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10X Genomics單細胞測序多組學測序

來源: 發布時間:2022-06-10

Single Cell Sequencing技術,即利用優化后的高通量測序技術(NGS,Next Generation Sequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細胞?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細胞?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細胞數量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細胞?單細胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,如果單個細胞的分選成本也很高,技術根本無法普及。所以,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細胞測序應用中的普及度一直不足,直到幾個突破性技術的誕生。高通量測序技術是對傳統測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。10X Genomics單細胞測序多組學測序

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數據上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫,從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應容器中。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構建新一代測序文庫,從而能夠對每個細胞的整個轉錄組進行基因表達測定。吉林二代測序單細胞測序數據分析可視化烈冰引進國際主流單細胞和空間轉錄組測序平臺,保障細胞精度的前提下提供組織內部精細區域的空間信息。

單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項目消化經驗,100+組織類型解離protocol,精心設計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術以及死細胞過濾技術,確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細胞數量太少,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。 單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分? 烈冰同時采用單細胞蛋白質組與單細胞轉錄組測序技術,真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細胞分類精度。

樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉錄組的變化,在對細胞進行清洗和計數后,單細胞懸液應當保存于冰上,直至用于后續的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應當在3min鐘內將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質,因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,增加了堵塞的風險,而且每個團塊被當成單細胞計數,又降低了細胞計數的準確性。此外,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快。對于這些細胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差。烈冰單細胞測序,助力您的深入科學探究。

一味的追求高細胞數量的捕獲,小心得不償失,原因在這:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數據,在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現明顯不同。而當細胞捕獲數過多時,無論是假陰性和假陽性數據還是多細胞數據,都會對正常細胞聚類產生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數在3000-5000個時,數據量在100G左右時,可以滿足分析和文章發表的多重需求。單細胞測序技術的迅速發展和應用推廣,為從多維度揭示疾病發展提供了強有力的工具。上海10X Genomics單細胞測序商業化服務

單細胞測序數據分析,認準烈冰NovelBrain生物信息數據分析平臺。10X Genomics單細胞測序多組學測序

針對單細胞測序數據分析時的reads數、基因表達量及細胞數量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數大約在50k左右;每個細胞的基因中位數取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數普遍較少,導致基因中位數下降。而某些疾病組織、或者體外培養的如干細胞等,他們的基因表達數較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數非常高。因此,我們對細胞數量以及基因中位數確認時,需要考察實際組織的細胞組成。10X Genomics單細胞測序多組學測序

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