片段長度多態性（限制性內切酶）法——RFLP（RestrictionFragmentLengthPolymorphism）法的基本原理是通過PCR擴增目的片段DNA，擴增產物再用特異性內切酶酶切成不同大小的片段，直接通過凝膠電泳分辨基因型。不同等位基因的限制性酶切位點分布不同，產生不同長度的DNA*段條帶。上海翼和應用生物技術有限公司上海翼和**團隊富有開創精神，朝氣蓬勃，在肖君華博士的帶領下，秉承“專業、協作、進取”的企業精神，為科研用戶提供性價比高、高質量可靠的遺傳學技術服務和產品。微信公眾號：上海翼和生物在經濟作物育種領域，檢測SNP可實現對所需性狀的早期選擇。上海SNP基因分型機構

網絡版本的NCBI在內的很多網站都提供了在線的blast服務，是**經常用到的blast服務。網絡版本的NCBI優點：方便，容易操作，數據庫同步更新等優點。網絡版本的NCBI缺點：不利于操作大批量的數據，同時也不能定義搜索的數據庫。單機版本的NCBI   通過NCBI的ftp站點獲得。獲得程序的同事必須取相應的數據庫才能在本地進行BLAST分析。單機版本的NCBI優點：可以處理大批的數據，可以自己定義數據庫。單機版本的NCBI缺點：需要耗費本地機的大量資源，此外操作也沒有網絡版直觀、方便，需要一定的計算機操作水平。高同源SNP分型哪里好但是當位點數和樣本量都比較大的時候，長片段PCR增加成本，工作量也非常龐大了。

將待檢測片段（包含待測SNP位點）進行PCR擴增并直接進行測序是SNP檢測方法中，準確的一種，堪稱SNP分型的“金標準”。獲得測序峰圖，純和位點為單峰，而雜合位點則為套峰，因此通過查看測序峰圖很容易將基因型區分開來。直接測序法不僅可用于對已知位點的檢測，還可用于發現未知的SNP位點。直接測序法的優點是結果準確，能發現未知位點，但是其缺點是通量低，成本高。因此直接測序法適用于少位點，少樣本的分型規模，當然土豪實驗室除外！所以這種方法也很難在商業化大規模的分型實驗中得到推廣。

二代測序法主要通過PCR的方法，對目標SNP位點進行特異性捕獲。為了提**型的通量，目前多采用多重PCR的方法同時對多個位點進行捕獲（可同時對1-100位點進行分型）。由于二代測序通量是足夠滿足數百數千樣本的同時測序，因此需要對不同的樣本添加***的樣本標簽（Barcode），從而在后續數據分析過程中，能夠進行樣本拆分。因此在多重PCR完成***輪多SNP位點捕獲后，需要進行第二輪PCR，在***輪PCR產物的基礎上，添加樣本樣本標簽及測序接頭等序列。通過PCR條件優化，目前亦可實現一次反應，兩輪PCR接力完成的效果。高同源區段是二倍體和多倍體都存在的，由于多倍體來自染色體加倍，高同源區段在多倍體中更是普遍現象。

單核苷酸多態性（single nucleotide polymorphism，SNP），主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。它是人類可遺傳的變異中，常見的一種。占所有已知多態性的90%以上。SNP在人類基因組中比較常見存在，平均每500～1000個堿基對中就有1個，估計其總數可達300萬個甚至更多。SNP所表現的多態性只涉及到單個堿基的變異，這種變異可由單個堿基的轉換（transition）或顛換（transversion）所引起，也可由堿基的插入或缺失所致。但通常所說的SNP并不包括后兩種情況。長片段PCR擴增跨過高同源區段是解決高同源區段SNP分型/序列分析的有效方法。上海SNP基因分型機構

多重PCR是將多個目標區段/目標SNP位點的在1個PCR管中同時擴增，獲得多個目標片段的技術。上海SNP基因分型機構

RFLP法的優點是分型技術簡單，結果判斷容易，不需要昂貴的設備，成本低，并且實驗人員培訓簡單。但是通過SNP能夠導致RFLP的概率低，很多SNP位點不能采用這種方法進行檢測，而且有的限制性酶價格昂貴并且不容易買到。通常酶切的條件較高，容易出現假陽性結果，且工作量大，耗時長，通量低。這是早期的一種SNP分型技術，在通量和效率上難以滿足批量分型需求，因此這種技術目前只在個別實驗室中還在使用中。上海翼和應用生物技術有限公司上海SNP基因分型機構

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