蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學研究案例：2021年12月30日復旦大學附屬中山醫院樊嘉院士、中國科學院上海藥物研究所周虎研究員、中國科學院分子細胞科學***創新中心高大明研究員、復旦大學附屬中山醫院**教授課題組合作在Cancer Cell上發表題為“Proteogenomic characterization identifies clinically relevant subgroups of intrahepatic cholangiocarcinoma”的研究論文，通過基因組學、轉錄組學、蛋白質組學、磷酸化蛋白質組學、微生物組學研究方法對262例肝內膽管*（iCCA）患者的配對**和*旁組織進行了分析，通過繪制肝內膽管*的多維分子圖譜為進一步鑒定iCCA的分子發病機制、分子分型、預后等提供了寶貴的資源。蛋白組學—精選文章推薦。遼寧蛋白組學研究雜志

并通過蛋白質組學和時間序列分析在血管生成中發揮著關鍵作用（圖3E）。時間序列分析表明，外出刺激后ICAM1表達增加（圖3F）。此外，當ICAM1在HBMECs中時，血管形成容量***降低（圖3I/j）。這些結果表明M-Exos通過增加HBMECs中的ICAM1的表達來調節血管生成。蛋白質組學分析發現的差異表達蛋白與多種神經退行性疾病相關，包括帕金森病、阿爾茨海默病和亨廷頓病(圖6B)。本研究運用蛋白質組學，蛋白質印跡，免疫熒光、免疫組化等分析了源自MSCs的外泌體可以使人腦微血管內皮細胞(HBMECs)保持活躍狀態，有利于血管生成。應用PD小鼠模型發現MSCs的外泌體可以促進PD的恢復。結果可以為MSCs衍生的外泌體在PD***方面提供可能性。廣東蛋白組學 質譜TMT/iTRAQ標記定量蛋白組學 差異表達蛋白質組分析研究。

作者通過iTRAQ蛋白質組學技術鑒定敲低NMT1后發生變化的蛋白質。結果鑒定到三種上調蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六種下調蛋白（NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF）（圖2A）。作者將這些蛋白質分別命名為N-豆蔻酰化下調蛋白(NDP)和上調蛋白(NUP)。有趣的是，敲低NMT1會減少NDP和NUP的N-豆蔻酰化，而過表達NMT1會誘導NDP和NUP的N-豆蔻酰化（圖2B）。在小鼠模型中，敲除NMT1會導致NDP和NUP的去N-豆蔻酰化，這可以通過在肝臟中表達外源性NMT1來部分逆轉（圖2C）。這些發現表明，盡管NMT1對NDP和NUP的表達起著相反的作用，但NMT1同時刺激NDP和NUP的N-豆蔻酰化。

本文為中國科學院海岸帶研究所趙建民課題組在ScienceoftheTotalEnvironment期刊發表了的文章，通過iTRAQ標記定量蛋白質組學研究弧菌***加劇了海洋酸化造成的牡蠣免疫抑制效應。海洋酸化可能增加海洋軟體動物疾病加劇的風險。從而將產生重大的經濟和生態影響，因此本研究結果具有重要的指導意義。在本研究中，研究者將太平洋牡蠣暴露于酸化海水（約2000ppm）中28天，然后用金氏弧菌進行***處理，以此研究海洋酸化是否會影響牡蠣對病原菌***的免疫反應。此外，利用基于iTRAQ的定量蛋白質組學方法，對牡蠣鰓這一潛在的造血部位進行了研究，以分析對OA和金氏弧菌共同作用較敏感的生理過程。蛋白組+代謝組+脂質組-數據分析系統。

綜上所述，本研究應用RNA-seq轉錄組分析結合iTRAQ蛋白質組學技術，探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動態變化。此外，作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調控機制。許多功能轉錄本(16530)和蛋白質物種(1228)的模式發生了***變化，其中317個DAPs被轉錄組結果覆蓋。結合結構基因(蛋白)或轉錄因子的表達譜及相應化合物的含量，對重要代謝產物的調控網絡進行了探討。結果表明，黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過程中逐漸減弱，而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。走近蛋白組學之蛋白組學常見問題答疑解惑。浙江蛋白組學測序上海

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通過蛋白質組學分析檢測了經M-Exos處理的HBMECs的改變。外泌體***了HBMECs，在0、24和48小時各種基因的表達增加(圖2A)。此外，熱圖分析揭示了不同表達的功能基因，包括與炎癥、細胞增殖、免疫調節和血管生成相關的因素(圖2B-E)。時序分析表明，HBMECs中標記基因的上調與炎癥因子IL3RA有關，增殖相關蛋白CD40和免疫調節因子TNFRSF10C(圖2F-H)。作者主要研究外泌體是否促進人腦微血管內皮細胞的血管生成能力，因此初步驗證了M-Exos***后血管生成相關基因的表達。蛋白質印跡結果顯示血管生成相關基因FlK1和ANGPT1的表達明顯增強(圖2I)。綜上所述，結果證實了M-Exos誘導了人腦微血管內皮細胞的功能改變。遼寧蛋白組學研究雜志

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