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寧波BD單細胞實驗平臺

來源: 發(fā)布時間:2022-07-07

由于高通量測序實驗方法相關的測序成本,使得單細胞實驗往往非常昂貴,烈冰生物BD Rhapsody單細胞測序服務珍視您的每一份樣本,在平臺搭建前,我們測試評估了BD Rhapsody的性能,與BD官方公布的數據結合來看,將人293T和小鼠NIH/3T3細胞的1:1混合物以不同濃度上樣到BD Rhapsody卡式芯片上。存儲的cDNA分子普遍擴增并進行低通量測序(每個細胞月8700個讀數)。在測序數據中檢測到1109個細胞的上樣條件下,每個細胞中,來自每個細胞的平均99.4%的分子經檢測為人或小鼠,這表明微孔之間的串擾非常小,在測序數據中檢測到1000個或更少細胞的上樣密度下,多重態(tài)發(fā)生率接近零,并且在15000個細胞下小于5%。烈冰生物作為BD 中國聯(lián)合成立單細胞測序實驗室,為推動單細胞測序技術發(fā)展貢獻中國力量。寧波BD單細胞實驗平臺

單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數據的質控環(huán)節(jié):單細胞測序產生數億的結果序列,不可避免的會出現(xiàn)低質量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性,為后續(xù)細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。江蘇BD單細胞測序公司附加流式分選細胞表面Marker,對于較低分辨率的標志物也能有效鑒定,助力高要求測序項目。

科研的魅力之處,在于無窮盡的探尋生命的本底,通過單細胞測序,我們對組織的分子基礎的研究也從初級到深層,并在單細胞層面逐漸達成一致,那么不禁要問一句,組織的空間位置到底重不重要?空間異質性是功能的關鍵特征,細胞的位置信息更能反應細胞命運調控機制和細胞譜系發(fā)生過程。因此時間和空間即像組織的AB面,而不可否認的是,此時空間坐標的記錄,像一個還未長大的娃娃,雖未觸及分子基礎研究的深層,但仍在努力攀登探尋生命本底的下一個高峰。

對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續(xù)各項分析,并且數據分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規(guī)Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數,單個樣本分別捕獲細胞時,后續(xù)分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。高通量測序技術是對傳統(tǒng)測序一次突破性的改變,一次對幾十萬到幾百萬條核酸序列進行測定。

關于BD Rhapsody單細胞平臺的樣本類型和樣本制備 :在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊,獲得分離良好的細胞懸液、且細胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細胞的大小范圍也很重要。細胞大小通常與細胞表達的轉錄本數量有關。各種尺寸不同的細胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達解決方案中使用的BD Rhapsody平臺兼容。一般來說,細胞制備方案將根據組織來源和細胞類型而變化。每種組織類型都是獨特的,因此,必須在開始任何單細胞實驗之前優(yōu)化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經驗,累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術及實驗上的幫助。2019年,烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺的單細胞風濕類文章。無錫BD VDJ單細胞轉錄組測序

自2019年起,烈冰生物BD單細胞測序平臺已助力發(fā)表近20篇一區(qū)CNS高分文章。寧波BD單細胞實驗平臺

單細胞測序技術(Single Cell Sequencing)從一種新興的研究角度,借助已有的高通量測序手段,幫助研究者在樣本中細胞的異質性、免疫微環(huán)境、發(fā)育學、免疫學以及其他領域中進行單細胞層面的數據解析,解決了Bulk Population Sequencing所無法解決的問題。這樣一個新的研究領域必然也需要足夠可靠的實驗手段來支撐。BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng)為此提供了完善的硬件設備,保證了從單細胞懸液質量評估到單細胞分選標記過程中每一個實驗步驟的準確質控。NovelBio單細胞實驗團隊借助BD Rhapsody單細胞分選系統(tǒng),在實驗實施層面對單細胞測序結果的可靠性提供了強有力的保證。繼單細胞懸液制備之后,又在另一道關鍵關卡提供了可靠的支持,幫助研究者在單細胞測序領域收獲更多的成果。寧波BD單細胞實驗平臺

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