目前市場上有多個廠家提供HRM分析的儀器,包括Idaho Technology、Corbett(QIAGEN)、Roche等,有些是**HRM的儀器,有些則是附帶HRM功能的定量PCR儀。HRM的發明者—美國猶他大學醫學院的Wittwer實驗室曾評估了市場上多臺儀器在基因分型和突變掃描上的性能1。他們發現,對于大部分儀器的準確基因分型來說,主要限制在于平板上的空間溫度差異(Tm的標準偏差為0.020-0.264°C)。其它差異如數據密度、信噪比和熔解速率,也會影響雜合體的掃描。經過比較發現,空氣加熱型儀器以及樣品溫度單獨控制的儀器有著更低的Tm標準偏差(0.018-0.065),而加熱塊型儀器則在0.092-0.274。SNP在基礎研究領域發揮著巨大作用。上海同源序列SNP分型
TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針,熒光基團連接在探針的5’末端,而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應體系中加入2種不同熒光標記的探針,它們可以分別與2個等位基因完全配對。正常情況下,由于探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團緊鄰在一起,熒光被淬滅。隨著PCR有效的進行,與模板完全配對的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割,致使探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團分離,淬滅效應解除,報告熒光基團被***,檢測到熒光信號,相反,如果模板不能完全配對的探針(**另一種等位基因)不能被有效切割,因此檢測不到熒光信號,從而實現SNP位點的分型檢測。天津高同源序列分型機構翼和生物推出了多重長PCR捕獲建庫的方案,有效解決了高同源區段SNP/序列分析的難題。
網絡版本的NCBI在內的很多網站都提供了在線的blast服務,是**經常用到的blast服務。網絡版本的NCBI優點:方便,容易操作,數據庫同步更新等優點。網絡版本的NCBI缺點:不利于操作大批量的數據,同時也不能定義搜索的數據庫。單機版本的NCBI 通過NCBI的ftp站點獲得。獲得程序的同事必須取相應的數據庫才能在本地進行BLAST分析。單機版本的NCBI優點:可以處理大批的數據,可以自己定義數據庫。單機版本的NCBI缺點:需要耗費本地機的大量資源,此外操作也沒有網絡版直觀、方便,需要一定的計算機操作水平。
高通量二代測序法SNP基因分型——你有我有,你沒有我也有:上海翼和應用生物技術有限公司通過自主研發的高重PCR技術,擴增引物經修飾及優化,克服了傳統多重PCR擴增效率不均一問題,95%以上擴增子的測序深度在平均測序深度的0.2X范圍,保證測序通量的有效利用?;诔咧豍CR技術平臺的高通量二代SNP分型服務,適用于多種遺傳學研究領域,如疾病與基因的關聯分析,臨床分子診斷研究,QTL定位及分子育種等大規模多位點大樣本的SNP分析。多重長片段PCR,同時擴增10個以上長片段,長片段區間內覆蓋多個SNP位點,通過這種方法高效捕獲特異性序列。
多序列比對的意義:用于描述一組序列之間的相似性關系,以便了解一個基因家族的基本特征,尋找motif,保守區域等。用于描述一個同源基因之間的親緣關系的遠景,應用到分子進化分析中。多序列比對的方法:同源性分析中常常要通過多序列比對來找出序列之間的相互關系,和blast的局部匹配搜索不同,多序列比對大多都是采用全局比對的算法。這樣對于采用計算機程序的自動多序列比對是一個非常復雜且耗時的過程,特別是序列數目多,且序列唱的情況下。高同源區段是二倍體和多倍體都存在的,由于多倍體染色體加倍,所以高同源區段在多倍體中更是普遍現象。上海高同源區段分型準確度高
在進行基因組研究中經常會遇到各類高同源區段,比如人基因組中P450基因家族,HLA基因座位。上海同源序列SNP分型
序列的相似性和序列的同源性有一定的關系,一般來說序列間的相似性越高的話,它們是同源序列的可能性就越高,所以經??梢酝ㄟ^序列的相似性來推測序列是否同源。正因為存在這樣的關系,很多時候對序列的相似性和同源性就沒有做很明顯的區分,造成經常等價混用兩個名詞。所以有出現A序列和B序列的同源性為80%一說。上海翼和應用生物技術有限公司是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有十六年歷史,專注于為國內科研工作者和生物醫藥企業提供各類分子遺傳學技術服務和質控試劑盒。上海同源序列SNP分型
上海翼和應用生物技術有限公司屬于醫藥健康的高新企業,技術力量雄厚。翼和生物是一家私營有限責任公司企業,一直“以人為本,服務于社會”的經營理念;“誠守信譽,持續發展”的質量方針。以滿足顧客要求為己任;以顧客永遠滿意為標準;以保持行業優先為目標,提供***的細胞組織小鼠質控,大健康檢測,生物技術服務。翼和生物以創造***產品及服務的理念,打造高指標的服務,引導行業的發展。