單細胞多組學測序技術是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質性和基因調控網絡的新技術,提供了全新的視角來分析細胞的分化路徑、細胞間的交互調控和細胞亞群的分離現象。轉錄組、表觀基因組、蛋白組學和代謝組學的差異賦予了組織內同樣基因組背景下的單個細胞的功能特異性。單個細胞的組學變化決定了組織的功能狀態,因此,闡明組織的細胞異質性是破譯生理功能和病理演變的關鍵。然而,以bulkRNA測序等為**的傳統方法掩蓋了細胞的異質性,細胞組學變化的平均水平。近10年來,單細胞組學技術應運而生,實現了在單細胞分辨率下研究分子的變化規律。烈冰生物首批引進 Chromium X 平臺,開啟百萬級通量單細胞測序新時代。深圳BD單細胞多組學技術支持
機體為響應各種應激,其細胞會從一種功能“狀態”轉變為另一種功能“狀態”;當細胞在不同狀態之間轉變時,往往會經歷轉錄重組,導致一些基因被“沉默”,一些基因被重新“喚醒”,但純化這些瞬態細胞進行研究是很困難或不可能的;scRNA-seq擬時序分析可以讓我們在不需要純化的情況下查看這些細胞狀態。擬時序分析,即根據不同細胞亞群基因表達量隨時間的變化情況,構建細胞譜系發育,但這里的時間并不是真時間,而是一個虛擬的時間,是指的細胞與細胞之間的轉化和演替的順序和軌跡。即使在同一個樣本中,也會存在多種不同的細胞形態。因此,不論測定了多少樣本,我們都可以采用擬時序分析對樣本中的細胞轉化和變化進行描述。南京single cell RNA單細胞多組學數據分析可視化單細胞組學通過一系列測序技術實現高分辨檢測單個細胞水平表達譜,以解析細胞異質性及其功能表型。
相對于Smart-Seq技術在細胞數量上的問題,BD和10X這兩個平臺普遍提供的細胞數量都在1-6K不等的測序細胞量,這個量級的測序細胞量已經可以說能夠完全覆蓋絕大部分組織的SingleCell群體類型。因此,這兩種技術對于基于基因表達進行準確細胞分型上,無論是從細胞數量上來說還是表達檢測可靠性來說,都會更實用。同時依托RandomCellLabel技術,使得其對于NovaSeq、HiSeqXTen、Hiseq4000等設備存在的Indexhooping現象,相對于Smart-Seq數據來說,影響幾乎可以忽略不計(10XGenomics官方網站曾給出hooping測試結果,顯示無影響。
BD的技術不再采用利用微流控孔道射出細胞和射出的磁珠碰撞的過程,進行單細胞捕獲的技術,轉而采用CytoSeq特有的蜂窩板技術。該技術用20萬+的微孔(該數量級遠大于Input細胞數量),保證單孔中的單細胞捕獲。同時避免了10X中存在的概率碰撞影響捕獲效率的問題,采用微孔捕獲相對會有更好的捕獲效率(來自兩家企業商業宣傳資料比對),保證Input細胞的高效使用。對于Input細胞的量更少的情況,可以基于百萬級別的細胞總量開始進行前期處理以及后期捕獲操作。而在細胞捕獲完成后,進行細胞裂解后,同樣的也進行細胞中RNApolyA序列的抓取工作。單細胞多組學對不同組學技術產生的數據進行整合分析有助于更刻畫細胞內的基因調控狀態、揭示調控機制。
SingleCellSequencing技術,即利用優化后的高通量測序技術(NGS,NextGenerationSequencing)分析每一個單個細胞的序列信息,從而更高分辨率地揭示細胞間的細胞差異以及其在微環境中的功能情況。那么問題來了,如何獲得單個細胞?如果無法獲得單個細胞這一切都是不成立的;如何獲得大批量的單個細胞?單個組織細胞群體通常在百萬級別以上,如果被檢測的測序細胞數量過小精確度不足;如何低成本地獲得大批量單個細胞?單細胞測序成本非常高,尤其是需要測2000~3000個以上的細胞的時候,如果單個細胞的分選成本也很高,技術根本無法普及。所以,正因為這些問題的存在使得高通量測序在單個細胞測序應用中的普及度一直不足,直到幾個突破性技術的誕生。單細胞轉錄組技術在多個研究領域都發揮了重要的推進作用,揭示了組織中微量的細胞類型和基因表達特征。重慶上海烈冰生物單細胞多組學數據分析可視化
烈冰測序數據分析平臺,不依賴已有物種信息,可研究非模式物種,針對不同平臺的數據,制定多套流程。深圳BD單細胞多組學技術支持
BDRhapsody單細胞分選系統集成了熒光顯微成像系統,可以對不同熒光標記的細胞進行檢測并計數。在進行質量評估之前,首先要將細胞的培養體系更換成上機所需的Buffer。在這個過程中,需要進行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細胞實驗團隊推薦采用水平轉子離心機來進行這步操作。這種離心機可以有效減少細胞在多次更換Buffer過程中的損失,尤其是對于細胞量較少的樣本來說,顯得非常有必要。更換完Buffer之后,還需要將細胞進行過篩操作,去除較大的細胞團,獲得較為純凈的單細胞懸液。深圳BD單細胞多組學技術支持
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