多樣本數據合并:FractionofReadsKept:合并樣本時,各樣本根據MappedBarcodedReadsperCell數量計算出來的數據利用率。如果各樣本間該參數值相差很大,需要進行Downsample處理,以數據量少的樣本為基準將不同樣本中細胞測序深度標化到同一水平,從而避免因測序深度差異導致的基因檢測數量、基因表達水平的差異。烈冰科技自主研發的單細胞云平臺致力于幫助每一位客戶定制化分析數據,深度解讀數據分析結果,深入挖掘其背后的生物學意義;從操作便捷、結果可視化、分析可追溯、系統穩定等方面助力單細胞研究,加速科研進程!單細胞測序數據分析,認準烈冰NovelBrain生物信息數據分析平臺。蘇州10X Chromium X單細胞測序商業化服務
RNA測序(RNA-seq)或芯片分析等大量樣本的轉錄組學方法作為一類強大的工具,可提供混合樣本的基因表達平均數據,幫助科學家開始揭示這種異質性。隨后,技術創新的飛躍在單細胞技術上達到新高度——使得科學家能夠定義細胞類型特異的基因表達,從過去的平均數據中分辨出真正驅動其表達模式的細胞異質性。這讓研究人員能夠更詳細地表征組織異質性,鑒定稀有細胞類型,并逐個細胞地仔細分析其分子機制。當獲得了對其研究的生物系統更為真實的圖譜后,研究人員就有了更為堅實可靠的知識基礎,并能在這個基礎上規劃下一步實驗,以獲取更深入的可行動見解。吉林二代測序單細胞測序服務公司搭建多種測序數據的生物信息分析平臺,5000+項目檢驗,真實可信賴。
10XGenomics和Drop-Seq具有類似的技術原理。從橫向孔道中逐一輸入凝膠微珠,一列縱向孔道輸入細胞,凝膠微珠與細胞碰撞后會吸附在凝膠微珠上,并通過微流控技術,將之輸入到第二縱向孔道,即油相孔道中。這時候,就形成了一個個油滴并輸出并收集在EP管中。每一個油滴中會落入一個細胞以及一個凝膠微珠,那么在每一個凝膠微珠中上長滿了不同的CellBarcode和UMIBarcode連接形成的序列,再加上一端PolyT的抓手,構成我們的捕獲凝膠微珠。而這個凝膠微珠抓手就會使用oligodT抓住mRNA構建文庫。
10XGenomics是一種基于drop的微流控技術,液體在配套芯片中的微管道中流動,因此細胞直徑會受到芯片中微管道直徑的限制,微流體通道的直徑約為50~60um,因此捕獲細胞的直徑不能超過40um。當細胞直徑過大時,容易出現管道堵塞,造成GEM生成失敗,對于神經科學研究和心血管疾病研究的老師而言,準備采用單細胞技術用于課題研究的時候,往往會遇到一個尷尬的問題,就是目標細胞,例如神經元細胞、成熟心肌細胞由于體積過大,不適用于10X單細胞技術。其中神經元細胞的直徑很大,直接超過了芯片中管道的直徑,雖然心肌細胞直徑低于50um,但是成熟心肌細胞的長度很長,有可能堵塞通道造成實驗失敗,這也是為什么現在很多已發表的心臟單細胞文章,主要研究方向是心臟發育的原因了,主要還是因為未發育成熟的心肌細胞比較小,不會出現堵塞管道的風險。因此可以考慮組織解離后過40um濾網,過濾掉大細胞,避免出現管道堵塞、實驗失敗的風險。此種方案的缺點是大細胞被過濾掉,丟失相關細胞數據;另外組織解離獲得高質量細胞懸液以后,繼續做細胞裂解抽細胞核,開展細胞核測序。具體可訪問烈冰官網給我們留言,烈小冰將安排專業技術為您詳細解答。烈冰引進國際主流單細胞和空間轉錄組測序平臺,保障細胞精度的前提下提供組織內部精細區域的空間信息。
針對樣本活性的問題,10×Genomics官方建議當單細胞懸液活性低于70%時應做去除死細胞操作,但也需要注意到,去除死細胞的操作會損失一定的細胞數量,10×Genomics和MiltenyiBiotec都沒有給出單細胞懸液含有多少細胞數量才建議做去除死細胞的操作。基于烈冰多年單細胞測序實驗經驗,建議當細胞懸液進行質量和活性檢測后,考慮對細胞活性在50%-70%的懸液進行去除死細胞的操作。而太低活性的懸液(小于30%),懸液中細胞大量死亡,可能已經丟失了原組織內的細胞比例和狀態,失真嚴重,建議重新收集樣本進行新的實驗,保證數據的高質量和實驗結果的準確性。深度的單細胞測序數據解讀助力醫療健康大時代。烈冰生物單細胞測序平臺
基因測序相關產品和技術已由實驗室研究逐漸演變到臨床應用,是下一個改變世界的技術。蘇州10X Chromium X單細胞測序商業化服務
單細胞測序是指針對單個細胞進行全轉錄組測序分析,可精確地描述每一個細胞的狀態,在異質性發育過程中具有特殊的應用價值。然而,單細胞測序無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息,對于揭示發育過程、病理微環境都存在很大的局限性。空間轉錄組測序以點陣形式記錄病理切片細胞的空間信息并進行測序,可以精確指示點陣內的全部基因表達情況。空間轉錄組測序的加入,無疑讓單細胞測序如虎添翼,更精確地勾勒了組織水平的異質性。蘇州10X Chromium X單細胞測序商業化服務
上海烈冰生物醫藥科技有限公司擁有生物科技、醫藥科技、信息科技、計算機科技領域內的技術開發、技術服務、技術轉讓、技術咨詢,市場營銷策劃,市場信息咨詢與調查(不得從事社會調查、社會調研、民意調查、民意測驗),從事貨物及技術的進出口業務,計算機、軟件及耗材(除專控),軟件開發【依法須經批準的項目,經相關部門批準后方可開展經營活動】等多項業務,主營業務涵蓋單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序。公司目前擁有專業的技術員工,為員工提供廣闊的發展平臺與成長空間,為客戶提供高質的產品服務,深受員工與客戶好評。誠實、守信是對企業的經營要求,也是我們做人的基本準則。公司致力于打造***的單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序。公司深耕單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序,正積蓄著更大的能量,向更廣闊的空間、更寬泛的領域拓展。