早期空間轉錄組學的另一條發展路線是基因捕獲和增強子捕獲篩選，開發于二十世紀八十年代，當時 DNA 測序通量正在增加，動物基因組是新開放的前沿領域。果蠅和小鼠的篩選是在八十年代后期進行的，目的是觀察未靶向且通常未知的基因表達情況。隨著通量的增加，增強子和基因捕獲技術在九十年代成為空間轉錄組學的技術，直到 WMISH 在九十年代后期興起。WMISH 技術的自動化程度較高，避免了對轉基因品系的依賴，同時由于在二十一世紀初獲得物種的參考基因組信息變得越來越便利，探針設計因此也更為方便。轉錄本的空間位置信息可以通過在原位陣列上捕獲的組織切片中的轉錄本來獲取，?如空間轉錄組技術。品質空間轉錄組使用

基于原位測序的空間轉錄組技術。基于原位測序（ISS）的方法通過測序產生空間轉錄組信息，這種方法只依靠連接酶連接兩段DNA—一段已知序列的引物和一個探針與模板匹配，不匹配的探針就會被洗掉。2013年開發的ISS中，每個探針使用一個查詢堿基來測序基因條形碼。FISSEQ和后來的EXeq使用了SOLiD，每個探針使用兩個查詢堿基來測序環化和RCA擴增的cDNAs。在STARmap中，基因條形碼由SEDAL測序，其中還使用了兩個類似固體的查詢堿基來避免錯誤。BARseq還用基因條形碼放大了RCA探針。基于ISS技術的優勢包括：單細胞分辨率、亞細胞轉錄物定位和可應用于更大的組織區域。缺點是：檢測效率較低。海南歐易生物空間轉錄組領域空間轉錄組數據分析軟件開發語言統計情況。

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比，空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發，還是大規模應用或商業化，都得到蓬勃發展。例如2019年4月，Science發文通過空間轉錄組揭示ALS（肌萎縮側索硬化癥，又稱漸凍癥）分子病理的時空動態；2019年8月，Nature在線發表了景乃禾團隊解析小鼠早期胚胎細胞的時空表達數據；2020年9月，Cell上發表了一篇利用空間轉錄組解析人鱗狀細胞*的文章；2021年1月，Science發表了將組織擴展和原位RNA測序結合起來的新型空間轉錄組技術ExSeq；2021年4月，10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉錄組商業化解決方案。

空間轉錄組的應用有哪些？一、發現疾病的空間異質性：同時了解患病組織中的細胞類型及其定位有助于解決空間分辨的轉錄組學問題。在不同的環境下，明智地選擇這些方法在生物學研究中也是至關重要的，例如在神經科學中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法適用于小樣本（例如臨床樣本）以及整個轉錄組或基因組分析。二、構建空間轉錄組圖譜：借助于空間分辨的單細胞轉錄組學，建立圖譜可能是在分子水平上研究生物體結構的重要步驟。目前的多項研究通過單細胞轉錄組技術結合空間轉錄技術，得到多個***的時空轉錄組圖譜（相關研究后續會在如下專輯更新）。了解空間轉錄組樣本準備注意事項。

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術，與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比，空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失，使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。已發表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數量上限制較大，或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點，近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發，還是大規模應用或商業化，都得到蓬勃發展。

空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。福建運用空間轉錄組

該類工具的開發將簡化不同類型空間轉錄組學數據的整合和分析。品質空間轉錄組使用

空間轉錄組研究的的必要性。研究單細胞我們想要探究細胞間的異質性，但是常規的單細胞是將細胞解離成單細胞懸液，然后利用單細胞分離技術（微孔，微板，液滴）等方法實現單細胞建庫，這里比較大的問題是是細胞失去了原本在組織的空間信息。然而這個空間信息在實際研究中有很重要。特別是在研究細胞命運機制及細胞譜系發生空間位置的信息顯得尤為重要，因此發展空間轉錄組技術實現細胞的位置信息的保留，對研究此類細胞狀態尤為必要。品質空間轉錄組使用

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