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湖南什么是空間轉錄組

來源: 發布時間:2023-07-19

空間轉錄組的一般流程。將準備好的新鮮冷凍組織切片放置于空間轉錄組芯片上。每個細胞中的RNA分子都包含著基因表達的信息。組織切片成像,以檢索組織學信息。這樣就可以看到一個細胞或一組細胞在組織中的位置。空間轉錄組芯片上含有上千個捕獲的spot,這些捕獲探針的 Poly-T 尾可以結合RNA分子的 Poly-A 尾。這些陣列的排列順序就像一個棋盤,帶有相同身份條形碼(barcode)的探測位于同一個正方形中。這樣就可以確定每個捕獲探針及其結合RNA的來源。組織切片固定。該芯片包含一個與組織切片一起成像的視覺可檢測框架。如何通過“HE染色”判斷空間轉錄組項目樣本是否為“好的樣本”呢?湖南什么是空間轉錄組

Visium空間轉錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么?10X Genomics測試過很多組織類型,絕大多數都可以用于空間轉錄組的分析。下圖是他們官網上測試過的組織類型的列表,測試過的組織都可以運用在空間轉錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前,務必用組織優化的玻片測試一下,看組織能否用于空間轉錄組的實驗,同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主,但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。廣西歐易生物空間轉錄組報價除大腦以外的其他***的技術現代化,將為開發有用的空間轉錄組學地圖集提供廣闊的前景。

10xVisium空間轉錄組技術原理為將新鮮冷凍的組織切片,置于文庫制備載玻片上,經過固定、染色和透化后,釋放出mRNA,mRNA與空間條形碼捕獲探針相結合,從而捕獲基因表達信息。然后將捕獲的mRNA合成cDNA并制備測序文庫進行測序,并對數據進行可視化分析。空間轉錄組技術作為當今**前沿的科研技術,相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中,快速發表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。

空間轉錄組的一般流程2。這使得在后續步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數據成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透,這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞,并與芯片上相鄰的捕獲探針結合。因此,基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉換為數據。cDNA合成是為了創造穩定的雙鏈DNA分子。這是必要的,因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外,這是構建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來,可以在線訪問。這意味著在實踐中,您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區域。然后你可以確定哪些基因在這些區域中以什么數量表達。因此,你可以在一個單一的實驗中進行新分析。空間轉錄組學和 10X Visium 依靠這種微陣列技術,區別在于微陣列載玻片上的組織上的轉錄本信息。

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術,與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比,空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失,使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點,近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發,還是大規模應用或商業化,都得到蓬勃發展。例如2019年4月,Science發文通過空間轉錄組揭示ALS(肌萎縮側索硬化癥,又稱漸凍癥)分子病理的時空動態;2019年8月,Nature在線發表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細胞的時空表達數據;2020年9月,Cell上發表了一篇利用空間轉錄組解析人鱗狀細胞*的文章;2021年1月,Science發表了將組織擴展和原位RNA測序結合起來的新型空間轉錄組技術ExSeq;2021年4月,10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉錄組商業化解決方案。10X Visium空間轉錄組的實驗主要分為兩部分:組織學板塊和組學板塊。福建空間轉錄組規格

scRNA-seq 技術的進步啟發了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數據的互補性質的新方法。湖南什么是空間轉錄組

 空間重構的計算策略:這種計算方法可以充分利用內在基因表達模式或共表達的趨勢,從單個細胞的大量轉錄組數據中重構細胞間的環境。然而,這些推論方法在某些情況下*呈現空間趨勢或特定組織的總體布局。基于LCM的方法:基于LCM的轉錄組學或基因組學成功地獲得了單個細胞的空間轉錄組,盡管其通量很低,但是在可以標記成千上萬個單個細胞位置的多路復用條形碼策略可行之前,將少量細胞的數據粗略地整合到構成***的巨大背景中,可能具有一定價值。基于圖像的原位轉錄組學:基于圖像的原位轉錄組學在很大程度上增加了可檢測區域,但也存在一些問題,例如幾種smFISH方法很難從包括信號干擾、轉錄本積累等復雜背景中提取單個細胞。空間條形碼加高通量:費用較高且無法在單個細胞中獲得轉錄組。湖南什么是空間轉錄組

上海歐易生物醫學科技有限公司一直專注于檢驗檢測服務。(依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動,具體經營項目以相關部門批準文件或許可證件為準)一般項目:生物醫藥產品、生化產品的研發,醫藥中間體、化工原料及產品(除危險品化學品、監控化學品、易制毒化學品)的研發、銷售,儀器儀表的銷售,并提供相關技術咨詢、技術服務,會務服務,企業管理咨詢。,是一家醫藥健康的企業,擁有自己**的技術體系。公司目前擁有專業的技術員工,為員工提供廣闊的發展平臺與成長空間,為客戶提供高質的產品服務,深受員工與客戶好評。誠實、守信是對企業的經營要求,也是我們做人的基本準則。公司致力于打造***的科研服務,科研檢測,學術研究,技術咨詢。公司深耕科研服務,科研檢測,學術研究,技術咨詢,正積蓄著更大的能量,向更廣闊的空間、更寬泛的領域拓展。

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