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什么時(shí)候要用到去死細(xì)胞的操作呢?跟進(jìn)烈冰生物多年單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)經(jīng)驗(yàn)來(lái)看,當(dāng)細(xì)胞懸液進(jìn)行質(zhì)量和活性檢測(cè)后,考慮對(duì)細(xì)胞活性在50%-70%的懸液進(jìn)行去除死細(xì)胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細(xì)胞大量死亡,可能已經(jīng)丟失了原組織內(nèi)的細(xì)胞比例和狀態(tài),失真嚴(yán)重,建議重新收集樣本進(jìn)行新的實(shí)驗(yàn),保證數(shù)據(jù)的高質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性。但需要注意到,去除死細(xì)胞的操作會(huì)損失一定的細(xì)胞數(shù)量,因此希望您在提供樣本時(shí),盡可能提供足量的細(xì)胞,以備實(shí)驗(yàn)過程中可能存在的細(xì)胞死亡的問題,BD Rhapsody單細(xì)胞捕獲平臺(tái)對(duì)樣本起始細(xì)胞量的要求較低,一般提供10萬(wàn)個(gè)細(xì)胞以上均可滿足需求,特殊樣本可詳細(xì)咨詢烈冰生物。高通量測(cè)序技術(shù)是對(duì)傳統(tǒng)測(cè)序一次突破性的改變,一次對(duì)幾十萬(wàn)到幾百萬(wàn)條核酸序列進(jìn)行測(cè)定。上海BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)服務(wù)
單細(xì)胞測(cè)序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團(tuán)隊(duì)傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺(tái),可實(shí)現(xiàn)零代碼操作、簡(jiǎn)單方便:?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器的操作簡(jiǎn)單,不需要命令行操作。簡(jiǎn)單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運(yùn)行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運(yùn)用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對(duì)應(yīng)的細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、RNA表達(dá)量、樣本細(xì)胞分布、線粒體RNA表達(dá)量等;3D立體展示,文章動(dòng)圖先人一步:?jiǎn)渭?xì)胞瀏覽器針對(duì)t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進(jìn)行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細(xì)胞分布和聚類情況。single cell RNA單細(xì)胞測(cè)序服務(wù)截至2022年6月,烈冰助力發(fā)表單細(xì)胞測(cè)序文章30+篇。
單細(xì)胞測(cè)序結(jié)果動(dòng)輒上百G數(shù)據(jù)量,龐大的數(shù)據(jù)對(duì)于分析平臺(tái)和分析能力有著很高的要求,首先針對(duì)下機(jī)數(shù)據(jù)的質(zhì)控環(huán)節(jié):?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序產(chǎn)生數(shù)億的結(jié)果序列,不可避免的會(huì)出現(xiàn)低質(zhì)量的測(cè)序結(jié)果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質(zhì)量評(píng)估就會(huì)變得極為重要。序列質(zhì)量主要通過測(cè)序質(zhì)量值Q20/Q30的占比來(lái)表征,即堿基測(cè)序結(jié)果的錯(cuò)誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測(cè)序結(jié)果reads的堿基質(zhì)量均高于30。保證數(shù)據(jù)獲得后的處理結(jié)果的準(zhǔn)確性,為后續(xù)細(xì)胞類型鑒定和功能分析打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
從單細(xì)胞測(cè)序描述性分析轉(zhuǎn)向復(fù)雜樣本中不同細(xì)胞類型的功能解析,越來(lái)越需要一種多組學(xué)的細(xì)胞生物學(xué)視角。通過單細(xì)胞多組學(xué)——即對(duì)不同組學(xué)的數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和整合——科學(xué)家能夠從同一個(gè)單細(xì)胞來(lái)源中檢測(cè)多種細(xì)胞特征。這些特征包括全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)、細(xì)胞表面蛋白表達(dá)、免疫組庫(kù)序列(包括T細(xì)胞和B細(xì)胞受體)以及用于了解表觀基因組調(diào)控的開放染色質(zhì)區(qū)域。隨著單個(gè)實(shí)驗(yàn)可提供更多信息豐富的數(shù)據(jù),研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產(chǎn)力、減少因批次效應(yīng)引起的錯(cuò)誤,并節(jié)省更多的高科技資源(從資助基金到人員時(shí)間)。搭配BD FACSMelody流式分選儀,全線搭建BD Rahpsody單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)。
針對(duì)單細(xì)胞測(cè)序的細(xì)胞數(shù)量判斷環(huán)節(jié):主要是對(duì)細(xì)胞數(shù)量、基因表達(dá)量、測(cè)序質(zhì)量進(jìn)行整體描述。過濾標(biāo)準(zhǔn):由于細(xì)胞破碎后游離RNA會(huì)釋放到環(huán)境或孔中,并且測(cè)序中也會(huì)存在一些死細(xì)胞,導(dǎo)致數(shù)據(jù)存在background值。因此,我們需要設(shè)定一定的標(biāo)準(zhǔn)來(lái)過濾掉假細(xì)胞或死細(xì)胞。以10× Genomics為例,細(xì)胞數(shù)量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點(diǎn),當(dāng)存在多個(gè)斜率拐點(diǎn)的時(shí)候,結(jié)合預(yù)期UMI=500時(shí)的細(xì)胞數(shù)量進(jìn)行過濾。當(dāng)斜率拐點(diǎn)低于UMI=500的時(shí)候,選擇UMI=500作為細(xì)胞的判斷的標(biāo)準(zhǔn);否則,選擇和預(yù)期細(xì)胞數(shù)量接近的拐點(diǎn)作為細(xì)胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實(shí)的并且在基因數(shù)量上可以分析的數(shù)據(jù)。豐富的測(cè)序和數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗(yàn),烈冰配套全程個(gè)性化、定制化地?cái)?shù)據(jù)分析服務(wù)。湖南BD VDJ單細(xì)胞測(cè)序
烈冰測(cè)序服務(wù)已助力300余篇國(guó)際期刊研究文章發(fā)表。上海BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)服務(wù)
一體化的結(jié)構(gòu)體系難以形成,我國(guó)醫(yī)藥健康正處于初級(jí)發(fā)展階段,與體系健全的發(fā)達(dá)地區(qū)相比,冷鏈物流行業(yè)呈現(xiàn)規(guī)模小且分布雜亂的現(xiàn)象。醫(yī)藥行業(yè)上下游未整體規(guī)劃,成為我國(guó)冷鏈物流發(fā)展的障礙,從而使得醫(yī)藥冷鏈物流流通效率低下。從世界范圍來(lái)看,美、歐、日等發(fā)達(dá)地區(qū)的銷售產(chǎn)業(yè)發(fā)展歷史悠久,無(wú)論是銷售產(chǎn)品制造業(yè)還是銷售服務(wù)業(yè),都處于全球優(yōu)先地位。而泰國(guó)、印度等東南亞及南亞地區(qū),銷售產(chǎn)業(yè)雖然起步晚,但是發(fā)展較快,已成為經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展重要組成部分。除此之外,我國(guó)支付端仍是以醫(yī)保支付為主,單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序鏈的延伸以及消費(fèi)醫(yī)藥市場(chǎng)價(jià)值的獲取也需要進(jìn)一步探索解決的途徑。從單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序的健康發(fā)展來(lái)看依舊有待完善。在項(xiàng)目的加入上可以進(jìn)行分?jǐn)偅恳患壹瘓F(tuán)的資本壓力都會(huì)得到較大的減輕,這種具有組合資本優(yōu)勢(shì)的服務(wù)型項(xiàng)目也是很多資本重點(diǎn)關(guān)注的資本項(xiàng)目。上海BD單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)服務(wù)
上海烈冰生物醫(yī)藥科技有限公司屬于醫(yī)藥健康的高新企業(yè),技術(shù)力量雄厚。公司是一家有限責(zé)任公司(自然)企業(yè),以誠(chéng)信務(wù)實(shí)的創(chuàng)業(yè)精神、專業(yè)的管理團(tuán)隊(duì)、踏實(shí)的職工隊(duì)伍,努力為廣大用戶提供***的產(chǎn)品。公司業(yè)務(wù)涵蓋單細(xì)胞測(cè)序,生物大數(shù)據(jù)云分析平臺(tái),空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,單細(xì)胞多組學(xué)測(cè)序,價(jià)格合理,品質(zhì)有保證,深受廣大客戶的歡迎。烈冰生物以創(chuàng)造***產(chǎn)品及服務(wù)的理念,打造高指標(biāo)的服務(wù),引導(dǎo)行業(yè)的發(fā)展。