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北京STR/SSR基因SNP分型外包服務

來源: 發布時間:2021-11-08

3.HRM法高分辨率熔解曲線分析(HRM)是近幾年興起的SNP研究工具,它通過實時監測升溫過程中雙鏈DNA熒光染料與PCR擴增產物的結合情況,來判斷是否存在SNP,而且不同SNP位點、是否是雜合子等都會影響熔解曲線的峰形,因此HRM分析能夠有效區分不同SNP位點與不同基因型。這種檢測方法不受突變堿基位點與類型的局限,無需序列特異性探針,在PCR結束后直接運行高分辨率熔解,即可完成對樣品基因型的分析。該方法無需設計探針,操作簡便、快速,成本低,結果準確,并且實現了真正的閉管操作。探針的5’-端和3’-端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。北京STR/SSR基因SNP分型外包服務

上機測序后,每個樣本同一個SNP位置可以讀到數十或數百條reads(具體取決于測序通量),并且能夠清晰看到每條序列的具體信息,通過對SNP位點的聚類分析,實現位點基因型的判斷。大規模樣本中二等位基因reads比分布結果,每一個點一個樣本一個SNP位點的聚類結果,兩端表示純和,中間表示雜合(理想情況,1/0表示純和,0.5表示雜合)。上海翼和應用生物技術有限公司,上海翼和**團隊富有開創精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領下,秉承“專業、協作、進取”的企業精神,為科研用戶提供性價比高、高質量可靠的遺傳學技術服務和產品。微信公眾號:上海翼和生物上海STR/SSRSNP分型質量好SNP本身是針對“群體”而言的(within a population)。

二代測序法主要通過PCR的方法,對目標SNP位點進行特異性捕獲。為了提型的通量,目前多采用多重PCR的方法同時對多個位點進行捕獲(可同時對1-100位點進行分型)。由于二代測序通量是足夠滿足數百數千樣本的同時測序,因此需要對不同的樣本添加的樣本標簽(Barcode),從而在后續數據分析過程中,能夠進行樣本拆分。因此在多重PCR完成輪多SNP位點捕獲后,需要進行第二輪PCR,在輪PCR產物的基礎上,添加樣本樣本標簽及測序接頭等序列。通過PCR條件優化,目前亦可實現一次反應,兩輪PCR接力完成的效果。

RFLP法的優點是分型技術簡單,結果判斷容易,不需要昂貴的設備,成本低,并且實驗人員培訓簡單。但是通過SNP能夠導致RFLP的概率低,很多SNP位點不能采用這種方法進行檢測,而且有的限制性酶價格昂貴并且不容易買到。通常酶切的條件較高,容易出現假陽性結果,且工作量大,耗時長,通量低。這是早期的一種SNP分型技術,在通量和效率上難以滿足批量分型需求,因此這種技術目前只在個別實驗室中還在使用中。上海翼和應用生物技術有限公司SNP對于樣本量,我們是比較有優勢的,人口基數大,有大量的病例資源。

5.IlluminaBeadXpress法采用Illumina公司的BeadXpress系統進行批量SNP位點檢測,可以同時檢測1-384個SNP位點,往往用于基因組芯片結果確認,適合高通量檢測。微珠芯片具有高密度、高重復性、高靈敏度、低上樣量、定制靈活等特點,極高的集成密度,從而獲得極高的檢測篩選速度,在高通量篩選時可比較明顯降低成本。時間飛行質譜(MALDI-TOF)完成的SNP檢測準確率可達99.9%,除了準確性高、靈活性強、通量大、檢測周期短等優勢外,,有吸引力的應該還是它的性價比。飛行時間質譜平臺(MALDI-TOF)是國際通用的基因單核苷酸多態性(SNP)的研究平臺,該方法憑借其科學性和準確性已經成為該領域的新標準。這種選擇具有準確性高的特點,能夠有效避免形態學和環境因素的干擾,從而極大的縮短育種進程。浙江STRSNP分型準確度高

傳統的RFLP只能檢測到SNP的一部分,測序技術既費時費力。北京STR/SSR基因SNP分型外包服務

上海翼和生物根據具體實驗規模,提供兩種檢測平臺,分別為:適合中低通量檢測的PCR-LDR分型服務和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務。PCR-LDRSNP分型服務:PCR-LDR技術是PCR技術和LDR(LigaseDetectionReaction,連接酶檢測反應)想結合的檢測技術。LDR是利用高溫連接酶實現對基因多態性位點的識別。高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補的兩條寡聚核苷酸接頭對應處存在著基因點突變類型的堿基錯配,則連接反應就不能進行,反之則可以進行連接反應。Hi-SNP結合多重PCR技術和高通量測序技術,對需要檢測的位點設計特異性引物,在單管內進行多重PCR擴增,不同的樣本以不同的Barcode引物區分。混合樣本后,在illumina等主流測序平臺上,對擴增子進行高通量測序。測序結果使用生物信息學方法,區分不同的樣本,,終獲得每個位點的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進行序列測定,相比其他的SNP檢測技術,基于高通量測序的SNP分型具有更準確、更靈敏的特點。北京STR/SSR基因SNP分型外包服務

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