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廣州烈冰單細胞多組學數據分析

來源: 發布時間:2022-08-13

單細胞轉錄組測序是在單細胞水平上高通量測序分析基因表達譜的技術,突破傳統高通量測序的局限性,組織解離后,單個樣本一次上機能捕獲500-20000個細胞,基于每個細胞分別建庫測序,獲得單個細胞的基因結構和基因表達狀態,并鑒定細胞的類型,可以在不同樣本間從細胞類型的組成和豐度角度進行比較,反映細胞間的異質性。而2021年橫空出世的10XGenomicsChromiumX平臺實現了單塊chip上的百萬級別通量的細胞捕獲,系統實現16個通道同時運行,每個通道可捕獲2000-20000個細胞(不混樣),并支持原ChromiumController體統外的多種細胞捕獲百萬級別通量實驗,可準確鑒別稀有細胞類型和適配大規模單細胞研究。烈冰專精單細胞多組學測序領域。廣州烈冰單細胞多組學數據分析

reads數、基因表達量及細胞數量判定過程中:以捕獲5000個細胞、100G的測序量為標準,每個細胞的reads數大約在50k左右;每個細胞的基因中位數取決于樣本的細胞類型,例如成熟的B,T,粒細胞數量較多的組織中,由于該類型細胞表達的基因數普遍較少,導致基因中位數下降。而某一疾病組織、或者體外培養的如干細胞等,他們的基因表達數較高,甚至可以超過1萬,這就導致該類樣本基因中位數非常高。因此,我們對細胞數量以及基因中位數確認時,需要考察實際組織的細胞組成。寧波single cell 單細胞多組學多組學測序烈冰生物為您提供一站式全流程高通量測序服務。

對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續各項分析,并且數據分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數,單個樣本分別捕獲細胞時,后續分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。

FluidigmC1平臺基于富魯達(Fluidigm®)的微流控技術應用于單細胞測序(SingleCellRNASequencing)領域的商業化中,該技術大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,進行各類的Single-Cell測序建庫。當然,通量還是比較小。但不可否認的是,現在很多非RNA類SingleCell測序,仍然在采用這樣的技術,如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10XGenomics、BD或者其他企業推出有效的SingleDNA測序技術之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分。烈冰測序服務已助力300余篇國際主流期刊研究文章發表。

當蜂巢孔內同時落入細胞和磁珠后,接下去可以往BDCartridge板中加入細胞裂解液對細胞進行裂解,使細胞內的RNA與磁珠上的標簽進行結合,完成每個細胞內RNA的捕獲和標記。這時,再將捕獲了RNA的磁珠進行回收,待所有質控結果確認通過后就可以進行后續的RNA反轉錄、cDNA第二鏈合成等實驗操作。而BDCartridge板則需要再進行一次成像,獲得磁珠收集后的掃描圖,判斷磁珠是否已經被有效收集。根據每一步的質控結果,烈冰科技(NovelBio)單細胞測序實驗團隊會根據單細胞分選的實驗結果生成實驗總結報告,判斷每一步驟是否通過質控,并得到捕獲的單細胞數量以及雙細胞比例,對整個實驗進行總結評估。若所有過程通過質控,實驗樣本即可進行下一步實驗操作。單細胞多組學數據整合的一大挑戰在于不同組學的特征空間存在差異。武漢BD單細胞多組學技術支持

,從多組學的角度對單細胞進行綜合分析 將是未來單細胞技術的必由之路。廣州烈冰單細胞多組學數據分析

單細胞測序結果動輒上百G數據量,龐大的數據對于分析平臺和分析能力有著很高的要求,首先針對下機數據的質控環節:單細胞測序產生數億的結果序列,不可避免的會出現低質量的測序結果,存在各種情況的序列污染。因此序列過濾及質量評估就會變得極為重要。序列質量主要通過測序質量值Q20/Q30的占比來表征,即堿基測序結果的錯誤率在1%/0.1%以下的比例。理想的測序結果reads的堿基質量均高于30。保證數據獲得后第一步的處理結果的準確性,為后續細胞類型鑒定準確和功能分析打下堅實基礎。廣州烈冰單細胞多組學數據分析

上海烈冰生物醫藥科技有限公司致力于醫藥健康,是一家服務型公司。公司業務涵蓋單細胞測序,生物大數據云分析平臺,空間轉錄組測序,單細胞多組學測序等,價格合理,品質有保證。公司從事醫藥健康多年,有著創新的設計、強大的技術,還有一批專業化的隊伍,確保為客戶提供良好的產品及服務。烈冰生物立足于全國市場,依托強大的研發實力,融合前沿的技術理念,及時響應客戶的需求。

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