10× Genomics官方建議,當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作,并推薦使用MACS? Dead Cell Removal Kit(Miltenyi Biotec)。需要注意到,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數量,10× Genomics和Miltenyi Biotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數量才建議做去除死細胞的操作?;诹冶嗄陠渭毎麥y序實驗經驗,建議當細胞懸液進行質量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,可能已經丟失了原組織內的細胞比例和狀態,失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數據的高質量和實驗結果的準確性。豐富的測序和數據分析經驗,烈冰配套全程個性化、定制化地數據分析服務。吉林10X Genomics單細胞測序服務機構
烈冰生物搭建近10臺10XGemomics平臺,目前為全國范圍內的高校、醫院和研究所等單位的科研學者提供鼓舞,10X微流體“雙十字”交叉系統為8或16通道系統,每個通道上限可捕獲20000細胞,16通道一次可檢測細胞范圍為百萬級別的細胞水平。此外,單個細胞捕獲效率高達65%,可準確鑒別稀有細胞類型,利于稀有樣本或小細胞量類型樣本研究;細胞可適性高,對細胞大?。ㄖ睆匠^40um細胞需要制備成細胞核)及類型無限制。細胞捕獲周期較短,能夠實現自動分離,無需人工操作,1天內可完成從細胞懸液到cDNA文庫構建的所有的測序準備工作。上海二代測序單細胞測序多組學測序烈冰測序數據分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數據,制定多套流程;
10× Genomics單細胞方案要求使用具有較高活性的單細胞懸液。在實際實驗中,我們發現因為樣本類型和制備單細胞懸液方法的不同,容易出現單細胞懸液中死亡細胞的比例較高的情況。去除單細胞懸液中的死細胞和其他污染物對獲得高質量數據是至關重要的。這是因為,死亡的細胞易裂解導致其中的RNA釋放出來。這種cell-free RNA會導致檢測的背景噪聲,并會影響單細胞數據的質量。因此當樣本活性較差時,對細胞懸液中細胞活性檢測后,需要進行一般死細胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時考慮此操作),以保證較高的上機捕獲細胞的質量。
單細胞測序龐大的數據烈冰生信團隊傾情研發的NovelBrain?生信大數據分析平臺,可實現零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設置參數即可運行,即使生信0基礎用戶也可以運用自如;可視化展示海量結果文件:可視化展示Cluster的基因數,UMI數量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應的細胞數量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。高通量測序技術是對傳統測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。
高通量測序技術(High-throughput sequencing)又稱“下一代”測序技術(“Next-generation” sequencing),以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。高通量測序技術是對傳統測序一次顛覆性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定,因此在有些文獻中稱其為下一代測序技術(next generation sequencing)足見其劃時代的改變,同時高通量測序使得對一個物種的轉錄組和基因組進行細致全貌的 分析成為可能,所以又被稱為深度測序(deep sequencing)。而烈冰科技具有專業生物背景和十二年科研服務經驗,已助力Nature,immunity等在內的300+篇CNS文章發表。烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程單細胞測序服務。廣州高通量測序單細胞測序技術支持
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關于單細胞測序實驗樣本制備,這與流式細胞術用戶熟悉的步驟完全一致,也就是通過酶促或機械消化、細胞分選或其他細胞分離技術從整個樣本中制備生成活的單細胞懸液。隨后是細胞計數和質量控制步驟,以確保您的樣本有適當濃度的活細胞,并且不含細胞團塊和死細胞碎片。如有必要,您還可以使用抗體對樣本進行染色,標記細胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通過FACS來富集感興趣的細胞類型。解離樣本時采取的具體步驟將根據您的起始材料和實驗目標而定。也許需要額外的制備步驟,具體取決于組織質量、樣本豐度、細胞大小,以及是否需要提取出細胞核進行染色質可接近性分析。無論具體的考慮因素如何,所有樣本類型都遵循同一個基本原則,那就是生成高質量的單細胞懸液。吉林10X Genomics單細胞測序服務機構
上海烈冰生物醫藥科技有限公司總部位于江月路999號奇亞特中心22幢,是一家生物科技、醫藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業務,計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】的公司。烈冰生物深耕行業多年,始終以客戶的需求為向導,為客戶提供***的單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序。烈冰生物繼續堅定不移地走高質量發展道路,既要實現基本面穩定增長,又要聚焦關鍵領域,實現轉型再突破。烈冰生物始終關注自身,在風云變化的時代,對自身的建設毫不懈怠,高度的專注與執著使烈冰生物在行業的從容而自信。