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北京高通量測序單細胞測序多組學測序

來源: 發布時間:2022-06-15

針對單細胞測序的細胞數量判斷環節:主要是對細胞數量、基因表達量、測序質量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數據存在background值。因此,我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例,細胞數量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結合預期UMI=500時的細胞數量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數量上可以分析的數據。單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型。北京高通量測序單細胞測序多組學測序

單細胞測序龐大的數據烈冰生信團隊傾情研發的NovelBrain?生信大數據分析平臺,可實現零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設置參數即可運行,即使生信0基礎用戶也可以運用自如;可視化展示海量結果文件:可視化展示Cluster的基因數,UMI數量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應的細胞數量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。沈陽單細胞測序數據分析培訓班高通量測序技術是對傳統測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。

單細胞轉錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術,突破傳統高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞, 基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質性。而2021年橫空出世的10X Genomics Chromium X平臺實現了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統實現16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原Chromium Controller體統外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準確鑒別稀有細胞類型和適配大規模單細胞研究。

RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉錄組學方法作為一類強大的工具,可提供混合樣本的基因表達平均數據,幫助科學家開始揭示這種異質性。隨后,技術創新的飛躍在單細胞技術上達到新高度——使得科學家能夠定義細胞類型特異的基因表達,從過去的平均數據中分辨出真正驅動其表達模式的細胞異質性。這讓研究人員能夠更詳細地表征組織異質性,鑒定稀有細胞類型,并逐個細胞地仔細分析其分子機制。當獲得了對其研究的生物系統更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎,并能在這個基礎上規劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。過去的十年,我們是知識的承載者;現在,我們在努力構建醫學的大數據時代;未來我們將重新定義知識形態!

現有的單細胞測序技術陣營在幾個主要領域存在差別。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應的物理平臺。在這個空間,單個細胞的內容物釋放,轉錄本或其他生物分析物被標記或添加索引,以便下游識別。現有技術的另一個主要區別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細胞測序平臺采用動態微流控技(Drop-Seq具有類似的技術原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。助力探索生命時空多維度的動態變化的生物學信息;助力醫療健康時代!北京10X Chromium X單細胞測序服務

十二年測序經驗,累計服務與5000余項重要科研項目。北京高通量測序單細胞測序多組學測序

單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析,可精確地描述每一個細胞的狀態,在異質性發育過程中具有特殊的應用價值。然而,單細胞測序無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發育過程、病理微環境都存在很大的局限性。空間轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內的全部基因表達情況。空間轉錄組測序的加入,無疑讓單細胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質性。北京高通量測序單細胞測序多組學測序

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