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溫州BD Rhapsody單細胞平臺

來源: 發布時間:2022-07-12

烈冰生物單細胞測序服務,為您提供可視化質控系統,保證每次實驗的可靠性:BD Rhapsody 掃描儀具有直接成像功能,可在工作流程的不同階段進行質量控制,如細胞捕獲率和細胞多態率(雙細胞率)。成像儀指標可以確認起始細胞樣本的質量,并確認微孔板工作流程中每個步驟的成功完成狀態 ;在細胞裂解前的步驟中評估細胞活性;并對通過測序確定的細胞回收量進行可靠估算。利用這些信息,在進行高成本的下游測序之前,用戶可根據需要改變方向并解決實驗中遇到的問題。這些指標允許用戶對不同工作日間的或者不同研究中心間的工作流程性能進行跟蹤。烈冰生物為您提供多平臺一站式全流程BD單細胞測序服務。溫州BD Rhapsody單細胞平臺

根據烈冰多年單細胞測序服務經驗,為什么不建議您一味的追求高細胞數量的捕獲:單細胞測序所有的分析都是基于細胞聚類進行,而細胞聚類是在區分cell和non-cell后,獲得細胞基因表達譜,通過降維(pca),無監督聚類以及可視化(t-SNE)得到的。進行細胞聚類時需要考慮到每個細胞的基因表達模式,因此即使是相同的數據,在剔除幾個細胞的情況下,前后獲得的聚類圖也會出現明顯不同。而當細胞捕獲數過多時,無論是假陰性和假陽性數據還是多細胞數據,都會對正常細胞聚類產生影響,造成聚類結果失真。這也是很多文章,特別是很多高分文章,為什么單個樣本捕獲細胞數在2000-3000的原因了。烈冰建議單個樣本捕獲細胞數在3000-5000個時,數據量在100G左右時,可以滿足分析和文章發表的多重需求。南京single cell RNA單細胞測序單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。

針對單細胞測序的細胞數量判斷環節:主要是對細胞數量、基因表達量、測序質量進行整體描述。過濾標準:由于細胞破碎后游離RNA會釋放到環境或孔中,并且測序中也會存在一些死細胞,導致數據存在background值。因此,我們需要設定一定的標準來過濾掉假細胞或死細胞。以10× Genomics為例,細胞數量判斷主要通過分析UMI Counts-Barcode曲線斜率拐點,當存在多個斜率拐點的時候,結合預期UMI=500時的細胞數量進行過濾。當斜率拐點低于UMI=500的時候,選擇UMI=500作為細胞的判斷的標準;否則,選擇和預期細胞數量接近的拐點作為細胞判斷的位置。這樣我們能夠有效獲得真實的并且在基因數量上可以分析的數據。

單細胞測序方法不但改進了實驗過程,還幫助科學家在健康和疾病研究的關鍵領域取得新進展。那些過去從轉錄平均值或單項參數讀取中無法獲得的新發現正在改變我們對傳染病、神經退行性疾病等疾病的認識。從鑒定新的細胞類型和狀態,到揭開疾病用藥應答和耐藥的潛在機制,單細胞測序正在推動突破性的研究,有望改變生物學和醫療。無論是無法解釋的疾病,還是人體或自然界中尚未探索的系統,曾經模糊的東西正變得越來越清晰。隨著我們邁向科學的未來,我們手頭的工具就像伽利略的望遠鏡一樣能夠提高焦距和放大倍數,而定義科學未來的知識新深度是十年前的人們所無法想象的。ATCG堿基的排列組合構成了測序的龐大世界。

關于BD Rhapsody單細胞平臺的樣本類型和樣本制備 :在上機前需要注意細胞消化后的細胞團塊,獲得分離良好的細胞懸液、且細胞活力高(>70%);此外,了解您所研究細胞的大小范圍也很重要。細胞大小通常與細胞表達的轉錄本數量有關。各種尺寸不同的細胞(一般直徑不大于50μm)均可與我們基因表達解決方案中使用的BD Rhapsody平臺兼容。一般來說,細胞制備方案將根據組織來源和細胞類型而變化。每種組織類型都是獨特的,因此,必須在開始任何單細胞實驗之前優化樣本制備,烈冰多年樣本解離消化經驗,累積10+物種、50+組織的消化protocol,若您的樣本為組織,且尚未成功將組織樣本消化成單細胞懸液,烈冰將盡可能提供技術及實驗上的幫助。烈冰BD Rahpsody單細胞測序平臺,助力您的深入科學探究。湖州BD VDJ單細胞測序

單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破。溫州BD Rhapsody單細胞平臺

針對單細胞測序數據分析時的reads數、基因表達量及細胞數量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數大約在50k左右;每個細胞的基因中位數取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數普遍較少,導致基因中位數下降。而某些疾病組織、或者體外培養的如干細胞等,他們的基因表達數較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數非常高。因此,我們對細胞數量以及基因中位數確認時,需要考察實際組織的細胞組成。溫州BD Rhapsody單細胞平臺

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