單細胞測序結果動輒上百G數據量，龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求，首先針對下機數據的質控環節：單細胞測序產生數億的結果序列，不可避免的會出現低質量的測序結果，存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征，即堿基測序結果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后的處理結果的準確性，為后續細胞類型鑒定和功能分析打下堅實基礎。烈冰開展了單細胞轉錄組、單細胞多組學以及空間轉錄組等多種產品在內的全套科研解決方案。廣州10X Chromium X單細胞測序商業化服務

基于10XGeomics動態微流控技術，利用Tn5轉座酶酶切開放染色質，形成短片段，單細胞ATAC測序在表觀基因組學水平上，揭示單細胞染色質的可及性問題，區分細胞異質性，獲得開放染色質的位置、轉錄因子的結合位點、核小體的調控區域和染色質狀態等信息，是單細胞表觀遺傳學的重要突破：分析每個細胞數千個獨特的染色質開放區域，識別細胞類型和細胞狀態；識別重要的轉錄因子，進行譜系和發育追蹤；探究驅動細胞類型和狀態之間基因表達差異的非編碼序列；探究細胞類型特異性和基因調控網絡特征等。是當前重要的多組學研究基因表達和表觀遺傳學的手段。合肥高通量測序單細胞測序從樣本處理到終端數據分析，只要您需要，烈冰提供全流程的無憂服務。

10X Genomics單細胞轉錄組測序是利用單細胞水平上的高通量測序分析基因表達譜的技術，也是目前國內和國際上公認的單細胞測序大規模實驗平臺技術，該平臺基于動態微流控原理，突破傳統高通量測序的局限性，組織解離后，單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞， 基于每個細胞分別建庫測序，獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態，并鑒定細胞的類型，可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較，反映細胞間的異質性，提供足夠靈活的定制測定法以滿足多種實驗需要，并有效縮短實驗是時間和降低測序成本。

針對樣本活性的問題，10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作，但也需要注意到，去除死細胞的操作會損失一定的細胞數量，10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數量才建議做去除死細胞的操作。基于烈冰多年單細胞測序實驗經驗，建議當細胞懸液進行質量和活性檢測后，考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液（小于30%），懸液中細胞大量死亡，可能已經丟失了原組織內的細胞比例和狀態，失真嚴重，建議重新收集樣本進行新的實驗，保證數據的高質量和實驗結果的準確性。單細胞測序是高通量測序下的又一重大技術突破。

機體為響應各種應激，其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”；當細胞在不同狀態之間轉變時，往往會經歷轉錄重組，導致一些基因被沉默，一些基因被重新“喚醒”，但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的；scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析，即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況，構建細胞譜系發育，但這里的時間并不是真時間，而是一個虛擬的時間，是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中，也會存在多種不同的細胞形態。因此，不論測定了多少樣本，我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。烈冰專精單細胞多組學測序領域。廣州二代測序單細胞測序價格

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針對單細胞測序的細胞上樣數，為什么不建議捕獲到的細胞數量越高越好？一味地追求高數量的細胞捕獲可能會存在一些問題。例如在上機細胞懸液濃度固定時，如果目標細胞捕獲數增加到8000甚至10000，上樣細胞懸液體積勢必增加，在細胞懸液質量不是很理想（細胞活性5%、結團率均>5%）的情況下，引入的背景信號會增加，分析結果不理想的直接體現包括：cell、non-cell無法有效區分和Fractionreadsincells偏低。當cell和non-cell無法有效區分時，會使得數據出現假陽性和假陰性結果！當目標細胞捕獲數很大時，多細胞率會增加，數據分析時，此部分“cell”表現為基因檢測數和UMI檢測數是正常cell的N倍（N是一個GEM包裹的細胞數），導致所有細胞的統計數據（單個細胞基因檢測中位數、單個細胞UMI檢測中位數）虛高。此部分“cell”雖然可以通過設置數據分析閾值進行過濾，但是容易會有此類數據的殘留和正常高基因檢測細胞的人為去除！廣州10X Chromium X單細胞測序商業化服務

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