為了驗證TMT蛋白組學數據，作者選擇了18個與蓮種胚脫水保護功能密切相關的候選DEPs進行PRM蛋白靶向驗證。PRM鑒定了18個候選DEPs。這些蛋白質的表達模式在PRM和TMT的定量結果之間顯示出類似的趨勢。然而，PRM檢測到的蛋白豐度的倍數變化值要大于TMT數據。這一結果在很大程度上支持了TMT數據的可靠性。基于TMT標記定量蛋白質組學的生物信息學分析，對脅迫生理指標進行了測定，以驗證蓮種胚脫水的保護機制。在快速脫水階段，REC和MDA含量的變化與RWC相反，它們的水平迅速增加（圖6A，B）。ABA含量在快速脫水和脫水成熟階段前略有增加（圖6C）。上蛋白質組學質譜分析蛋白質組學三大基本技術。北京蛋白組學服務公司

使用TMT標記定量蛋白質組學分析，與GFP-群體相比，在GFP+細胞中TM處理后，線粒體復合物IV的多個亞基被特異性下調，對下調的蛋白質進行基因本體 (GO)分析，顯示參與線粒體電子傳遞鏈 (ETC) 的通路富集。同時作者還分析了從人 LM2 細胞系中分選的 LM2 GFP+和 GFP- 細胞，在 TM 處理 48 小時后蛋白組學分析，揭示了GFP+細胞優先富集，同時揭示了線粒體 ETC 相關的通路。因此，TM 處理特別影響具有更高細胞內銅水平的 SOX2/OCT4+ 細胞中的線粒體 ETC 通路。蛋白質組學分析確定了富含線粒體功能的途徑。細胞色素c氧化酶 (Complex IV) 是一種線粒體金屬酶，是線粒體ETC的終末酶。遼寧非標記定量蛋白組學質譜技術,生物信息學方法,提供蛋白質組學 。

在本研究中，利用iTRAQ標記定量蛋白組學方法對東京野茉莉種子發育的4個時間點采樣進行蛋白質組學分析。獲得了2338個蛋白和1473個DEPs。Mfuzz聚類分析顯示，在種子發育過程中，轉錄本和蛋白質組之間存在相當大的時序一致性。在四個發育時期中，花后70天（種子發育活躍期）是視為東京野茉莉種仁發育的關鍵時期：在該階段與脂肪酸生物合成相關的功能基因和酶蛋白均達到表達峰值，同時種仁內部大部分營養物質開始迅速積累。通過轉錄組數據和蛋白質組數據綜合分析油脂合成的調控網絡，乙酰CoA羧化酶和**酸脫氫酶兩個酶體系處于中心位置，在脂肪酸的合成過程中具有主導作用。

通過磷酸化蛋白質組定量鑒定了1244個磷酸化蛋白質，其中474個（38%）在**組織中***增加，183個（15%）***下降。三種蛋白亞型中磷酸化蛋白組學的比較結果揭示了亞型特異性的活性激酶。進一步對差異改變的磷酸化位點的研究顯示，在S-I中觀察到參與黏附的底物升高和參與RNA轉運的底物減少。而基于timsTOF Pro離子淌度4D蛋白質組技術，是對蛋白組學+磷酸化組學的雙重升級，可實現快速采集、更高的靈敏度和特異性，**臨床蛋白質組學在定性數量更多、定量更準確、位點鑒定更精確、樣本需求量更低、檢測周期更短等性能上***提升，從蛋白質表達和修飾雙重角度更好地發揮發掘分子調控機制、發現疾病分子分型以及發掘生物標志物等多重作用。蛋白組學方案為組學研究涉及的樣本獲取,前處理,數據采集到分析的各個環節提供自動化。

轉錄組學和蛋白質組學分析作者通過轉錄組學和蛋白質組學分析暴露于DON的C2C12細胞的差異基因（DEG）。轉錄組學鑒定了2387個DEG，其中72%被下調。蛋白質組學鑒定出402個DEG，其中74%被下調。GO和KEGG通路富集分析表明，轉錄組學DEGs參與了“男性主要性征的發育”、“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“骨骼肌收縮的調節”等生物學過程。**富集的通路是“ECM-受體相互作用”、“人**瘤病毒***”和“蛋白質消化吸收”。蛋白質組學分析中，富集到了“肌肉收縮”、“中間絲解聚”和“脂質轉運”等生物學過程。細胞成分中富集到“細胞骨架”、“細胞外基質”和“整合素”。KEGG通路富集到“新霉素、卡那霉素和慶大霉素生物合成”、“系統性紅斑狼瘡”、“ECM-受體相互作用”和“蛋白質消化和吸收”。前兩條通路與上調的DEG相關，而后兩條通路與下調的DEG相關，這與轉錄組學結果一致。蛋白質組學-鹿明生物丨歐易生物。吉林蛋白組學 中藥

蛋白質組學測序 蛋白組學技術缺點。北京蛋白組學服務公司

蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創新中心高大明研究員、復旦大學附屬中山醫院**教授課題組合作在Cancer Cell上發表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、微生物組學研究方法對262例肝內膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析，通過繪制肝內膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發病機制、分子分型、預后等提供了寶貴的資源。北京蛋白組學服務公司

上海歐易生物醫學科技有限公司總部位于聯航路1188號25幢，是一家檢驗檢測服務。（依法須經批準的項目，經相關部門批準后方可開展經營活動，具體經營項目以相關部門批準文件或許可證件為準）一般項目：生物醫藥產品、生化產品的研發，醫藥中間體、化工原料及產品（除危險品化學品、監控化學品、易制毒化學品）的研發、銷售，儀器儀表的銷售，并提供相關技術咨詢、技術服務，會務服務，企業管理咨詢。的公司。歐易生物深耕行業多年，始終以客戶的需求為向導，為客戶提供高質量的科研服務，科研檢測，學術研究，技術咨詢。歐易生物不斷開拓創新，追求出色，以技術為先導，以產品為平臺，以應用為重點，以服務為保證，不斷為客戶創造更高價值，提供更優服務。歐易生物始終關注醫藥健康行業。滿足市場需求，提高產品價值，是我們前行的力量。