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STR基因SNP分型周期

來源: 發(fā)布時間:2021-11-09

為了獲得更多糖原相關(guān)SNP位點,作者選擇了包括Cg_GD1基因在內(nèi)的5個基因,64個個體(32個高糖原個體和32個低糖原個體)進行重測序,,后得到732個高質(zhì)量SNP。其中32個位于Cg_GD2基因,256個位于Cg_GS基因,用于后續(xù)的關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示有兩個SNP與糖原含量有關(guān)。分別是位于Cg_GD1基因第15個內(nèi)含子的SNP(Cg_SNP_3021(R(A/G))),和位于Cg_GD1基因的SNP(Cg_SNP_3021)。上海翼和**團隊富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價比高、可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。SNP數(shù)量多,分布很普遍。STR基因SNP分型周期

Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù),對需要檢測的位點設(shè)計特異性引物,在單管內(nèi)進行多重PCR擴增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分。混合樣本后,在IonProton/IonTorrent平臺上,對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,,終獲得每個位點的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進行序列測定,相比其他的SNP檢測技術(shù),基于高通量測序的SNP分型具有更準確、更靈敏的特點。上海翼和生物提供snp分型服務(wù)。江蘇SNP分型分析這種變異可能是轉(zhuǎn)換(C T,在其互補鏈上則為G A),也可能是顛換(C A,G T,C G,A T)。

上海翼和生物根據(jù)具體實驗規(guī)模,提供兩種檢測平臺,分別為:適合中低通量檢測的PCR-LDR分型服務(wù)和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務(wù)。PCR-LDRSNP分型服務(wù):PCR-LDR技術(shù)是PCR技術(shù)和LDR(LigaseDetectionReaction,連接酶檢測反應(yīng))想結(jié)合的檢測技術(shù)。LDR是利用高溫連接酶實現(xiàn)對基因多態(tài)性位點的識別。高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補的兩條寡聚核苷酸接頭對應(yīng)處存在著基因點突變類型的堿基錯配,則連接反應(yīng)就不能進行,反之則可以進行連接反應(yīng)。Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù),對需要檢測的位點設(shè)計特異性引物,在單管內(nèi)進行多重PCR擴增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分。混合樣本后,在illumina等主流測序平臺上,對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,,終獲得每個位點的SNP信息。高通量測序能一次對幾百萬條DNA分子進行序列測定,相比其他的SNP檢測技術(shù),基于高通量測序的SNP分型具有更準確、更靈敏的特點。

理論上講,SNP既可能是二等位多態(tài)性,也可能是3個或4個等位多態(tài)性,但實際上,后兩者非常少見,幾乎可以忽略。因此,通常所說的SNP都是二等位多態(tài)性的。這種變異可能是轉(zhuǎn)換(CT,在其互補鏈上則為GA),也可能是顛換(CA,GT,CG,AT)。轉(zhuǎn)換的發(fā)生率總是明顯高于其它幾種變異,具有轉(zhuǎn)換型變異的SNP約占2/3,其它幾種變異的發(fā)生幾率相似。Wang等的研究也證明了這一點。轉(zhuǎn)換的幾率之所以高,可能是因為CpG二核苷酸上的胞嘧啶殘基是人類基因組中,易發(fā)生突變的位點,其中大多數(shù)是甲基化的,可自發(fā)地脫去氨基而形成胸腺嘧啶。在基因組DNA中,任何堿基均有可能發(fā)生變異,因此SNP既有可能在基因序列內(nèi),也有可能在基因以外的非編碼序列上。總的來說,位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP(codingSNP,cSNP)比較少,因為在外顯子內(nèi),其變異率及周圍序列的1/5.但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義,因此cSNP的研究更受關(guān)注。傳統(tǒng)的SNP檢測方法是采用一些已有的成熟技術(shù),如DNA測序、、等位基因特異的寡聚核苷酸雜交(ASO)等。

上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是一具有16年行業(yè)經(jīng)驗的專業(yè)遺傳學(xué)服務(wù)供應(yīng)商。公司的首席科學(xué)家為肖君華教授(東華大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)研究所教授;中國遺傳學(xué)會理事;上海市遺傳學(xué)會常務(wù)理事)。公司擁有兩大專業(yè)平臺:基于一代測序儀3730XL的PCR-LDRSNP分型平臺;基于多重PCR捕獲建庫技術(shù)的二代測序平臺。為順應(yīng)市場需求,公司在2019年開拓了個人基因檢測業(yè)務(wù)。目前已開展心血管個體化用藥相關(guān)基因的檢測,孕婦葉酸及鈣代謝兩項基因檢測業(yè)務(wù)。兩項基因檢測均基于翼和一代測序平臺的PCR-LDRSNP基因分型方法。SNP所表現(xiàn)的多態(tài)性只涉及到單個堿基的變異,這種變異可由單個堿基的轉(zhuǎn)換或顛換所引起。上海STR基因SNP分型機構(gòu)

多態(tài)性是一個群體概念,多態(tài)性指這個差異占群體的1%以上。否則就叫突變(小于1%)。STR基因SNP分型周期

《CandidateGenePolymorphismsandtheirAssociationwithGlycogenContentinthePacificOysterCrassostreagigas》本文作者在野生群體中進行了候選基因關(guān)聯(lián)分析,選擇90個候選基因以及295個SNP位點,并且結(jié)合目標基因捕獲測序分型732個SNP位點。發(fā)現(xiàn)Cg_GD1基因(glycogendebranchingenzyme)中的兩個SNP位點(Cg_SNP_TY202andCg_SNP_3021)inCg_GD1(glycogendebranchingenzyme)和Cg_GP1基因(glycogenphosphorylase)中的一個SNP位點(Cg_SNP_4)與糖原含量相關(guān),基因表達量分析顯示這兩個基因在高糖原與低糖原中的表達量也有比較明顯差異。STR基因SNP分型周期

上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司發(fā)展規(guī)模團隊不斷壯大,現(xiàn)有一支專業(yè)技術(shù)團隊,各種專業(yè)設(shè)備齊全。在翼和生物近多年發(fā)展歷史,公司旗下現(xiàn)有品牌Biowing等。公司不僅*提供專業(yè)的第三方檢測服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評估;大健康檢測;遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細胞點突變檢測;細胞端粒長度和端粒酶活性檢測。,同時還建立了完善的售后服務(wù)體系,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司主營業(yè)務(wù)涵蓋細胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù),堅持“質(zhì)量保證、良好服務(wù)、顧客滿意”的質(zhì)量方針,贏得廣大客戶的支持和信賴。

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