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天津BD單細胞測序

來源: 發(fā)布時間:2022-08-02

對于稀有樣本,或細胞量比較少的稀有組織,樣本中每一粒細胞都很珍貴,BD Rhapsody單細胞捕獲平臺對該種類型的樣本能實現(xiàn)友好包容,如果在實際實驗中,我們發(fā)現(xiàn)因為樣本類型和制備單細胞懸液方法的不同,容易出現(xiàn)單細胞懸液中死亡細胞的比例較高的情況。也會和您探討是否考慮去除單細胞懸液中的死細胞和其他污染物的操作,以獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)是至關(guān)重要的。這是因為,死亡的細胞易裂解導(dǎo)致其中的RNA釋放出來。這種cell-free RNA會導(dǎo)致檢測的背景噪聲,并會影響單細胞數(shù)據(jù)的質(zhì)量。因此當樣本活性較差時,對細胞懸液中細胞活性檢測后,需要進行一般死細胞去除的工作(一般懸液活性小于70%時考慮此操作),以保證較高的上機捕獲細胞的質(zhì)量。烈冰生物全國五大實驗中心,多地部署B(yǎng)D Rahpsody平臺,助您的樣本更快速抵達“戰(zhàn)場”。天津BD單細胞測序

您的珍貴樣本,可以放心依賴烈冰生物BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng),首先,該系統(tǒng)的技術(shù)原理是基于cyto-seq的微孔技術(shù),因此不會因為樣本細胞體積太大或懸液背景太雜等問題導(dǎo)致捕獲通道的堵塞進而導(dǎo)致樣本的損失;其次,BD RhapsodyTM單細胞捕獲系統(tǒng)無電子元件,便于攜帶,當您的樣本需及時實驗時,我們可以“拎包上門”,快速的完成細胞捕獲部分,不至于珍貴樣本因細胞活性快速下降帶來的損失;在這,BD Rhapsody單細胞捕獲系統(tǒng)對細胞數(shù)量包容性較好,細胞懸液上樣量高達575ul,針對樣本中細胞數(shù)量較少的組織類型,也能完成整個項目的細胞捕獲工作。蘇州single cell 單細胞多組學測序附加流式分選細胞表面Marker,對于較低分辨率的標志物也能有效鑒定,助力高要求測序項目。

由于高通量測序?qū)嶒灧椒ㄏ嚓P(guān)的測序成本,使得單細胞實驗往往非常昂貴,烈冰生物BD Rhapsody單細胞測序服務(wù)珍視您的每一份樣本,在平臺搭建前,我們測試評估了BD Rhapsody的性能,與BD官方公布的數(shù)據(jù)結(jié)合來看,將人293T和小鼠NIH/3T3細胞的1:1混合物以不同濃度上樣到BD Rhapsody卡式芯片上。存儲的cDNA分子普遍擴增并進行低通量測序(每個細胞月8700個讀數(shù))。在測序數(shù)據(jù)中檢測到1109個細胞的上樣條件下,每個細胞中,來自每個細胞的平均99.4%的分子經(jīng)檢測為人或小鼠,這表明微孔之間的串擾非常小,在測序數(shù)據(jù)中檢測到1000個或更少細胞的上樣密度下,多重態(tài)發(fā)生率接近零,并且在15000個細胞下小于5%。

單細胞測序龐大的數(shù)據(jù)烈冰生信團隊傾情研發(fā)的NovelBrain?生信大數(shù)據(jù)分析平臺,可實現(xiàn)零代碼操作、簡單方便:單細胞瀏覽器的操作簡單,不需要命令行操作。簡單拖拽、設(shè)置參數(shù)即可運行,即使生信0基礎(chǔ)用戶也可以運用自如;可視化展示海量結(jié)果文件:可視化展示Cluster的基因數(shù),UMI數(shù)量、線粒體RNA占比信息;以及不同Cluster對應(yīng)的細胞數(shù)量、基因表達量、RNA表達量、樣本細胞分布、線粒體RNA表達量等;3D立體展示,文章動圖先人一步:單細胞瀏覽器針對t-SNE圖、UMAP圖和pseudotime結(jié)果進行三維立體展示,更加直觀立體的觀察細胞分布和聚類情況。2019年,烈冰已助力發(fā)表了采用BD Rahpsody平臺的單細胞風濕類文章。

基因和基因產(chǎn)物并不是單獨運作的,而是參與了相互關(guān)聯(lián)的復(fù)雜通路、網(wǎng)絡(luò)和分子系統(tǒng),這些合在一起實現(xiàn)了細胞、組織和生物體的運作。定義這些系統(tǒng)并確定它們的特征和相互作用,對于了解生物系統(tǒng)如何運作至關(guān)重要?!睘榱送苿涌茖W發(fā)現(xiàn),科學家們需要各種能夠幫助多方位了解其樣本的潛在生物復(fù)雜性的研究工具。對于越來越多的研究人員來說,單細胞RNA測序和單細胞多組學——即在單細胞分辨率下對基因表達及其他基于DNA、RNA或蛋白質(zhì)的分析物進行定量分析的基因組方法——在幫助解決他們面臨的生物學問題上已證實是行之有效的。烈冰斥巨資引進Novaseq6000,開啟更大通量測序新紀元。成都BD單細胞服務(wù)機構(gòu)

單細胞測序技術(shù)的迅速發(fā)展和應(yīng)用推廣,為從多維度揭示疾病發(fā)展提供了強有力的工具。天津BD單細胞測序

針對單細胞測序數(shù)據(jù)分析時的reads數(shù)、基因表達量及細胞數(shù)量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數(shù)大約在50k左右;每個細胞的基因中位數(shù)取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數(shù)量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數(shù)普遍較少,導(dǎo)致基因中位數(shù)下降。而某些疾病組織、或者體外培養(yǎng)的如干細胞等,他們的基因表達數(shù)較高,甚至可以超過1W,這就導(dǎo)致該類樣本基因中位數(shù)非常高。因此,我們對細胞數(shù)量以及基因中位數(shù)確認時,需要考察實際組織的細胞組成。天津BD單細胞測序

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