單細(xì)胞多組學(xué)提升見解 基于測(cè)序的數(shù)據(jù)能夠?qū)⒄蔑@其強(qiáng)大之處，因?yàn)樗軌蛄私馔粏渭?xì)胞的多種生物分析指標(biāo)。如果說(shuō)單細(xì)胞基因表達(dá)提供了一種顏色的詳細(xì)信息，那么單細(xì)胞多組學(xué)提供了同一細(xì)節(jié)的全彩色圖譜，為您帶來(lái)樣本的真實(shí)視圖。烈冰2021年強(qiáng)勢(shì)引進(jìn)的10x Genomics Chromium單細(xì)胞平臺(tái)能夠從同一單細(xì)胞中讀取細(xì)胞復(fù)雜性的多組學(xué)特征。與傳統(tǒng)方法不同，單細(xì)胞多組學(xué)簡(jiǎn)化了您需要開展的實(shí)驗(yàn)，也節(jié)省了您需要分析的樣本，而能獲得相同的結(jié)果。這不但節(jié)省了寶貴的樣本，還保證了更高的生物學(xué)準(zhǔn)確性，因?yàn)槟恍枰ヅ洳鸱謽颖镜臄?shù)據(jù)集并通過(guò)計(jì)算來(lái)推斷各個(gè)組學(xué)之間的關(guān)系。深度的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)解讀助力醫(yī)療健康大時(shí)代。上海10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

機(jī)體為響應(yīng)各種應(yīng)激，其細(xì)胞會(huì)從一種功能“狀態(tài)”轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪环N功能“狀態(tài)”；當(dāng)細(xì)胞在不同狀態(tài)之間轉(zhuǎn)變時(shí)，往往會(huì)經(jīng)歷轉(zhuǎn)錄重組，導(dǎo)致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態(tài)細(xì)胞進(jìn)行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時(shí)序分析可以讓我們?cè)诓恍枰兓那闆r下查看這些細(xì)胞狀態(tài)。擬時(shí)序分析，即根據(jù)不同細(xì)胞亞群基因表達(dá)量隨時(shí)間的變化情況，構(gòu)建細(xì)胞譜系發(fā)育，但這里的時(shí)間并不是真時(shí)間，而是一個(gè)虛擬的時(shí)間，是指的細(xì)胞與細(xì)胞之間的轉(zhuǎn)化和演替的順序和軌跡。即使在同一個(gè)樣本中，也會(huì)存在多種不同的細(xì)胞形態(tài)。因此，不論測(cè)定了多少樣本，我們都可以采用擬時(shí)序分析對(duì)樣本中的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和變化進(jìn)行描述。重慶二代測(cè)序單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析烈冰一站式單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)：立足科學(xué)研究，解碼生命本質(zhì)。

10X Genomics 是一種基于 drop 的微流控技術(shù)，液體在配套芯片中的微管道中流動(dòng)，因此細(xì)胞直徑會(huì)受到芯片中微管道直徑的限制，微流體通道的直徑約為 50 ~ 60 um，因此捕獲細(xì)胞的直徑不能超過(guò) 40um。當(dāng)細(xì)胞直徑過(guò)大時(shí)，容易出現(xiàn)管道堵塞，造成GEM生成失敗，對(duì)于神經(jīng)科學(xué)研究和心血管疾病研究的老師而言，準(zhǔn)備采用單細(xì)胞技術(shù)用于課題研究的時(shí)候，往往會(huì)遇到一個(gè)尷尬的問(wèn)題，就是目標(biāo)細(xì)胞，例如神經(jīng)元細(xì)胞、成熟心肌細(xì)胞由于體積過(guò)大，不適用于 10X 單細(xì)胞技術(shù)。其中神經(jīng)元細(xì)胞的直徑很大，直接超過(guò)了芯片中管道的直徑，雖然心肌細(xì)胞直徑低于 50um，但是成熟心肌細(xì)胞的長(zhǎng)度很長(zhǎng)，有可能堵塞通道造成實(shí)驗(yàn)失敗，這也是為什么現(xiàn)在很多已發(fā)表的心臟單細(xì)胞文章，主要研究方向是心臟發(fā)育的原因了，主要還是因?yàn)槲窗l(fā)育成熟的心肌細(xì)胞比較小，不會(huì)出現(xiàn)堵塞管道的風(fēng)險(xiǎn)。因此可以考慮組織解離后過(guò) 40um 濾網(wǎng)，過(guò)濾掉大細(xì)胞，避免出現(xiàn)管道堵塞、實(shí)驗(yàn)失敗的風(fēng)險(xiǎn)。此種方案的缺點(diǎn)是大細(xì)胞被過(guò)濾掉，丟失相關(guān)細(xì)胞數(shù)據(jù)；另外組織解離獲得高質(zhì)量細(xì)胞懸液以后，繼續(xù)做細(xì)胞裂解抽細(xì)胞核，開展細(xì)胞核測(cè)序。具體可訪問(wèn)烈冰官網(wǎng)給我們留言，烈小冰將安排專業(yè)技術(shù)為您詳細(xì)解答。

10× Genomics官方建議，當(dāng)單細(xì)胞懸液活性低于70%時(shí)應(yīng)做去除死細(xì)胞操作，并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到，去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量，10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒(méi)有給出單細(xì)胞懸液含有多少細(xì)胞數(shù)量才建議做去除死細(xì)胞的操作。基于烈冰多年單細(xì)胞測(cè)序?qū)嶒?yàn)經(jīng)驗(yàn)，建議當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測(cè)后，考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細(xì)胞大量死亡，可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài)，失真嚴(yán)重，建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn)，保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。十二年測(cè)序經(jīng)驗(yàn)，累計(jì)服務(wù)與5000余項(xiàng)重要科研項(xiàng)目。

科技的發(fā)展讓單細(xì)胞測(cè)序已經(jīng)應(yīng)用于疾病發(fā)展過(guò)程中的關(guān)鍵過(guò)程和事件，如前病變向惡性的轉(zhuǎn)化、惡性向轉(zhuǎn)移性的發(fā)展，以及對(duì)多種用藥的反應(yīng)。單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)作為一個(gè)需要將組織解離成為單細(xì)胞懸液，或者是采用細(xì)胞核捕獲的策略捕獲單細(xì)胞核，進(jìn)而對(duì)于每一個(gè)單細(xì)胞或者細(xì)胞核進(jìn)行測(cè)序得到結(jié)果的技術(shù)，其空間定位信息是丟失的。這就衍生出了一個(gè)問(wèn)題就是如果單細(xì)胞A與B并不出現(xiàn)在一個(gè)組織區(qū)域中他們會(huì)互相影響或者轉(zhuǎn)化么？免疫研究中，兩個(gè)具有非常強(qiáng)的PDL1-PD1的配對(duì)關(guān)系的細(xì)胞在組織切片上風(fēng)馬牛不相及，這樣PDL1-PD1的關(guān)系會(huì)生效么？附加流式分選細(xì)胞表面Marker，對(duì)于較低分辨率的標(biāo)志物也能有效鑒定，助力高要求測(cè)序項(xiàng)目。烈冰生物單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)分析可視化

截至2021年10月，烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章近20篇。上海10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

科研的魅力之處，在于無(wú)窮盡的探尋生命的本底，通過(guò)單細(xì)胞測(cè)序，我們對(duì)組織的分子基礎(chǔ)的研究也從初級(jí)到深層，并在單細(xì)胞層面逐漸達(dá)成一致，那么不禁要問(wèn)一句，組織的空間位置到底重不重要？空間異質(zhì)性是功能的關(guān)鍵特征，細(xì)胞的位置信息更能反應(yīng)細(xì)胞命運(yùn)調(diào)控機(jī)制和細(xì)胞譜系發(fā)生過(guò)程。因此時(shí)間和空間即像組織的AB面，而不可否認(rèn)的是，此時(shí)空間坐標(biāo)的記錄，像一個(gè)還未長(zhǎng)大的娃娃，雖未觸及分子基礎(chǔ)研究的深層，但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個(gè)高峰。上海10X Chromium X單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)公司

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