當組織冷凍切片附在帶有spatialbarcode的空間轉錄組芯片上時，通過透化處理，細胞內的mRNA釋放出來，從而被芯片上帶有oligo-dT的探針捕獲。被捕獲的mRNA開始逆轉錄，得到的cDNA中包含了spatialbarcode序列。通過上機測序，可以將每個mRNA轉錄的序列映射回組織切片中的映射回組織切片中的原始位置。Visium空間轉錄組的重點在于芯片部分：正式文庫構建的芯片上有4個捕獲區域（6.5mmX6.5mm，可以檢測4個樣本）每個捕獲區域含有約5000個被條形碼標記的點（barcodedspots）每個spot直徑55μm，每個spot能捕獲1-10個細胞spot與spot中心點之間的距離為100μm每個spot含有上百萬個可以與mRNA結合的捕獲探針，每個探針上都帶有獨特的spatialbarcodes，用以標記捕獲的mRNA的空間位置。經驗豐富的實驗團隊，為獲得示組織內真實表達水平的高質量冷凍切片提供硬件和技術保障。寧波高通量測序空間轉錄組測序服務公司

烈冰生物生信分析團隊緊追國際前沿、整合添加多項國際期刊認可的空轉分析工具，構建一套完整的數據分析流程；精心研發空轉結果瀏覽器，可同步展示空間轉錄組與單細胞測序分析結果，詳細深入地解析空間轉錄組數據。完成從Rawdata（原始數據）到Spot-Gene的具有定位信息的表達矩陣的過程后，就進入了空轉的第二步，去進行Spot的Cluster的過程，熟悉單細胞測序的研究者知道，Cluster在單細胞測序中往往表示為細胞的類型，也就是說能聚在一起采用算法分為一個群體細胞是一個Celltype（當然分情況也會有不同）。而在空轉中，也正是由于前面提到了細胞的非單一性，導致了這里的分群并不是單純的同一細胞類型，而應該認為是具有相同細胞組成的點陣區域，或者說是近似的組織結構區域。寧波烈冰生物空間轉錄組服務機構空間轉錄組測序因其強大的探究疾病--細胞--基因的關系，一度成為高通量測序技術的“天花板”。

空間轉錄組測序的數據分析基本分為三個階段：1.數據的預處理部分；2.Spot點陣的分群與定義；3.Spot分群的功能與生物學價值。每一個部分都不可或缺，其結果都對后續的分析結果有重要影響。由于空間轉錄組的序列結構與單細胞轉錄組測序的左端序列結構是非常接近的，都是Cellbarcode/SpotBarcode+UMI+捕獲區域這樣的設計。右端普遍為捕獲的RNA序列。因此采用單細胞的原始數據過濾策略即可，左端可以考慮切下捕獲區域前的序列區域作為后續分析用的序列以減少分析負荷。隨后，采用10X官方的Spatialranger的策略進行后續分析，解析出位于空間位置中的有效的Spot表達矩陣。

空間轉錄組測序是在組織原位檢測全轉錄組基因表達的?種技術，可以展?組織切?中不同區域的基因表達情況，同時能夠得到?的基因在組織內部的空間位置信息。與傳統的全基因轉錄組或單細胞轉錄組測序相?，空間轉錄組測序漿病理影像（H&E染?）與測序數據映射在?起，進?可以分析組織切內部空間結構的細胞異質性。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留并記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境，將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學等領域的研究利器。烈冰全線實驗平臺滿足超深度、大規模發現和復雜疾病研究的測序。

空間轉錄組測序的關鍵就在于，解決了空間位置保留的問題。被放置在芯片區域內的冰凍組織切片在經過H&E染色和成像記錄后，會被進行透化處理，釋放細胞中的RNA。芯片上的捕獲引物的中段設置了帶有獨特標識的條形碼區域。芯片被劃分為了數個不同的捕獲區域，每個捕獲區域中錨定的引物都帶有不同的條形碼序列。每個區域對應的組織位置會被記錄下來，然后再進行測序后，通過條形碼將不同區域的測序結果，映射到對應的組織位置上，拼貼形成組織樣品的空間轉錄組圖像。烈冰測序數據分析平臺，不依賴已有物種信息，可研究非模式物種，針對不同平臺的數據，制定多套流程；重慶烈冰科技空間轉錄組測序價格

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在轉錄組學領域，空間轉錄組也開辟了新世界。Nature Methods在今年1月份將空間轉錄組學評價為2020年度方法，空間轉錄組方法近幾年越來越受到歡迎，它將帶領組學在生物學的研究上進入新的階段。從轉錄組測序到實現單細胞轉錄測序，這一過程為精確認識不同細胞類型提供了巨大的幫助。現在，新的空間轉錄組方法不僅帶來轉錄組信息，同時還提供空間信息，幫研究者更好辨別轉錄的位置，進一步擴展到單細胞分辨率，這會更大程度提升科學家對單個細胞的認識和解讀。寧波高通量測序空間轉錄組測序服務公司

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