空間轉錄組技術作為當今前沿的科研技術，相信很多老師都希望將其運用于自己的課題中，快速發表高分文章。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。由上海歐易生物醫學科技有限公司（以下簡稱“歐易生物”）主辦的“空間轉錄組學培訓班”落下帷幕。培訓中，歐易講師團隊以其豐富的項目經驗及專業的生信能力，從空間轉錄組學的發展歷程、測序原理、實驗實操及數據挖掘等多維度，向遠道而來的學員們展開了系統性的培訓。

過真實研究案例聚焦包括單細胞轉錄組、單細胞基因組、單細胞代謝組、空間轉錄組。河北發展空間轉錄組

10x Genomics空間轉錄組技術的準確性高嗎？下圖是一個將10x Genomics空間轉錄組技術應用于小鼠海馬體研究的案例。A圖為腦組織切片的HE染色結果，從10x Genomics空間轉錄組分析結果中，可以清晰看到Tmsb4x（B圖）和Selenow（C圖）在海馬體區域高表達，和已知的研究結果一致性較高。開展10x Genomics空間轉錄組需要做哪些準備？空間轉錄組是一項十分前沿的技術，涉及到很多細節方面的準備工作，例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區域的確認等一系列內容。而且實驗中存在很多不確定性因素，處理不慎容易導致整個項目失敗。北京運用空間轉錄組作者通過對三個人類腦皮層組織的空間轉錄組測序，可評估不同腦皮層區域中基因表達特征和細胞類型定位情況。

空間轉錄組的一般流程2。這使得在后續步驟中覆蓋細胞組織圖像和基因表達數據成為可能。用我們的滲透試劑對組織進行滲透，這意味著在細胞膜上形成小孔。RNA分子可以通過這些通道離開細胞，并與芯片上相鄰的捕獲探針結合。因此，基因表達信息被捕獲在芯片上。需要通過以下步驟將捕獲的RNA分子中存儲的信息轉換為數據。cDNA合成是為了創造穩定的雙鏈DNA分子。這是必要的，因為cdna - rna -雜交體的降解速度很快。此外，這是構建可測序文庫之前的必要步驟。所有之前收集的信息都被匯集起來，可以在線訪問。這意味著在實踐中，您可以查看組織切片的圖像并選擇組織中的不同區域。然后你可以確定哪些基因在這些區域中以什么數量表達。因此，你可以在一個單一的實驗中進行新分析。

廣義上來說，目前一共有4種解析“空間性轉錄組”的策略：2.第一種是利用計算機算法，根據單細胞轉錄組數據來模擬重構組織的空間形態。例如Seurat，這是一個在單細胞數據分析中***用到的R包，我們可以利用scRNA-seq數據，加上對markegene進行原位測序的結果來重構組織的空間信息。3.第二種，激光顯微切割+二代測序（LCM+NGS）。這種技術對儀器和實驗人員的操作要求較高，而且獲取的通量也比較低，如果組織非常珍貴或者研究的內容十分精細，可以考慮這個。但是這種策略比較難被官方干運用。4.第三種策略，就是基于高分辨圖像的原位測序。**經典的是smFISH當然，這種方法的通量比較低。當然隨著技術的發現，剛發布的FISH-seq技術通過多輪雜交的方式，已經把測序通量提高到了10000+個轉錄本。5.***就是“基于空間條形碼（spatialbarcodes）的空間轉錄組技術。本文主要討論的也就是這種技術。后面主要討論的都是基于這種策略。 研究通過對 ALS 小鼠疾病進程（癥狀前、發病、癥狀期和終末期）的脊髓組織進行空間轉錄組測序。

10x Genomics空間轉錄組的實現原理是什么？10x Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區域，每個捕獲區域的大小為6.5x6.5mm，包含5000個被條形碼標記的點（barcoded spots），每個點的直徑為55 μm，點和點之間中心的距離為100 μm，并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細胞中會釋放出mRNA，遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列，然后進行文庫構建并進行測序。根據數據的條形碼信息對數據進行分析，以確定哪些數據來自哪個位置，從而實現空間基因表達的可視化。 10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空間轉錄組商業化解決方案。天津應用空間轉錄組

空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失。河北發展空間轉錄組

空間轉錄組技術原理是什么？當組織冷凍切片附在空間轉錄組載片上時，條形碼引物結合并從組織中捕獲鄰近的mRNA。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了空間條形碼。分析Illumina測序結果中空間條形碼的序列，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的起始位置。空間轉錄組的條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著，空間轉錄組使得在mRNA樣品處理和后續測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗，致力通過質量的服務，助力各位科研工作者取得新的突破。河北發展空間轉錄組

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