多樣本數據合并:Fraction of Reads Kept:合并樣本時,各樣本根據Mapped Barcoded Reads per Cell數量計算出來的數據利用率。如果各樣本間該參數值相差很大,需要進行Downsample處理,以數據量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!烈冰生物全國五大實驗中心,多地部署BD Rahpsody平臺,助您的樣本更快速抵達“戰場”。杭州BD單細胞實驗平臺
對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續各項分析,并且數據分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數,單個樣本分別捕獲細胞時,后續分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。淮南BD單細胞測序烈冰生物成立于2010年,專注于單細胞測序領域科研服務。
現有的單細胞測序技術陣營在幾個主要領域存在差別。一個是基于微流控通道的細胞與Beads的在通道內的動態結合,通過油相水相不相容的特點將結合了的細胞和Beads進行分隔,在這個空間,單個細胞的內容物釋放,轉錄本或其他生物分析物被標記或添加索引,以便下游識別。BD Rhapsody單細胞測序平臺采用靜態微孔技術(Cyto-Seq具有類似的技術原理)。通過微孔板的物理分隔,將一個個單個細胞和帶有標簽的磁珠,一對一的“框”在微反應的物理平臺中。這樣,每一個細胞都會結合一個磁珠,那么在每一個磁珠中上長滿了不同的Cell Barcode和UMI Barcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,這個抓手就會使用oligo dT抓住mRNA構建文庫。
細胞計數和活力評估在評估樣本質量時,需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力,這一點至關重要。測定細胞活力有許多種方法,烈冰多年單細胞測序經驗發現臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數的準確性以及目標回收量和實際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個細胞。一旦過濾和清洗完成,可采用細胞計數設備(如血球計數器或自動細胞計數儀)進行定量。這些設備不但能提供準確的細胞計數,還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。ATCG堿基的排列組合構成了測序的龐大世界。
針對單細胞測序數據分析時的reads數、基因表達量及細胞數量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數大約在50k左右;每個細胞的基因中位數取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數普遍較少,導致基因中位數下降。而某些疾病組織、或者體外培養的如干細胞等,他們的基因表達數較高,甚至可以超過1W,這就導致該類樣本基因中位數非常高。因此,我們對細胞數量以及基因中位數確認時,需要考察實際組織的細胞組成。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規模發現和復雜疾病研究的測序。長沙BD VDJ單細胞平臺
單細胞測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系,一度成為高通量測序技術的“天花板”。杭州BD單細胞實驗平臺
單細胞獲得困難,不同組織要求不盡相同難以搞定? 烈冰2000+項目消化經驗,100+組織類型解離protocol,精心設計不同組織實驗的解離、細胞懸浮實驗體系,確保單細胞的獲得。 凍存樣本無法實驗,珍貴樣本無法使用? 烈冰采用國際認可的凍存組織復蘇技術以及死細胞過濾技術,確保凍存組織使用。 珍貴樣本,細胞數量太少,消化背景雜無法做單細胞? 采用國際認可的10X Genomics,BD Rhapsody雙平臺模式,根據樣本實際情況和用戶需求提供客觀有效的實驗方案,細胞量少,背景雜也能做單細胞。 單細胞RNA分類精度不足,部分細胞無法細分? 烈冰同時采用單細胞蛋白質組與單細胞轉錄組測序技術,真正做到從上游到下游的全流程檢測,確保超高的細胞分類精度。杭州BD單細胞實驗平臺
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