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廣州多重PCR技術甲基化重測序怎么解決

來源: 發布時間:2021-12-23

亞硫酸氫鈉修飾后測序法是一種對DNA進行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應擴增與DNA測序相結合的方法,能夠提供測定區域的序列信息,準確定位甲基化胞嘧啶位點;重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉變為尿嘧啶,PCR擴增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態的差異轉化成堿基的差異,從而對胞嘧啶的甲基化狀態進行分析;但在亞硫酸鈉處理的酸性環境下,單鏈特異性PCR模板穩定性下降,容易降解;并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復雜的二級結構,常出現非特異性條帶,結合“巢式PCR法”能明顯提高擴增的特異度。重亞硫酸鹽測序本質上就是重亞硫酸鹽轉化與二代測序(NGS)的結合。廣州多重PCR技術甲基化重測序怎么解決

DNA(主要是CpG的)甲基化是其遺傳機制和表型效應**為明確的表觀遺傳性機制。DNA甲基化譜式的變化不僅指導在正常發育過程中細胞譜系特化所依據的基因組轉錄譜式的改變,且在疾病發生和發展的基因表達異化中起著決定性的作用。為了高效準確的分析基因組中所有的甲基化位點,可采用全基因組甲基化(Whole Genome Bisulfite Sequence,WGBS)。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一,包括基于序列、熔化溫度和交互的分析,WGBS是通過重亞硫酸氫鹽使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉變為尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,再經PCR將U轉變為T,結合NGS便可高效準確地分析基因組中所有甲基化位點。上海目標區段甲基化重測序公司DNA 甲基化能關閉某些基因的活性,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。

Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產權的多重PCR捕獲技術,確保目的片段有效富集,經亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復雜度嚴重降低,嚴格控制建庫PCR的循環數,降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統計C和T堿基的讀數(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。

DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現。為外遺傳編碼(epigenetic code)的一部分,是一種外遺傳機制。DNA甲基化過程會使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶環的5'碳上:這種5'方向的DNA甲基化方式可見於所有脊椎動物。在人類細胞內,大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細胞組織中,DNA甲基化一般發生於CpG雙核苷酸(CpG dinucleotide)部位;而非CpG甲基化則於胚胎干細胞中較為常見。植物體內胞嘧啶的甲基化則可分為對稱的CpG(或CpNpG),或是不對稱的CpNpNp形式(C與G是堿基;p是磷酸根;N指的是任意的核苷酸)。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亞硫酸鹽定序(bisulfite sequencing)方式測定。DNA甲基化可能使基因沉默化,進而使其失去功能。此外,也有一些生物體內不存在DNA甲基化作用。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽處理,用PCR擴增目的片段,并結合二代測序平臺并對PCR產物進行測序。

DNA甲基化是表觀遺傳學的重要內容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育以及人類tumour發生,起著至關重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學的熱點,相應的技術也是層出不窮,根據實驗目的的不同,這些技術大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測技術以及特異性位點甲基化檢測技術。翼和特色內容目標區域甲基化測序自主知識產權超高重PCR為基礎,目標甲基化區段特異性捕獲,更具針對性,經濟型基于二代測序,可以獲得目標區域內所有C的甲基化數據~500X的測序深度,精確計算每個位點C的甲基化程度通量高,可同時對成百上千個區域進行甲基化程度分析適用于大樣本多區域的DNA甲基化水平檢測Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測序片段測序深度>10X。翼和生物目標區域甲基化項目結合亞硫酸鹽轉化和多重PCR擴增建庫測序技術,對目標區域甲基化位點進行分析。上海目標區段甲基化重測序公司

在基因組的某些區域中,通常位于基因的啟動子區,CpG 序列密度很高,可以達均值的5 倍以上。廣州多重PCR技術甲基化重測序怎么解決

在表觀遺傳中,DNA甲基化修飾具有非常重要的地位。其中胞嘧啶雜環5號位的甲基化修飾,又稱作5-甲基胞嘧啶(5mC),是**常見的甲基化修飾方式,也是迄今為止研究**為普遍的DNA甲基化修飾方式。一般認為當DNA甲基化出現在基因啟動子區,就會抑制基因轉錄,從而起到負調控的作用。DNA甲基化的形成機制,包括從頭合成(de novo),甲基化的維持(Maintenance)和去甲基化(Demethylation),這些過程分別由不同的基因和通路調控。這些基因和通路在動植物中即保守,又有所區別。廣州多重PCR技術甲基化重測序怎么解決

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