蛋白組學研究實用案例：東南大學醫學院院長劉必成教授領導的腎臟病研究所在Science advances期刊發表了題為“Extracellular vesicle–encapsulated IL-10 as novel nanotherapeutics against ischemic AKI"的研究成果，通過蛋白組學+多層組學研究方法，建立IL-10細胞囊泡高表達模型的構建，提出并驗證了IL-10細胞外囊泡的靶向缺血性腎損傷的假說，探究了IL-10細胞外囊泡作為新型納米藥物的機理。中文標題：細胞外囊泡包裹的IL-10作為抗缺血性急性腎損傷的新型納米療法研究方向：新藥研發及其機制研究發表期刊：Scienceadvances影響因子：14.136發表單位：中國南京東南大學附屬中大醫院腎內科運用生物技術：LC-MS/MS蛋白組學（由鹿明生物提供技術支持）質譜技術,生物信息學方法,提供蛋白質組學 。內蒙古線粒體蛋白組學

作者運用iTRAQ標記定量蛋白組學對種子發育過程中蛋白質表達的定量比較，同時進行GO和KEGG通路富集分析。結果表明所有鑒定的蛋白被分為29類，主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對比較中，普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中，參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評估轉錄組和蛋白質組之間的一致性，以及了解轉錄后的mRNA在蛋白質水平上是如何表現的，作者進行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。江蘇差異蛋白組學與基因相結合一站式服務,研究不同生物體在不同時刻/狀態下蛋白質表達的變化。

作者進行了綜合分析，將蛋白組學和代謝組學中的***生物標志物合并到通路分析中，并確定了半乳糖代謝、戊糖和葡萄糖醛酸鹽相互轉化、檸檬酸鹽循環和**酸代謝這幾種途徑。然后結合蛋白質和代謝標志物來預測DKD狀態。五種機器學習模型表明，組合模型提高了DKD預測的準確性和穩定性。圖中展示了RF的結果。總的來說，組合多組學標志物模型是一種強有力的提高DKD診斷的方法。1.蛋白組學結果表明，α2-巨球蛋白、組織蛋白酶D和CD324可作為檢測DKD進展的潛在生物標志物。2.代謝組學結果表明，半乳糖代謝和甘油脂代謝是DKD的主要代謝途徑，此外甘油-3-半乳糖苷可作為預測DKD的**標志物。3.蛋白組學和代謝組學的組合可以提高預測和診斷DKD的準確性和穩定性。血清綜合組學的生物標志物可用于DKD的預警和診斷。該研究為優化DKD的管理提供了數據資源。

本文為中國科學院海岸帶研究所趙建民課題組在ScienceoftheTotalEnvironment期刊發表了的文章，通過iTRAQ標記定量蛋白質組學研究弧菌***加劇了海洋酸化造成的牡蠣免疫抑制效應。海洋酸化可能增加海洋軟體動物疾病加劇的風險。從而將產生重大的經濟和生態影響，因此本研究結果具有重要的指導意義。在本研究中，研究者將太平洋牡蠣暴露于酸化海水（約2000ppm）中28天，然后用金氏弧菌進行***處理，以此研究海洋酸化是否會影響牡蠣對病原菌***的免疫反應。此外，利用基于iTRAQ的定量蛋白質組學方法，對牡蠣鰓這一潛在的造血部位進行了研究，以分析對OA和金氏弧菌共同作用較敏感的生理過程。蛋白質組學,蛋白質組分析,專業的多組學聯合分析。

蛋白組學技術可以提供細胞狀態和調控的功能信息，本研究建立了單細胞蛋白組學方法，實現了高靈敏度的蛋白組學檢測。該技術有助于揭示疾病的發病機制，探討預后和風險相關的不同腎臟疾病亞型中的蛋白組學異質性和獨特的蛋白標志物，為藥物靶點***提供希望。大規模單細胞分析對于捕獲復雜細胞系統中的生物異質性至關重要，但*基于RNA技術的單細胞轉錄組學數據并不能很好地**蛋白質水平上的變化。而單細胞蛋白組學技術能夠從蛋白質水平上破譯細胞機制并且獲得更多的信息。單細胞蛋白組學之質譜流式細胞技術。福建蛋白組學火山圖

蛋白質組學基本策略 研究基礎 研究內容 研究意義背景。內蒙古線粒體蛋白組學

綜上所述，本研究應用RNA-seq轉錄組分析結合iTRAQ蛋白質組學技術，探討油茶種子不同成熟期儲量積累的動態變化。此外，作者還探討了黃酮類化合物和脂肪酸的生物合成和代謝可能的調控機制。許多功能轉錄本(16530)和蛋白質物種(1228)的模式發生了***變化，其中317個DAPs被轉錄組結果覆蓋。結合結構基因(蛋白)或轉錄因子的表達譜及相應化合物的含量，對重要代謝產物的調控網絡進行了探討。結果表明，黃酮類化合物的合成能力在種子成熟過程中逐漸減弱，而脂肪酸的合成能力則先升高后下降。內蒙古線粒體蛋白組學

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