TMT標記定量蛋白質組學研究案例：2021年12月威爾康奈爾醫學中心和紀念斯隆凱特琳**中心的Linda T. Vahdat 和 Vivek Mittal教授課題組在Nature Communications期刊發表的題為 “Copper depletion modulates mitochondrial oxidative phosphorylation to impair triple negative breast cancer metastasis”的研究成果，通過蛋白質組學和代謝組學研究方法，發現了高度轉移性 SOX2/OCT4+ 細胞的離散亞群表現出細胞內銅水平升高特征，探究了TM 介導的復合物 IV 失活確定為 SOX2/OCT4+ 細胞群中的主要代謝缺陷，AMPK/mTORC1 能量傳感器為重要的下游途徑。描繪了銅-代謝-轉移軸，為高風險三陰性乳腺*患者的下一代治療方法提供了理論依據。中文標題：銅耗竭調節線粒體氧化磷酸化以損害三陰性乳腺*轉移研究對象：高風險三陰性乳腺*(TNBC)發表期刊：NatureCommunications影響因子：14.919發表時間：2021年12月合作單位：紀念斯隆凱特琳**中心，Sandra和EdwardMeyer**中心運用關鍵生物技術：TMT標記定量蛋白質組學和靶向代謝組學蛋白質組學,修飾蛋白質組,蛋白·修飾·代謝。上海蛋白組學數據分析
為了更好地了解DON對C2C12細胞分化的影響，作者進行了轉錄組學和蛋白質組學的整合分析。共鑒定了149個共同的***差異基因（co-DEG），其中91%被共下調（圖3A）。15%的co-DEG屬于真核細胞骨架，其中大部分屬于肌動蛋白絲，少數是中間絲和微管的成分。對co-DEG進行GO分析，生物學過程富集了“骨骼肌肌球蛋白粗絲組裝”和“快肌纖維收縮的正向調節”條目。細胞組分中富集的**個條目是“纖維蛋白原復合物”、“細胞外空間”、“細胞外基質”、“細胞外區域”和“蛋白質細胞外基質”，這些都是細胞外成分（圖3B）。結果表明，DON主要影響肌肉成分的組成和功能以及多種細胞外成分的表達。通路富集分析富集到了“ECM-受體相互作用”、“蛋白質消化和吸收”、“人**瘤病毒***”和“粘著斑”等通路。安徽血漿蛋白組學蛋白組+代謝組+脂質組-數據分析系統。
作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發育過程中蛋白質表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非?；钴S。為了評估轉錄組和蛋白質組之間的一致性，以及了解轉錄后的mRNA在蛋白質水平上是如何表現的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。
定量蛋白質組學研究：2022年2月，上海市農業科學院食用菌研究所鮑大鵬研究員課題組在《FrontiersinMicrobiology》期刊發表的題為“OxidativeStressandAutophagyAreImportantProcessesinPostRipenessandBrownFilmFormationinMyceliumofLentinulaedodes”的研究成果，通過iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學等技術對香菇菌絲進行定量蛋白質組學和代謝組學分析，發現氧化應激和自噬是香菇菌絲后熟轉色重要過程，并對其在蛋白質組和代謝組水平上的分子機制有了新的認識。涉及的歐易/鹿明生物服務產品：iTRAQ標記定量蛋白組學、GC-MS非靶向代謝組學蛋白質組學,蛋白質組分析,專業的多組學聯合分析。
通過蛋白質組學分析檢測了經M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs，在0、24和48小時各種基因的表達增加(圖2A)。此外，熱圖分析揭示了不同表達的功能基因，包括與炎癥、細胞增殖、免疫調節和血管生成相關的因素(圖2B-E)。時序分析表明，HBMECs中標記基因的上調與炎癥因子IL3RA有關，增殖相關蛋白CD40和免疫調節因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進人腦微血管內皮細胞的血管生成能力，因此初步驗證了M-Exos***后血管生成相關基因的表達。蛋白質印跡結果顯示血管生成相關基因FlK1和ANGPT1的表達明顯增強(圖2I)。綜上所述，結果證實了M-Exos誘導了人腦微血管內皮細胞的功能改變。蛋白組學研究必看的經典綜述。吉林蛋白組學質譜測定方法
蛋白質組學多組學分析蛋白質組學研究進展。上海蛋白組學數據分析
運用生物技術：TMT標記定量蛋白質組學、PRM蛋白靶向驗證由鹿明生物提供技術支持：2021年12月，上海交通大學張荻課題組在Frontiers in Plant Science發表題為 TMT-Based Quantitative Proteomic Analysis Reveals the Physiological Regulatory Networks of Embryo Dehydration Protection in Lotus(Nelumbo nucifera)的研究成果，通過TMT標記蛋白質組學和平行反應監測蛋白靶向驗證(PRM)技術研究方法，構建了蓮花胚胎脫水保護的生理調控網絡。為揭示荷花種子長壽的脫水保護機制提供了新的見解。上海蛋白組學數據分析
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