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全自動多重數字PCR油滴制造

來源: 發布時間:2023-04-04

產物越短,往往擴增效率越高。模板二級結構(Templatesecondarystructure):PCR變性中和變性后的單鏈DNA不夠穩定,容易自發折疊形成二級結構。應避免可形成穩定二級結構的模板鏈區域,因為如果模板鏈形成的二級結構在退火溫度下穩定存在,定位在模板鏈二級結構處的引物將無法同模板鏈相結合。使用mfold可預測引物待結合的區域是否存在復雜的二級結構。設計引物時,盡量使引物定位在模板二級結構以外的序列上。避免具有4個以上相同的連續堿基的區域(Avoid>4repeatsofsamebases):以避免延伸階段聚合酶“滑動(PolymeraseSlippage)”。選擇GC含量(GCContent)在50-60%之間的區域。如果高GC含量區域不可避免,可以嘗試提高退火溫度,并使用添加劑,例如甘油,Drop-off數字PCR檢測方法的**主要優勢是能夠能夠在一個反應中檢測到基因組序列范圍短的同源基因突變。全自動多重數字PCR油滴制造

常規PCR和實時熒光PCR定量檢測都需要已知拷貝數的標準DNA制定標準曲線,由于樣品測定在各種條件上不會完全一致,會造成PCR擴增效率的差異,從而影響定量結果的準確性。而ddPCR不受標準曲線和擴增動力學影響,可以進行定量。如何在雙通道設置及雙探針標記的情況下實現多重檢測?不同位點的雙探針檢測體系中引物和探針采用不同的終濃度,這樣陽性微滴的終點FAM/HEX熒光信號強度就會不同,利用陽性微滴不同的“分簇(cluster)”來區分不同的突變位點。采用對應的KRAS野生型和突變型細胞系對雙重ddPCR檢測體系的性能進行驗證。結果顯示除了Q61H位點外,其他位點的檢測體系在54C的情況下均能很好的區分4個明顯的cluster。珠三角國產數字PCR價格PCR本質上是將一個傳統的PCR反應分成了數萬個PCR反應。

了解泊松分布,我們先要從二項式分布說起,二項式分布是一個離散概率分布,它給出了m次試驗中k次成功的可能性,每次試驗的概率為p,例如當擲骰子時,二項分布給出了在10次試驗中恰好有7次擲出4的概率。在數字PCR的情況中,投擲骰子類似于將一個目標實體隨機“投擲”到一組分區中,當目標落在選定的分區中時,就是成功。如果有n個分區,并且分區過程是完全隨機的,則目標出現在所選分區中的概率為1/n。該試驗重復m次,樣品中的每個分子一次。如下所示的二項式分布給出了k個成功的概率,即所選分區恰好包含k個分子的概率。數字PCR通常采用大量分區。當n很大,并且嘗試成功的概率(1/n)很小時,二項分布可以近似為泊松分布。

dPCR的測量結果通常表示為含量,即拷貝數值或轉基因質量百分比,而QPCR結果通常表示為拷貝數的質量分數。目前市場上可購買到大多數轉基因標準物質,以qPCR定值的標準物質是以拷貝數(單倍體基因組當量)的質量分數來表示特性量;以dPCR定值的標準物質直接采用拷貝數比例來表示特性量。不同方法使用不同的表示方式,會造成測量結果不可比。因此質量分數、拷貝數和拷貝數比例之間的關系需要轉化,才能得到單位一致,數值可比的數據。EU聯合研究中心建議使用轉換因子從拷貝數換算到質量分數。數字PCR即Digital PCR(dPCR),它是一種核酸分子定量技術。

作為時下的熱點技術,數字PCR是將核酸樣品分配到大量單獨、平行的微反應單元(nL,納升級別)中,使得每個反應單元中盡可能含有1個模板分子,并在此基礎上進行擴增、檢測和分布統計,從而實現靶標分子的比較 計數。(圖:數字PCR技術原理)根據微反應單元的不同形式,數字PCR產品可分為微板式、微滴式和芯片式等。目前,市場上主要的數字PCR產品主要是基于微滴式和芯片式,如Bio-Rad公司的QX200微滴式系統和ThermoFisher公司的QuantStudio系統等。與一、二代PCR技術相比,數字PCR具有很多優勢:一是特異性、靈敏性均有顯著提高;二是在不依賴內參和標準曲線的前提下,可直接得到比較 量化指標;三是微反應單元相互獨立、封閉,避免了PCR抑制劑及不同核酸分子擴增產物間的相互干擾,準確度和可重復性較高。相同模板進行 96 次擴增,終點處產物量不恒定,但 Ct 值卻極具重現性。珠三角進口數字PCR原理

數字PCR的應用甚廣,除了可應用于進行突變的檢測以外,也可運用于基因擴增的檢測。全自動多重數字PCR油滴制造

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