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天津目標區域甲基化重測序分析

來源: 發布時間:2021-12-30

DNA甲基化是指在DNA甲基轉移酶的作用下,使胞嘧啶的5位碳原子發生甲基化的生物化學過程。DNA胞嘧啶甲基化是一種穩定的表觀遺傳學標記,在調控特定基因表達、轉座子沉默、基因印記、X染色體失活以及基因組穩定性等多種生物學過程中發揮著重要作用。在動物中,DNA甲基化主要發生在CpG二核苷酸的背景下,約為70-80%的DNA甲基化。然而,剩余未發生甲基化的CpG位點則主要密集分布于基因的啟動子區域和the first exon region,被稱為CpG島(CpG island),在基因表達的調控和基因突變上都可能發揮著重要作用。WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序.天津目標區域甲基化重測序分析

目標區域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎上,或者依據文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關聯,選擇感興趣的目的區間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術對大規模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。Hi-MethylSeq技術通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。天津目標區域甲基化重測序分析DNA甲基化是研究**為普遍的表觀遺傳修飾,它被認為在許多生物學過程和疾病中有著重要的作用。

DNA甲基化一直以來都是表觀遺傳學領域研究的重點之一。DNA甲基化(Methylation)是指在DNA甲基轉移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉變為5′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能抑制某些基因的表達。在哺乳動物中,基因組DNA的甲基化可分為兩種類型:維持甲基化(maintenance DNA methylation)和重新甲基化(de novo methylation)。維持甲基化是指在甲基轉移酶的作用下,DNA的半保留復制過程中,會在子鏈的相應的位置進行甲基化修飾的過程。重新甲基化是指在甲基轉移酶的作用下,原來沒有甲基化的DNA雙鏈上,進行甲基化的過程,之后由維持甲基化酶來維持穩定的DNA甲基化狀態。對于這兩種甲基化機制來說,有兩種對應類型的甲基化酶:維持甲基轉移酶和重新甲基轉移酶。

DNA甲基化是DNA化學修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現。DNA甲基化是指在甲基轉移酶的催化下,DNA的CG兩個核苷酸中的胞嘧啶被選擇性地添加甲基基團的化學修飾現象,極常見的是在胞嘧啶的5號碳位置,在酶和底物的作用下,引入一個甲基基團,變成了5甲基胞嘧啶(5mC),從而改變了它的活性。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發育以及人類tumour發生,起著至關重要的作用。上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用PCR擴增目的片段,并結合二代測序平臺(illumina等主流測序平臺)并對PCR產物進行測序,本方案目標區域甲基化測序服務Hi-MethylSeq,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。常規全基因組甲基化測序技術通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列。

全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC)是一種常見的DNA修飾類型,能調節基因表達、轉座子及染色體的狀態等。浙江目標區段甲基化重測序

重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。天津目標區域甲基化重測序分析

Hi-Methylseq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產權的多重PCR捕獲技術,確保目的片段有效富集,經亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復雜度嚴重降低,嚴格控制建庫PCR的循環數,降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統計C和T堿基的讀數(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。天津目標區域甲基化重測序分析

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