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河南發展空間轉錄組

來源: 發布時間:2021-11-19

空間轉錄組是在組織原位檢測基因表達的一種技術,與bulk RNA-seq或單細胞轉錄組測序相比,空間轉錄組避免了組織中細胞位置信息的丟失,使得我們在檢測基因表達的同時獲得基因在組織內部的空間位置信息。已發表的關于空間轉錄組技術有Slide-seq , LCM-seq , seqFISH, MERFISH , Liver single cell zonation , Geo-seq and Tomo-seq。這些方法或是在細胞數量上限制較大,或是存在有效測序深度不足等問題。正是由于空間轉錄組可以從多維度解析生物學過程的特點,近年來關于空間轉錄組無論是在技術開發,還是大規模應用或商業化,都得到蓬勃發展。


在未來的5-10年里,空間轉錄組學妥妥的是技術熱點。河南發展空間轉錄組

1. 10x Genomics公司提供的Visium空間基因表達解決方案是目前可選的一個高通量空間轉錄組的商業化解決方案。該解決方案可以輕松地將空間轉錄組學技術應用到組織切片和染色的標準方法中,從而研究空間分辨率下整個轉錄組mRNA的表達情況,同時在同一組織切片中獲得組織學相關信息。空間轉錄組是一項前沿技術,涉及到很多細節方面的準備工作,例如組織類型的選擇、前期預實驗的設計、病理區域的確認等一系列內容。而且實驗中存在很多不確定性因素,處理不慎容易導致整個項目失敗。云南歐易生物空間轉錄組規格除了皮膚、胰腺和骨頭組織外,其余樣本類型均可開展10x Genomics空間轉錄組研究。

空間基因表達技術能夠在保留空間背景信息的同時,多方位測量轉錄組譜。然而,現有的分析方法并沒有解決技術分辨率有限或有效利用空間信息的問題。來自美國的科研團隊開發了BayesSpace,這是一種完全貝葉斯統計方法,它使用來自空間鄰域的信息來增強空間轉錄組數據的分辨率并進行聚類分析。BayeSpace通過使用的Bioconductor SingleCellExperiment數據結構將預處理數據作為輸入,無縫集成到空間轉錄組分析工作流中,輸出同樣存儲在SingleCellExperiment對象中,該對象可用于下游分析。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。

 空間轉錄組學(ST)是一種方法,允許在組織樣本中可視化和定量分析轉錄組與空間分辨率。通過在載玻片上排列含有位置條形碼的寡核苷酸的組織切片,該方法聲稱可以生成具有精確位置信息的高質量的RNA-seq cDNA文庫。條形碼芯片有1007個帶有獨特條形碼序列的引物位點。每個位置都有一個直徑100μm(對應于一個組織域)中心到中心的距離是200μm。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,在空間轉錄組樣本處理、實驗和數據挖掘上的成功經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組細胞通訊分析方法簡介及實操。

什么是空間轉錄組?空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA。空間條形碼逆轉錄oligo(dT)引物在顯微鏡載玻片表面的有序附著,使得在mRNA樣品處理和后續測序過程中位置信息的編碼和獲取成為可能。單細胞RNA測序或組織樣本RNA測序,均無法為研究人員提供精確的空間信息。通過空間轉錄組技術可獲取組織中具體的位置的轉錄信息,為研究和診斷提供有效數據支撐。歐易生物具有上百例空間轉錄組項目執行經驗,致力通過質量的服務,助力各位科研工作者取得新的突破。空間轉錄組是一種用于從空間層面上解析RNA-seq數據的技術,從而解析單個組織切片中的所有mRNA。黑龍江空間轉錄組多少錢

該類工具的開發將簡化不同類型空間轉錄組學數據的整合和分析。河南發展空間轉錄組

一些實現空間轉錄組學的重要技術,**早可以追溯到二十世紀七十年代,長期以來,各種形式的原位雜交技術(ISH)已用于可視化空間中的基因表達。從技術原理中不難看出,空間轉錄組技術**為特殊的載玻片。ISS 方法通常通過基于連接(SBL)或者基于合成(SBS) 的原位測序, 確定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段,**終獲得空間轉錄組信息。根據測序鏈接策略的不同(SOLiD,cPAL和SEDAL),基于 SBL 的原位測序技術方法的代表性技術分別為 FISSEQ,ISS,STARmap。河南發展空間轉錄組

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