲基化過程會使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶環的5'碳上:這種5'方向的DNA甲基化方式可見於所有脊椎動物。在人類細胞內,大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細胞組織中,DNA甲基化一般發生於CpG雙核苷酸(CpG dinucleotide)部位;而非CpG甲基化則於胚胎干細胞中較為常見。植物體內胞嘧啶的甲基化則可分為對稱的CpG(或CpNpG),或是不對稱的CpNpNp形式(C與G是堿基;p是磷酸根;N指的是任意的核苷酸)。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亞硫酸鹽定序(bisulfite sequencing)方式測定。DNA甲基化可能使基因沉默化,進而使其失去功能。此外,也有一些生物體內不存在DNA甲基化作用。杭州bisulfite甲基化重測序哪里做
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