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杭州CPG島甲基化重測序

來源: 發布時間:2021-11-18

DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)。結構基因含有很多CPG結構, 2CPG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構。基因組中60%~ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結構基因啟動子的core序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩定的, 可遺傳的。全基因組DNA甲基化測序是用 Bisulfite 處理DNA序列。杭州CPG島甲基化重測序

DNA甲基化主要發生在啟動子區CPG島,在調節基因表達和其他功能方面起著關鍵作用.異常的DNA甲基化可參與調控疾病相關的分子信號通路,從而影響其正常功能。DNA甲基化在生物個體的生長發育與繁殖過程中,維持遺傳物質的穩定性是至關重要的。細胞采用多種機制來保證DNA復制的忠實性,如DNA的雙螺旋結構與半保留復制模式為遺傳物質的穩定提供了物質基礎;DNA聚合酶Ⅲ除了具有DNA聚合酶活性外還具有5’到3’的核酸外切酶活性,可及時去除錯配摻人的堿基;DNA復制后存在多種修復機制進一步保證了遺傳物質的穩定性。DNA甲基化在DNA復制起始、錯配修復、細菌中寄主控制的修飾與限制以及轉座子的失活等過程中對維持遺傳信息的穩定性發揮著重要的作用。浙江全基因組甲基化重測序哪里做全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。

目標區域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎上,或者依據文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關聯,選擇感興趣的目的區間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術對大規模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。Hi-MethylSeq技術通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。

DNA甲基化是表觀遺傳調控的常見機制。啟動子區域的高度甲基化可導致基因表達改變。甲基化多發生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細胞和組織分化、疾病發生以及適應環境等過程中,甲基化狀態可發生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態的分析,將為發育、育種、tumour標志物鑒定或藥物靶標尋找等研究奠定基礎。全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區,DNA高度甲基化首先會影響DNA結構,引起基因沉默。

DNA甲基化是表觀遺傳學的重要內容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育以及人類tumour發生,起著至關重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學的熱點,相應的技術也是層出不窮,根據實驗目的的不同,這些技術大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測技術以及特異性位點甲基化檢測技術。翼和特色內容目標區域甲基化測序自主知識產權超高重PCR為基礎,目標甲基化區段特異性捕獲,更具針對性,經濟型基于二代測序,可以獲得目標區域內所有C的甲基化數據~500X的測序深度,精確計算每個位點C的甲基化程度通量高,可同時對成百上千個區域進行甲基化程度分析適用于大樣本多區域的DNA甲基化水平檢測Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測序片段測序深度>10X。DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。江蘇CPG島甲基化重測序送樣要求

DNA甲基化主要發生在CpG位點。在哺乳動物中,70%到80%的CpG位點的胞嘧啶是甲基化的。杭州CPG島甲基化重測序

DNA甲基化一般是指DNA復制后,在DNA甲基轉移酶的作用下,將S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基轉移到DNA分子中胞嘧啶殘基的第5位碳原子上,形成5-甲基胞嘧啶的過程,它是真核細胞生物基因組重要的修飾方式之一。DNA甲基化包括從頭甲基化和維持甲基化2種模式。從頭甲基化是指在從未發生甲基化的位點上發生甲基化修飾,建立DNA甲基化的過程;而維持甲基化是指維持甲基化的酶可識別新合成的半甲基化雙鏈DNA,并將甲基添加到新鏈的非甲基化胞嘧啶上。杭州CPG島甲基化重測序

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