單細胞轉錄組測序(Single-cell RNA-sequencing, scRNA-seq) 是在單個細胞水平對mRNA 進行高通量測序的一項新技術，其原理是將多細胞生物分離的單個細胞中微量的轉錄組mRNA 通過高效擴增后再進行高通量測序。單細胞轉錄組測序能夠有效解決組織樣本無法**的細胞異質性難題以及常規RNA-seq 被掩蓋的細胞群內的轉錄組異質性難題，有助于發現新的稀有細胞類型，并深入了解發育過程中的表達調控機制。近年來，已有多種單細胞測序技術及平臺應用而生。其中，基于微流控技術的平臺通量有限，基于板型技術的平臺有耗時的熒光***細胞分選過程，近來基于液滴技術的平臺的10xGenomics 憑借其單次成千上萬的細胞通量、周期短及成本低成為目前主流的單細胞轉錄組測序平臺。研究對象的“基本屬性”決定了單細胞高通量技術是目前我們解析各種生命現象、揭示生物學機制的技術手段。專注單細胞測序

2021年12月，南京農業大學動物醫學學院楊倩教授及生命科學學院林建副教授，于Cell＆Bioscience(IF:7.133) 在線發表了IBDV ***雞法氏囊的單細胞測序的***研究成果。研究工作內容的主要承擔者為Abid Ullah Shah博士。歐易生物提供高通量單細胞轉錄組測序（10x Genoimics單細胞轉錄組測序）技術支持。該研究從雞傳染性法氏囊病毒的鼻腔***入手，一方面***闡述了IBDV 通過雞鼻腔傳播至法氏囊的傳播途徑及病毒***主要靶細胞；另一方面，研究初步闡明家禽細胞應用RNAi抵抗IBDV的分子機制，為高效防控家禽RNA病毒奠定理論基礎。天津介紹單細胞測序銷售價格單細胞測序業務已成為這些公司業務的重要組成部分，單細胞業務占比也逐年提升。

歐易單細胞測序繼續發力！近日，歐易生物合作客戶復旦大學附屬中山醫院王群教授團隊在EBioMedicine（IF8.143）期刊發表的關于食管鱗狀細胞*（ESCC）分子圖譜的相關成果，對食管鱗狀細胞*的異質性和**微環境進行深入的分析并提出了食管鱗狀細胞****的潛在靶點。歐易生物提供了該項目單細胞轉錄組測序相關。歡迎有意向開展單細胞測序研究的老師們向我們咨詢溝通單細胞相關問題。

工作材料：5個**組織和5個配對正常組織

期刊：EBioMedicine

發表時間：2021年6月27日

方法：歐易生物10xGenomicsscRNA-seq

單細胞全基因組測序技術是在單細胞水平對全基因組進行擴增與測序的一項新技術。其原理是將分離的單個細胞的微量全基因組DNA進行擴增，獲得高覆蓋率的完整的基因組之后通過外顯子捕獲進而高通量測序用于揭示細胞群體差異和細胞進化關系。全基因組擴增技術主要分為兩種類型：一是基于熱循環以PCR為基礎的擴增技術，如簡并寡核苷酸引物PCR (DOP-PCR)、連接反應介導的PCR (LM-PCR)、擴增前引物延伸反應 (PEP)等；一是基于等溫反應不以PCR為基礎的擴增技術，如多重置換擴增 (MDA) 和基于引物酶的全基因組擴增 (pWGA)。單細胞蛋白組和代謝組受制于質譜儀器的靈敏度，目前還存在一定的難度。

單細胞懸液制備難于標準化。

基于酶學的樣本處理方法，大都會存在一定程度的解離偏好性，即不同的酶處理不同的組織往往會有不太一樣的「效果」，而這種效果不僅*反應在細胞得率，細胞活性和細胞碎片等參數上，往往也會在**終細胞類型有所反映，比如可能會導致部分稀有細胞的丟失，細胞比例的失真等，從而偏離組織的真實狀態。另外，細胞懸液的制備過程較長，通常需要3-5小時，這個過程會導致細胞處于「應激狀態」中，轉錄的過程可能已經發生變化，偏離臨床實驗的終點設計，會對結果的判斷造成一定的影響。針對如上問題，歐易團隊從已發表的高影響力的文獻中，匯總出針對不同類型組織的處理方法，確保實驗結果與文獻并軌（同頻）。對于應激問題，我們也開發出了低溫解離方法，使樣本始終處于「休眠」狀態，從而保證了樣本符合臨床取樣終點，還原其生物學的真實狀態。另外細胞核測序也是一個替代的選擇，對樣本的要求較低，可以解鎖大量臨床信息明確、低溫冷凍的標本。細胞核制備也不依賴于酶學，全程在低溫環境，也能真實還原樣本的臨床狀態。歐易在細胞核測序的核懸液準備上積累了很多經驗。 我們將持續加大單細胞測序相關的研發投入，從樣本的處理優化到多組合標簽技術的開發應用等。推薦單細胞測序活動

利用單細胞測序技術全球的科研人員從“異質性”的角度在不同研究領域進行深入挖掘，獲得眾多新發現。專注單細胞測序

h5Seurat 文件格式是專門為存儲和分析多模態單細胞和空間表達數據而設計的，比如 CITE-seq 或 10X Visium 技術。它能夠保存所有分子信息和相關描述的數據，包括降維信息、空間坐標以及細胞群標簽等。HDF  是用于存儲和分發科學數據的一種自我描述、多對象文件格式。HDF  由美國國家超級計算應用中心（NCSA）創建，以滿足不同群體的科學家在不同工程項目領域之需要。后來由一個非盈利組織 HDF Group 支持，其版本包括了 HDF4 和現在大量使用的 HDF5。專注單細胞測序

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