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南昌高通量測序單細胞測序

來源: 發布時間:2022-06-22

基因和基因產物并不是單獨運作的,而是參與了相互關聯的復雜通路、網絡和分子系統,這些合在一起實現了細胞、組織和生物體的運作。定義這些系統并確定它們的特征和相互作用,對于了解生物系統如何運作至關重要。”為了推動科學發現,科學家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說,單細胞RNA測序和單細胞多組學——即在單細胞分辨率下對基因表達及其他基于DNA、RNA或蛋白質的分析物進行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學問題上已證實是行之有效的。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規模發現和復雜疾病研究的測序。南昌高通量測序單細胞測序

多樣本數據合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據Mapped Barcoded Reads per Cell數量計算出來的數據利用率。如果各樣本間該參數值相差很大,需要進行Downsample處理,以數據量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!陜西10X Genomics單細胞測序多組學測序單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型。

相對于Smart-Seq技術在細胞數量上的問題,10X平臺普遍提供的細胞數量都在1000-20000不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的Single Cell群體類型。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托Random Cell Label技術,使得其對于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等設備存在的Index hooping現象,相對于Smart-Seq數據來說,影響幾乎可以忽略不計(10X Genomics官方網站曾給出hooping測試結果,顯示無影響。

現有的單細胞測序技術陣營在幾個主要領域存在差別。一個是分隔單個細胞以在其中進行微反應的物理平臺。在這個空間,單個細胞的內容物釋放,轉錄本或其他生物分析物被標記或添加索引,以便下游識別?,F有技術的另一個主要區別是如何添加索引,就像生成測序文庫所涉及的流程步驟一樣。10X Genomics單細胞測序平臺采用動態微流控技(Drop-Seq具有類似的技術原理)。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,其中一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。烈冰科技已建立了多種國際和國內主流的高通量測序實驗平臺。

單細胞RNA-seq、RNA-seq和逆轉錄qPCR(RT-qPCR)都采用一個共同過程,即分離RNA并將其轉化為cDNA進行分析。不過,每種分析在開展方式和獲得的數據上有所不同。RNA-seq和RT-qPCR都是先從大量細胞中分離RNA,然后將其轉化為cDNA。RNA-seq是使用cDNA來構建新一代測序文庫,從而測定整個轉錄組的基因表達。RT-qPCR則是從cDNA中擴增特定靶點,并通過熒光測定表達水平。RT-qPCR限于已知靶點,而RNA-seq可實現無偏倚的全轉錄組基因表達分析。然而,這兩者只能提供細胞群體內基因表達的平均情況。單細胞RNA-seq則在分離RNA之前將單細胞分離到微孔或單個微反應容器中。然后用細胞特異性的條形碼標記RNA,確保來自每個細胞的cDNA可以追溯到起源細胞。與RNA-seq相似,帶有條形碼的cDNA也被用于構建新一代測序文庫,從而能夠對每個細胞的整個轉錄組進行基因表達測定。個性化制定測序項目方面,滿足從檢測基因到蛋白的多組學測序要求。天津二代測序單細胞測序服務

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基于10X Geomics 動態微流控技術,利用Tn5轉座酶酶切開放染色質,形成短片段,單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上,揭示單細胞染色質的可及性問題,區分細胞異質性,獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區域和染色質狀態等信息,是單細胞表觀遺傳學的重要突破:分析每個細胞數千個獨特的染色質開放區域,識別細胞類型和細胞狀態;識別重要的轉錄因子,進行譜系和發育追蹤;探究驅動細胞類型和狀態之間基因表達差異的非編碼序列;探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。南昌高通量測序單細胞測序

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