空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時,多角度測量轉錄組譜。然而,現有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發了BayesSpace,這是一種完全貝葉斯統計方法,它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉錄組數據的分辨率并進行聚類分析。基準測試證明BayesSpace在識別具有相似表達譜的空間簇和提高空間轉錄組學分辨率方面的效用,其既克服了有效利用空間信息進行表達數據聚類的挑戰,又克服了目前空間轉錄組技術分辨率有限的問題。scRNA-seq 技術的進步啟發了利用高分辨率轉錄組定量分析與空間轉錄組學數據的互補性質的新方法。海南歐易生物空間轉錄組報價
空間轉錄組技術包含兩種芯片,分別為組織優化芯片(Tissue Optimization)和基因表達芯片(Library Preparation)。組織優化芯片用來摸索組織透化的比較好時間,基因表達芯片用來進行正式樣本的空間轉錄組實驗。其中基因表達芯片上有 4 個捕獲區域,每個區域大小為 6.5mm×6.5mm,每個捕獲區域中有 5000 個帶有特異地址序列的探針簇,稱為 barcoded spots,每個 spot 直徑為 55um,包含數百萬個用于捕獲的 oligo 探針序列,相鄰兩個 spot 的中心距離為 100um。探針序列的結構為:測序引物結合序列,16nt 的位置序列,12nt 的 UMI 序列以及 30nt 的 oligo-dT 序列。天津歐易生物空間轉錄組使用空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA。
1. 空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA。空間條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,使得在mRNA樣品處理和后續測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息,為研究和診斷提供有效數據支撐。10x Genomics空間轉錄組技術可以應用于免疫、發育、神經和病理等研究方向。
Visium空間轉錄組能夠做何種組織類型以及推薦切片厚度是什么?10X Genomics測試過很多組織類型,絕大多數都可以用于空間轉錄組的分析。下圖是他們官網上測試過的組織類型的列表,測試過的組織都可以運用在空間轉錄組的分析上面。但建議用戶用基因表達玻片做正式實驗前,務必用組織優化的玻片測試一下,看組織能否用于空間轉錄組的實驗,同時也找到比較好的組織通透時間。切片厚度基本上以10μm為主,但也有少量組織例外。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組相關的顯微解剖技術通常分為兩類:機械和光學。
10x Genomics空間轉錄組的實現原理是什么?10x Genomics空間轉錄組用于文庫構建的每張載玻片上有四個捕獲區域,每個捕獲區域的大小為6.5x6.5mm,包含5000個被條形碼標記的點(barcoded spots),每個點的直徑為55 μm,點和點之間中心的距離為100 μm,并且每個點都有一個barcode序列。組織切片的細胞中會釋放出mRNA,遷移到每個spot的mRNA會被標記上相應的barcode序列,然后進行文庫構建并進行測序。根據數據的條形碼信息對數據進行分析,以確定哪些數據來自哪個位置,從而實現空間基因表達的可視化。 過真實研究案例聚焦包括單細胞轉錄組、單細胞基因組、單細胞代謝組、空間轉錄組。歐易生物空間轉錄組多少錢
空間轉錄組測序結果為未來人類心臟發育的研究提供重要的借鑒意義。海南歐易生物空間轉錄組報價
空間轉錄組學(ST)是一種方法,允許在組織樣本中可視化和定量分析轉錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片,該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個帶有獨特條形碼序列的引物位點。每個位置都有一個直徑100μm(對應于一個組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,在空間轉錄組樣本處理、實驗和數據挖掘上的成功經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。海南歐易生物空間轉錄組報價
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