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廣州高通量測序單細胞多組學數據分析

來源: 發布時間:2022-08-22

二代測序技術在測序方法上取得了重大突破,基于“邊合成邊測序”(sequencingbysynthesis)和大規模平行測序技術(massiveparallelanalysis,MPS),使測序通量和讀取速度得到極大提升,烈冰生物斥巨資購置的Novaseq6000測序儀的測序原理可以簡化為四步:樣品文庫構建、簇生成、測序和數據分析。由于讀長限制,樣品DNA或由RNA逆轉錄得到的cDNA需要被打斷成300-500bp的片段,并在3和5端接上3種序列:1)Index,用于區分樣品來源;2)Adapter,用于結合測序通道上的位點;3)Primerbindingsite,用于結合PCR引物啟動擴增反應。分子檢測型單細胞多組學測序技術中也有一些集 中于探究單細胞內表觀遺傳組各層面的變化及關聯。廣州高通量測序單細胞多組學數據分析

對于單細胞測序而言,常常需要先構建細胞圖譜,在此基礎上再開展后續各項分析,并且數據分析時以細胞聚類(cell cluster)為討論對象,而不是像常規Bulk測序一樣以組別為分析對象,因此單細胞測序項目對樣本入組要求沒有Bulk測序那樣嚴格,但是單細胞測序,特別是目的為圖譜研究時,需要通過提高樣本復雜度(增加樣本數),盡可能的構建某一疾病類型、群體細胞圖譜信息。因此,單細胞測序實驗設計時首先需要保證生物學重復,不同樣本來源的樣本建議單獨進行細胞解離和捕獲、建庫、測序,以保證捕獲到足夠的細胞數,單個樣本分別捕獲細胞時,后續分析除了整體分析以外,還可以做單樣本分析,保證分析的完備準確性。溫州高通量測序單細胞多組學多組學測序烈冰科技已建立了基于單細胞測序的高通量測序實驗多平臺。

FluidigmC1平臺基于富魯達(Fluidigm®)的微流控技術應用于單細胞測序(SingleCellRNASequencing)領域的商業化中,該技術大約在幾個小時中可以捕獲96個左右的細胞,進行各類的Single-Cell測序建庫。當然,通量還是比較小。但不可否認的是,現在很多非RNA類SingleCell測序,仍然在采用這樣的技術,如SingleCellDNA-Seq,SingleCellATAC-Seq等,都是采用此技術進行單細胞分選后再分別用不同試劑盒建庫。所以可以說,至少在10XGenomics、BD或者其他企業推出有效的SingleDNA測序技術之前,C1仍然會是市場上的重要組成部分。

基于橋式PCR技術的簇生成可以將模版鏈迅速擴增成千上萬倍,保證過程中足夠的測序深度。測序時使用特殊標記的dNTP:1)堿基上通過敏感鍵修飾上不同的熒光基團,用于區分ATCG;2)3端使用疊氮基團封閉,保證一次循環只上一個dNTP。每一輪循環結束時,會通過高速熒光顯微鏡記錄熒光圖像,再通入試劑除去熒光基團和疊氮基團,開啟下一循環。通過分析讀取同一位點的熒光,實時獲取模版鏈的堿基序列。由于過程中使用的化學反應并不可控,隨著循環數的增大會出現不同步的情況,因此Illumina的讀長只能限制在200bp左右。單細胞多組學測序技術是在單細胞分辨率下精確分析細胞異質性和基因調控網絡的新技術。

細胞中基因的表達是嚴格按照時間和空間順序發生,因此細胞類型和基因表達具有時間特異性和空間特異性。時間特異性可以通過收集不同時間點的樣本進行單細胞轉錄組測序來分析。但是單細胞轉錄組測序(scRNA-Seq)在單細胞懸液制備的過程中破壞了細胞的空間結構,無法給出固態異質化組織中細胞空間排布信息。而空間轉錄組可以解決這個問題,其以點陣形式記錄組織切片細胞的空間信息,在保留組織形態結構的基礎上,獲得細胞/基因的空間表達特異性。單細胞多組學測序技術整合了單細胞各個組學特征, 提供了揭示細胞內復雜分子調控網絡及其互動關系的機會。成都scRNA單細胞多組學服務機構

隨著組學新技術的不斷涌現,高通量的方向發展,通過對多組學數據的整合分析,已成為科研究新方向。廣州高通量測序單細胞多組學數據分析

BDRhapsody單細胞分選系統集成了熒光顯微成像系統,可以對不同熒光標記的細胞進行檢測并計數。在進行質量評估之前,首先要將細胞的培養體系更換成上機所需的Buffer。在這個過程中,需要進行多次離心、重懸操作,烈冰Novelbio單細胞實驗團隊推薦采用水平轉子離心機來進行這步操作。這種離心機可以有效減少細胞在多次更換Buffer過程中的損失,尤其是對于細胞量較少的樣本來說,顯得非常有必要。更換完Buffer之后,還需要將細胞進行過篩操作,去除較大的細胞團,獲得較為純凈的單細胞懸液。廣州高通量測序單細胞多組學數據分析

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