樣本制備后的保存 為了盡可能地減少轉錄組的變化,在對細胞進行清洗和計數后,單細胞懸液應當保存于冰上,直至用于后續的上機和文庫制備步驟。在理想狀況下,一旦制備好樣本,應當在3min鐘內將其用于下游步驟。然而,您還有必要了解各類細胞的不同性質,因為這可能會影響細胞應在冰上保存的時間,以及它們在制備后多久便應當被盡快使用。例如,有些細胞(如PBMC)如果在冰上放置一段時間,它們就開始形成團塊。這些團塊很難解離,增加了堵塞的風險,而且每個團塊被當成單細胞計數,又降低了細胞計數的準確性。此外,有些細胞更加粘稠,形成團塊的速度更快。對于這些細胞,必須盡量減少制備和使用之間的時間差。此外,烈冰開展了單細胞轉錄組、單細胞多組學以及空間轉錄組等多種產品在內的全套科研解決方案,歡迎垂詢。北京BD Rhapsody單細胞測序
從單細胞測序描述性分析轉向復雜樣本中不同細胞類型的功能解析,越來越需要一種多組學的細胞生物學視角。通過單細胞多組學——即對不同組學的數據集進行分析和整合——科學家能夠從同一個單細胞來源中檢測多種細胞特征。這些特征包括全轉錄組基因表達、細胞表面蛋白表達、免疫組庫序列(包括T細胞和B細胞受體)以及用于了解表觀基因組調控的開放染色質區域。隨著單個實驗可提供更多信息豐富的數據,研究人員的獲益更多,包括保留珍貴樣本、提高生產力、減少因批次效應引起的錯誤,并節省更多的高科技資源(從資助基金到人員時間)。scRNA單細胞多組學測序單細胞測序技術的迅速發展和應用推廣,為從多維度揭示疾病發展提供了強有力的工具。
單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數據的質控環節:單細胞測序產生數億的結果序列,不可避免的會出現低質量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1% / 0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性,為后續細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。
您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細胞捕獲系統,首先,該系統的技術原理是基于cyto-seq的微孔技術,因此不會因為樣本細胞體積太大或懸液背景太雜等問題導致捕獲通道的堵塞進而導致樣本的損失;其次,BD RhapsodyTM單細胞捕獲系統無電子元件,便于攜帶,當您的樣本需及時實驗時,我們可以“拎包上門”,快速的完成細胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細胞活性快速下降帶來的損失;在這,BD Rhapsody單細胞捕獲系統對細胞數量包容性較好,細胞懸液上樣量高達575ul,針對樣本中細胞數量較少的組織類型,也能完成整個項目的細胞捕獲工作。BD平臺基于cyto-seq技術,實現細胞和磁珠的一對一結合。
關于單細胞測序實驗樣本制備,這與流式細胞術用戶熟悉的步驟完全一致,也就是通過酶促或機械消化、細胞分選或其他細胞分離技術從整個樣本中制備生成活的單細胞懸液。隨后是細胞計數和質量控制步驟,以確保您的樣本有適當濃度的活細胞,并且不含細胞團塊和死細胞碎片。如有必要,您還可以使用抗體對樣本進行染色,標記細胞表面蛋白或其他生物分析物,或者通過FACS來富集感興趣的細胞類型。解離樣本時采取的具體步驟將根據您的起始材料和實驗目標而定。也許需要額外的制備步驟,具體取決于組織質量、樣本豐度、細胞大小,以及是否需要提取出細胞核進行染色質可接近性分析。無論具體的考慮因素如何,所有樣本類型都遵循同一個基本原則,那就是生成高質量的單細胞懸液。烈冰科技已建立了多種國際和國內主流的高通量測序實驗平臺和自主研發國產化實驗平臺。北京single cell RNA單細胞測序服務
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細胞計數和活力評估在評估樣本質量時,需要在細胞清洗和過濾之后測定細胞活力,這一點至關重要。測定細胞活力有許多種方法,烈冰多年單細胞測序經驗發現臺盼藍法在鑒定活細胞與死細胞的比例時效果很好。細胞計數的準確性以及目標回收量和實際回收量之間的一致性,取決于我們了解樣本中有多少個細胞。一旦過濾和清洗完成,可采用細胞計數設備(如血球計數器或自動細胞計數儀)進行定量。這些設備不但能提供準確的細胞計數,還能計算出向微流體芯片上樣適量細胞所需的細胞懸液體積。北京BD Rhapsody單細胞測序
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