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安徽目標區間甲基化重測序機構

來源: 發布時間:2022-01-09

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區間內的甲基化位點的甲基化狀態,在完成目標區域檢測的同時大幅降低研究費用。Hi-MethylSeq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現多區段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標準,是一個化學過程,可造成DNA的損傷,很難同時實現100%的轉換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內參序列中的C作為內對照,準確評估樣本的轉化率。以MethlyC-seq為例,將DNA段化后收集特定長度的片段并修復DNA末端.安徽目標區間甲基化重測序機構

全基因組甲基化測序結合了亞硫酸氫鹽轉化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術,可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉化成胸腺嘧啶。對PCR產物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。安徽目標區間甲基化重測序機構在前期全基因組甲基化測序等工作基礎上,利用Hi-MethylSeq技術對大規模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。

DNA甲基化是指在甲基轉移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區,DNA高度甲基化首先會影響DNA結構,進而阻遏基因轉錄,引起基因沉默。DNA甲基化為非編碼區(如內含子等)的長期沉默提供了一種有效的抑制機制。基因啟動區域內CpG位點的甲基化通過三種方式影響基因轉錄活性:DNA序列甲基化直接阻礙轉錄因子的結合;甲基CpG結合蛋白結合到甲基化CpG位點與其他轉錄抑制因子相互作用;染色質結構的凝集阻礙了轉錄因子與其調控序列的結合。

上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴增子測序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亞硫酸鹽轉化是研究DNA甲基化的金標方法,該技術基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學轉化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA,非甲基化胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不發生這種轉化,從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化(圖1)。轉化后的序列可以進行多種分析,包括重亞硫酸鹽測序、焦磷酸測序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測序。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發生堿基錯配: T2G。

DNA甲基化是在DNA甲基化轉移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程,剛被發現時被定義為第五種堿基,實際上它是一種重要的表觀遺傳學標記,在調控基因表達、維持染色質結構、基因印記、X染色體失活以及胚胎發育等生物學過程中發揮著重大的作用,獲得全基因組范圍內所有C位點的甲基化水平數據,對表觀遺傳學的時空特異性研究具有重要意義,Bisulfite甲基化測序是以新一代高通量測序平臺為基礎,結合全基因組Bisulfite處理和生物信息數據分析技術,進行低成本、高效率、高準確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。基因甲基化幾乎發生在CpG島(70%啟動子)會損害轉錄因子結合,發生在基因區間能抑制有害元件的表達。南京多重PCR技術甲基化重測序分析

DNA 甲基化能關閉某些基因的活性,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。安徽目標區間甲基化重測序機構

DNA甲基化是**早發現的基因表觀修飾方式之一,真核生物中的甲基化*發生于胞嘧啶,即在DNA甲基化轉移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5’-端的胞嘧啶轉變為5’-甲基胞嘧啶。DNA甲基化通常抑制基因表達,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。這種DNA修飾方式在不改變基因序列前提下實現對基因表達的調控。脊椎動物DNA的甲基化狀態與生長發育調控密切相關,比如在tumour發生時,抑cancer基因CpG島以外的CpG序列非甲基化程度增加,CpG島中的CpG則呈高度甲基化狀態,導致抑cancer基因表達的下降。安徽目標區間甲基化重測序機構

上海翼和應用生物技術有限公司主要經營范圍是醫藥健康,擁有一支專業技術團隊和良好的市場口碑。公司業務涵蓋細胞組織小鼠質控,大健康檢測,生物技術服務等,價格合理,品質有保證。公司注重以質量為中心,以服務為理念,秉持誠信為本的理念,打造醫藥健康良好品牌。翼和生物秉承“客戶為尊、服務為榮、創意為先、技術為實”的經營理念,全力打造公司的重點競爭力。

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